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5amv

Structural insights into the loss of catalytic competence in pectate lyase at low pH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PECTATE LYASE

BACILLUS SUBTILIS

UniProt P39116

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 22–420 未记录 alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid × 1 CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4；19% PEG 4K, 0.1M SODIUM ACETATE PH4, 0.2M AMMONIUM ACETATE 分辨率 1.57 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5AMV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BN8 BACILLUS SUBTILIS PECTATE LYASE 提交 1998-07-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；TYPE II CRYSTALS: 35 - 45 % 2-METHYL-2,4-PENTANDIOL 50 MM MOPS / 50 MM ETHANOLAMINE PH IN THE RANGE 6.50 TO 8.75
分辨率 1.80 Å
2BSP BACILLUS SUBTILIS PECTATE LYASE R279K MUTANT 提交 1998-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–420（420 aa）
突变：R279K CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；30 % PEG 4000 0.2 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M SODIUM ACETATE AT PH 4.6
分辨率 1.80 Å R-free 0.225
2NZM Hexasaccharide I bound to Bacillus subtilis pectate lyase 提交 2006-11-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa）
突变：R279A CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium citrate, 0.2M Ammonium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.185
2O04 Pectate lyase bound to hexasaccharide compound II 提交 2006-11-27 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa）
突变：R279A CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.201
2O0V Pectate lyase bound to hexasaccharide compound III 提交 2006-11-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa）
突变：R279A CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.199
2O0W Pectate lyase bound to hexasaccharide compound IV 提交 2006-11-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa）
突变：R279A CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.198
2O17 Pectate lyase bound to hexasaccharide 提交 2006-11-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa）
突变：R279A CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.223
2O1D Pectate lyase bound to trisaccharide 提交 2006-11-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa）
突变：R279A CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.199
3KRG Structural insights into substrate specificity and the anti beta-elimination mechanism of pectate lyase 提交 2009-11-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa）
突变：D173A,N180A,K247A CO COBALT (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；25% PEG 4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 50% PEG, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.196
5X2I Polygalacturonate Lyase by Fusing with a Self-assembling Amphipathic Peptide 提交 2017-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–420（399 aa） 片段：UNP residues 22-420
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；0.2 M sodium bromide, 20 mM Glycine-NaOH, 20 % polyethylene glycol 3350, 7 mM calcium chloride, 20 % glycerol
分辨率 2.05 Å R-free 0.200

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLY_BACSU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–399； UniProt 22–420

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5amv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5amv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5amv
沉积日期 deposition_date2015-09-02
结构标题 titleStructural insights into the loss of catalytic competence in pectate lyase at low pH
关键词 keywordsLYASE, PECTATE LYASE, BACILLUS SUBTILLIS, CATALYTIC ACTIVITY; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.62 Å
零角强度 I(0) i036126300.00
分子量 molecular_weight44008.0 kDa
排除体积 excluded_volume53973 ų
包络体积 envelope_volume61118 ų
水化壳体积 shell_volume24222 ų
包络直径 envelope_diameter68.2 Å
壳层 Rg shell_rg27.82 Å
包络 Rg envelope_rg20.86 Å
形状 Rg shape_rg20.61 Å
总 Rg total_rg21.50 Å
总原子数 total_atoms3105
残基数 n_residues399
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.1 Å
Rg (实空间) rg_real21.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real3.6130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36130000.0000
解质量估计 total_estimate0.9066
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.3 Å
偏度 Skewness skewness0.185
峰度 Kurtosis kurtosis-0.459
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6223000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5amva_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.80.1 — Pectin lyase-like
家族 Family familyb.80.1.1 — Pectate lyase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5amvA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology20 — Pectate Lyase C-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)