SAXSdb — 5av7

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lectin

Calystegia sepium

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)][2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]methyl alpha-D-mannopyranoside ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 1	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)][2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]methyl alpha-D-mannopyranoside ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P93114_CALSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–151； UniProt 3–153 作者链 B； PDB构建体 1–151； UniProt 3–153 作者链 C； PDB构建体 1–151； UniProt 3–153 作者链 D； PDB构建体 1–151； UniProt 3–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5av7
沉积日期 deposition_date	2015-06-12
结构标题 title	Crystal structure of Calsepa lectin in complex with bisected glycan
关键词 keywords	Lectin, glycan, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5av7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5av7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5av7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.76 Å
Rg（电子密度）	25.43 Å
总 Rg	26.15 Å
原子数	2259
残基数	295
排除体积	39759 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5av7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5av7__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lectin
分子量 formula_weight	15872.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4696

VPMDTISGPWGNNGGNFWSFRPVNKINQIVISYGGGGNNPIALTFSSTKADGSKDTITVGGGGPDSITGTEMVNIGTDEYLTGISGTFGIYLDNNVLRSITFTTNLKAHGPYGQKVGTPFSSANVVGNEIVGFLGRSGYYVDAIGTYNRHK

来源 Source

来源生物 organism	Calystegia sepium
通用名 common_name	Hedge bindweed
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	47519
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)][2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]methyl alpha-D-mannopyranoside ;
分子量 formula_weight	1128.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	207

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5av7a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d5av7b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d5av7c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

结构域编号 domain_id	d5av7d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.77 — beta-Prism I
超家族 Superfamily superfamily	b.77.3 — Mannose-binding lectins
家族 Family family	b.77.3.1 — Mannose-binding lectins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5av7A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	5av7B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	5av7C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

结构域编号 domain_id	5av7D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology	10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Jacalin-like lectin domain

▶

晶胞边长 a length_a	47.608 Å
晶胞边长 b length_b	52.836 Å
晶胞边长 c length_c	54.774 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.01 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.03 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	94.05 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	54.770 Å
R 因子 r_factor	0.2471
R_work r_work	0.2454
R_free r_free	0.2788

Crystal structure of Calsepa lectin in complex with bisected glycan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5av7__assembly_2__model_1

5av7__assembly_2__model_1 | I(q)

5av7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Calsepa lectin in complex with bisected glycan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5av7__assembly_2__model_1

5av7__assembly_2__model_1 | I(q)

5av7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)