5aqr

Fragment-based screening of HSP70 sheds light on the functional role of ATP-binding site residues

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 175.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAT SHOCK COGNATE 71 KDA PROTEIN

HOMO SAPIENS

UniProt P11142

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–381 片段:NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN RESIDUES 1-381 BAG FAMILY MOLECULAR CHAPERONE REGULATOR 1 × 1 (Q99933) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 N8Y 6-methoxyquinazolin-4-amine × 1 GOL GLYCEROL × 11 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;16-26% (W/V) PEG3350, 0.1 M K-NA TARTRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5 AND 25% (V/V) GLYCEROL 分辨率 1.91 Å R-free 0.236
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–381 片段:NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN RESIDUES 1-381 BAG FAMILY MOLECULAR CHAPERONE REGULATOR 1 × 1 (Q99933) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 N8Y 6-methoxyquinazolin-4-amine × 1 GOL GLYCEROL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;16-26% (W/V) PEG3350, 0.1 M K-NA TARTRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5 AND 25% (V/V) GLYCEROL 分辨率 1.91 Å R-free 0.236
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–381 片段:NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN RESIDUES 1-381 BAG FAMILY MOLECULAR CHAPERONE REGULATOR 1 × 1 (Q99933) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 N8Y 6-methoxyquinazolin-4-amine × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;16-26% (W/V) PEG3350, 0.1 M K-NA TARTRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5 AND 25% (V/V) GLYCEROL 分辨率 1.91 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP7C_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–386; UniProt 1–381 作者链 C; PDB构建体 6–386; UniProt 1–381 作者链 E; PDB构建体 6–386; UniProt 1–381

BAG FAMILY MOLECULAR CHAPERONE REGULATOR 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q99933

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 222–334 片段:UNP RESIDUES 222-334 HEAT SHOCK COGNATE 71 KDA PROTEIN × 1 (P11142) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 N8Y 6-methoxyquinazolin-4-amine × 1 GOL GLYCEROL × 11 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;16-26% (W/V) PEG3350, 0.1 M K-NA TARTRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5 AND 25% (V/V) GLYCEROL 分辨率 1.91 Å R-free 0.236
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 222–334 片段:UNP RESIDUES 222-334 HEAT SHOCK COGNATE 71 KDA PROTEIN × 1 (P11142) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 N8Y 6-methoxyquinazolin-4-amine × 1 GOL GLYCEROL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;16-26% (W/V) PEG3350, 0.1 M K-NA TARTRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5 AND 25% (V/V) GLYCEROL 分辨率 1.91 Å R-free 0.236
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 222–334 片段:UNP RESIDUES 222-334 HEAT SHOCK COGNATE 71 KDA PROTEIN × 1 (P11142) TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 N8Y 6-methoxyquinazolin-4-amine × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;16-26% (W/V) PEG3350, 0.1 M K-NA TARTRATE, 0.1 M TRIS.HCL PH 8.5 AND 25% (V/V) GLYCEROL 分辨率 1.91 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 6–118; UniProt 222–334 作者链 D; PDB构建体 6–118; UniProt 222–334 作者链 F; PDB构建体 6–118; UniProt 222–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5aqr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5aqr
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5aqr
沉积日期 deposition_date2015-09-22
结构标题 titleFragment-based screening of HSP70 sheds light on the functional role of ATP-binding site residues
关键词 keywordsHEAT SHOCK PROTEIN, HSP70, HSP72, HSC70, ATPASE, BAG1, CHAPERONE, FRAGMENT; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.57
零角强度 I(0) i0394708000.00
分子量 molecular_weight163040.0 kDa
排除体积 excluded_volume203910 ų
包络体积 envelope_volume296910 ų
水化壳体积 shell_volume52914 ų
包络直径 envelope_diameter185.2
壳层 Rg shell_rg48.08
包络 Rg envelope_rg50.42
形状 Rg shape_rg51.59
总 Rg total_rg51.34
总原子数 total_atoms11454
残基数 n_residues1480
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax175.5
Rg (实空间) rg_real51.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.89
I(0) (实空间) i0_real3.9470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal394300000.0000
解质量估计 total_estimate0.7837
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.6
偏度 Skewness skewness0.503
峰度 Kurtosis kurtosis-0.458
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28240000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.741; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.579; Smooth: 0.383

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd5aqra1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd5aqra2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd5aqrc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd5aqrc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd5aqre1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd5aqre2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id5aqrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id5aqrA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id5aqrA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id5aqrA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id5aqrB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — BAG domain
结构域编号 domain_id5aqrC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id5aqrC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id5aqrC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id5aqrC04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id5aqrD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — BAG domain
结构域编号 domain_id5aqrE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id5aqrE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id5aqrE03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id5aqrE04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id5aqrF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — BAG domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)