5akf

THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA NICKED IN THE CODING STRAND A AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 128.8 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI

DESULFUROCOCCUS MOBILIS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 I； UniProt 2–188	突变：YES	5'-D(GPCPCPTPTPGPCPCPGPGPGPTPAPAP)-3' × 1 5'-D(GPTPTPCPCPGPGPCPGPCP*GP)-3' × 1 25MER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.45 Å R-free 0.230
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 2–188	突变：YES	5'-D(GPCPCPTPTPGPCPCPGPGPGPTPAPAP)-3' × 1 5'-D(GPTPTPCPCPGPGPCPGPCP*GP)-3' × 1 25MER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.45 Å R-free 0.230
3	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–188	突变：YES	5'-D(GPCPCPTPTPGPCPCPGPGPGPTPAPAP)-3' × 1 5'-D(GPTPTPCPCPGPGPCPGPCPGP)-3' × 1 25MER × 1 CL CHLORIDE ION × 2 ACT* ACETATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.45 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5AKF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B24 I-DMOI, INTRON-ENCODED ENDONUCLEASE 提交 1998-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–188（188 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD: 4UL I-DMOI PROTEIN 1UL 20MM N-OCTYL-B- GLUCOPYRANOSIDE 4UL PRECIPITATING BUFFER: 30% PEG 3350 200MM SODIUM ACETATE 100MM TRIS-HCL PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.324
2VS7 The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Ca 提交 2008-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–188（187 aa）片段：RESIDUES 2-188	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5.6% PEG 4000, 0.07M SODIUM ACETATE, 30% GLYCEROL	分辨率 2.05 Å R-free 0.228
2VS7 The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Ca 提交 2008-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 2–188（187 aa）片段：RESIDUES 2-188	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5.6% PEG 4000, 0.07M SODIUM ACETATE, 30% GLYCEROL	分辨率 2.05 Å R-free 0.228
2VS7 The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Ca 提交 2008-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 2–188（187 aa）片段：RESIDUES 2-188	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5.6% PEG 4000, 0.07M SODIUM ACETATE, 30% GLYCEROL	分辨率 2.05 Å R-free 0.228
2VS8 The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Mn 提交 2008-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–188（187 aa）片段：RESIDUES 2-188	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5.6% PEG 4000, 0.07M SODIUM ACETATE, PH 4.6-5.5, 30% GLYCEROL.	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
2VS8 The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Mn 提交 2008-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 F 2–188（187 aa）片段：RESIDUES 2-188	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5.6% PEG 4000, 0.07M SODIUM ACETATE, PH 4.6-5.5, 30% GLYCEROL.	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
2VS8 The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Mn 提交 2008-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 K 2–188（187 aa）片段：RESIDUES 2-188	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 5.6% PEG 4000, 0.07M SODIUM ACETATE, PH 4.6-5.5, 30% GLYCEROL.	分辨率 2.10 Å R-free 0.248
4D6N THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 10 DAYS INCUBATION IN 5MM MG (STATE 7) 提交 2014-11-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 K 2–188（187 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.217
4D6N THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 10 DAYS INCUBATION IN 5MM MG (STATE 7) 提交 2014-11-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 F 2–188（187 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.217
4D6N THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 10 DAYS INCUBATION IN 5MM MG (STATE 7) 提交 2014-11-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.217
4D6O THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 1H INCUBATION IN 5MM MG (STATE 2) 提交 2014-11-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
4D6O THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 1H INCUBATION IN 5MM MG (STATE 2) 提交 2014-11-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
4D6O THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 1H INCUBATION IN 5MM MG (STATE 2) 提交 2014-11-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
4UN7 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA BEFORE INCUBATION IN 5MM MN (STATE 1) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
4UN7 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA BEFORE INCUBATION IN 5MM MN (STATE 1) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
4UN7 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA BEFORE INCUBATION IN 5MM MN (STATE 1) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
4UN8 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 1H INCUBATION IN 5MM MN (STATE 2) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.60 Å R-free 0.223
4UN8 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 1H INCUBATION IN 5MM MN (STATE 2) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.60 Å R-free 0.223
4UN8 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 1H INCUBATION IN 5MM MN (STATE 2) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.60 Å R-free 0.223
4UN9 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 8H INCUBATION IN 5MM MN (STATE 3) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.73 Å R-free 0.220
4UN9 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 8H INCUBATION IN 5MM MN (STATE 3) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.73 Å R-free 0.220
4UN9 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 8H INCUBATION IN 5MM MN (STATE 3) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 2.73 Å R-free 0.220
4UNA THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 2 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 4) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.30 Å R-free 0.219
4UNA THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 2 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 4) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.30 Å R-free 0.219
4UNA THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 2 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 4) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.30 Å R-free 0.219
4UNB THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 6 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 5) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.55 Å R-free 0.221
4UNB THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 6 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 5) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.55 Å R-free 0.221
4UNB THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 6 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 5) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.55 Å R-free 0.221
4UNC THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 8 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 6) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4UNC THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 8 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 6) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4UNC THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 8 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 6) 提交 2014-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.30 Å R-free 0.225
4UT0 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 10 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 7) 提交 2014-07-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 K 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
4UT0 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 10 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 7) 提交 2014-07-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 F 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
4UT0 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AT 10 DAYS INCUBATION IN 5MM MN (STATE 7) 提交 2014-07-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PH 6	分辨率 2.40 Å R-free 0.228
5A0W THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI E117A IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-04-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.208
5A0W THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI E117A IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-04-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.208
5A0W THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI E117A IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-04-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.208
5AK9 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.222
5AK9 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 J 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.222
5AK9 THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-03-02	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.222
5AKM THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI G20S IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA IN THE PRESENCE OF 2MM MG 提交 2015-03-04	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 F 2–188（187 aa）	突变：YES	ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
5AKM THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI G20S IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA IN THE PRESENCE OF 2MM MG 提交 2015-03-04	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 K 2–188（187 aa）	突变：YES	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
5AKM THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI G20S IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA IN THE PRESENCE OF 2MM MG 提交 2015-03-04	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–188（187 aa）	突变：YES	ACT ACETATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
5AKN THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA NICKED IN THE non-CODING STRAND B AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-03-04	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–188（187 aa）	突变：YES	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.75 Å R-free 0.236
5AKN THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA NICKED IN THE non-CODING STRAND B AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-03-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 F 2–188（187 aa）	突变：YES	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.75 Å R-free 0.236
5AKN THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA NICKED IN THE non-CODING STRAND B AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN 提交 2015-03-04	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 K 2–188（187 aa）	突变：YES	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.75 Å R-free 0.236
5O6G Structures and dynamics of mesophilic variants from the homing endonuclease I-DmoI 提交 2017-06-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5-6 % PEG4000, 0.07 M NaAc pH = 4.6-5.5 and 30% Glycerol	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
5O6G Structures and dynamics of mesophilic variants from the homing endonuclease I-DmoI 提交 2017-06-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 D 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5-6 % PEG4000, 0.07 M NaAc pH = 4.6-5.5 and 30% Glycerol	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
5O6G Structures and dynamics of mesophilic variants from the homing endonuclease I-DmoI 提交 2017-06-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 G 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5-6 % PEG4000, 0.07 M NaAc pH = 4.6-5.5 and 30% Glycerol	分辨率 2.75 Å R-free 0.232
5O6I Structures and dynamics of mesophilic variants from the homing endonuclease I-DmoI 提交 2017-06-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5-6 % PEG4000, 0.07 M NaAc pH = 4.6-5.5 and 30% Glycerol	分辨率 2.25 Å R-free 0.228
5O6I Structures and dynamics of mesophilic variants from the homing endonuclease I-DmoI 提交 2017-06-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5-6 % PEG4000, 0.07 M NaAc pH = 4.6-5.5 and 30% Glycerol	分辨率 2.25 Å R-free 0.228
5O6I Structures and dynamics of mesophilic variants from the homing endonuclease I-DmoI 提交 2017-06-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 K 2–188（187 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5-6 % PEG4000, 0.07 M NaAc pH = 4.6-5.5 and 30% Glycerol	分辨率 2.25 Å R-free 0.228

