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5aus

Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 dimer formed by domain swapping at C-terminal region

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c-552

Hydrogenobacter thermophilus (strain DSM 6534 / IAM 12695 / TK-6)

UniProt P15452

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 19–98 链 C； UniProt 19–98 未记录 HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；100 mM Tris-HCl, 200 mM sodium acetate, 30% w/v PEG 4000 分辨率 1.30 Å R-free 0.202

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5AUS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AYG SOLUTION STRUCTURE OF CYTOCHROME C-552, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–98（80 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM ACETATE；压力 1
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O, OR 99.98% D2O CONTAINING 120MM DEUTERATED ACETATE BUFFER
分辨率未提供
1YNR Crystal structure of the cytochrome c-552 from Hydrogenobacter thermophilus at 2.0 resolution 提交 2005-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–98（80 aa）
链 B 19–98（80 aa）
链 C 19–98（80 aa）
链 D 19–98（80 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 HEC HEME C × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；MPD, ammonium sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.00 Å R-free 0.218
2AI5 Solution Structure of Cytochrome C552, determined by Distributed Computing Implementation for NMR data 提交 2005-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–98（80 aa）
未记录 HEC HEME C × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM ACETATE BUFFER；压力 1
NMR样品组成 2mM CYTOCHROME C-552 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3VYM Dimeric Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 提交 2012-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–98（80 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；100mM HEPES buffer, 800mM ammonium sulfate, 45% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.00 Å R-free 0.264
4ZID Dimeric Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 obtained from Escherichia coli 提交 2015-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–98（80 aa） 片段：UNP residues 19-98
未记录 HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1.6 M sodium citrate buffer
分辨率 1.80 Å R-free 0.203
5AUR Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 dimer formed by domain swapping at N-terminal region 提交 2015-06-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–98（80 aa）
链 C 19–98（80 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 IOD IODIDE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM potassium iodide, 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.26 Å R-free 0.229
5AUR Hydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 dimer formed by domain swapping at N-terminal region 提交 2015-06-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 19–98（80 aa）
链 G 19–98（80 aa）
未记录 HEC HEME C × 2 IOD IODIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM potassium iodide, 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.26 Å R-free 0.229
5XEC Heterodimer constructed from PA cyt c551-HT cyt c552 and HT cyt c552-PA cyt c551 chimeric proteins 提交 2017-04-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 37–98（62 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-42,UNP RESIDUES 37-98
链 C 19–36（18 aa） 片段：UNP RESIDUES 19-36,UNP RESIDUES 43-104
未记录 HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；100 mM Tris-HCl containing 200 mM sodium acetate, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.10 Å R-free 0.197
5XED Heterodimer constructed from M61A PA cyt c551-HT cyt c552 and HT cyt c552-PA cyt c551 chimeric proteins 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 37–98（62 aa） 片段：UNP RESIDUES 23-42,UNP RESIDUES 37-98
链 C 19–36（18 aa） 片段：UNP RESIDUES 19-36,UNP RESIDUES 43-104
突变：M61A HEC HEME C × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM MES containing 25% w/v PEG 6000
分辨率 1.55 Å R-free 0.238

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CY552_HYDTT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–83； UniProt 19–98 作者链 C； PDB构建体 1–83； UniProt 19–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5aus

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5aus
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5aus
沉积日期 deposition_date2015-06-08
结构标题 titleHydrogenobacter thermophilus cytochrome c552 dimer formed by domain swapping at C-terminal region
关键词 keywordsElectron transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.58 Å
零角强度 I(0) i06017600.00
分子量 molecular_weight18435.0 kDa
排除体积 excluded_volume23295 ų
包络体积 envelope_volume27376 ų
水化壳体积 shell_volume13202 ų
包络直径 envelope_diameter63.8 Å
壳层 Rg shell_rg23.35 Å
包络 Rg envelope_rg18.87 Å
形状 Rg shape_rg18.56 Å
总 Rg total_rg19.46 Å
总原子数 total_atoms1291
残基数 n_residues162
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.2 Å
Rg (实空间) rg_real19.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real6.0180e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6018000.0000
解质量估计 total_estimate0.7663
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.3 Å
偏度 Skewness skewness0.439
峰度 Kurtosis kurtosis-0.546
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3689000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.711; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.829; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5ausa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c
结构域编号 domain_idd5ausc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.3 — Cytochrome c
超家族 Superfamily superfamilya.3.1 — Cytochrome c
家族 Family familya.3.1.1 — monodomain cytochrome c

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5ausA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
结构域编号 domain_id5ausC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology760 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)