共 18 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DMO1_DESMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–188； UniProt 2–188 作者链 E； PDB构建体 2–188； UniProt 2–188 作者链 I； PDB构建体 2–188； UniProt 2–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5akf
沉积日期 deposition_date	2015-03-03
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA NICKED IN THE CODING STRAND A AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN
关键词 keywords	HYDROLASE, GENE TARGETING, GENETICS, PROTEIN-DNA INTERACTION, HOMING ENDONUCLEASES; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.59 Å
零角强度 I(0) i0	285375000.00
分子量 molecular_weight	108720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123850 Å³
包络体积 envelope_volume	178010 Å³
水化壳体积 shell_volume	38930 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.85 Å
包络 Rg envelope_rg	37.70 Å
形状 Rg shape_rg	38.57 Å
总 Rg total_rg	38.90 Å
总原子数 total_atoms	7453
残基数 n_residues	680
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	285400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9023
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.585
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6265000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.938

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
分子量 formula_weight	23210.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	7887

AHNNENVSGISAYLLGLIIGDGGLYKLKYKGNRSEYRVVITAKSENLIKQHIAPLMQFLIDELNVKSKIQIVKGDTRYELRVSSKKLYYYFANMLERIRLFNMREQIAFIKGLYVAEGDMTLKRLRIWNKNKALLEIVSRWLNNLGVRNTIHLDDHRHGVYVLNISLRDRIKFVHTILSSHLNPLPPEAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	DESULFUROCOCCUS MOBILIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2274
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPCPCPTPTPGPCPCPGPGPGPTPAPAP)-3'
分子量 formula_weight	4296.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F,J

GCCTTGCCGGGTAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(GPTPTPCPCPGPGPCPGPCP*GP)-3'
分子量 formula_weight	3366.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K

GTTCCGGCGCG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	25MER
分子量 formula_weight	7654.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L

CGCGCCGGAACTTACCCGGCAAGGC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5akfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	5akfA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	5akfE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	5akfE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	5akfI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	5akfI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	106.820 Å
晶胞边长 b length_b	70.470 Å
晶胞边长 c length_c	107.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	42.650 Å
R 因子 r_factor	0.1789
R_work r_work	0.1762
R_free r_free	0.2299

fit	/app/data/saxs_computation/ak/5akf/5akf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ak/5akf/5akf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ak/5akf/5akf.dat

THE CRYSTAL STRUCTURE OF I-DMOI Q42AK120M IN COMPLEX WITH ITS TARGET DNA NICKED IN THE CODING STRAND A AND IN THE PRESENCE OF 2MM MN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)