5awv

Crystal structure of glycopeptide hexose oxidase DBV29 complexed with teicoplanin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative hexose oxidase

Nonomuraea sp. ATCC 39727

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	TEICOPLANIN × 8 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 CITRIC ACID × 5 8-METHYLNONANOIC ACID × 6 alpha-D-mannopyranose × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid × 6 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7WZ62_9ACTN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–523； UniProt 1–523 作者链 B； PDB构建体 1–523； UniProt 1–523 作者链 C； PDB构建体 1–523； UniProt 1–523 作者链 D； PDB构建体 1–523； UniProt 1–523

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5awv
沉积日期 deposition_date	2015-07-09
结构标题 title	Crystal structure of glycopeptide hexose oxidase DBV29 complexed with teicoplanin
关键词 keywords	Oxidoreductase-antibiotic complex; OXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5awv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5awv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5awv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.00 Å
Rg（电子密度）	48.14 Å
总 Rg	48.20 Å
原子数	16719
残基数	1992
排除体积	294530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5awv__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative hexose oxidase
分子量 formula_weight	57059.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	18119

MTGGTGADAASAGASSTRPELRGERCLPPAGPVKVTPDDPRYLNLKLRGANSRFNGEPDYIHLVGSTQQVADAVEETVRTGKRVAVRSGGHCFEDFVDNPDVKVIIDMSLLTEIAYDPSMNAFLIEPGNTLSEVYEKLYLGWNVTIPGGVCGGVGVGGHICGGGYGPLSRQFGSVVDYLYAVEVVVVNKQGKARVIVATRERDDPHHDLWWAHTGGGGGNFGVVTKYWMRVPEDVGRNPERLLPKPPATLLTSTVTFDWAGMTEAAFSRLLRNHGEWYERNSGPDSPYTGLWSQLMIGNEVPGMGESGFMMPIQVDATRPDARRLLDAHIEAVIDGVPPAEVPEPIEQRWLASTPGRGGRGPASKTKAGYLRKRLTDRQIQAVYENMTHMDGIDYGAVWLIGYGGKVNTVDPAATALPQRDAILKVNYITGWANPGNEAKHLTWVRKLYADVYAETGGVPVPNDVSDGAYINYPDSDLADPGLNTSGVPWHDLYYKGNHPRLRKVKAAYDPRNHFHHALSIRP

来源 Source

来源生物 organism	Nonomuraea sp. ATCC 39727
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	93944
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TEICOPLANIN
分子量 formula_weight	1207.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N,O,P

GYXGGYX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	8-METHYLNONANOIC ACID
分子量 formula_weight	172.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranuronic acid
分子量 formula_weight	193.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1400

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5awvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5awvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5awvB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5awvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5awvC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5awvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5awvD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5awvD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	61.791 Å
晶胞边长 b length_b	150.778 Å
晶胞边长 c length_c	124.853 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	29.400 Å
R 因子 r_factor	0.1584
R_work r_work	0.1559
R_free r_free	0.2046

Crystal structure of glycopeptide hexose oxidase DBV29 complexed with teicoplanin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative hexose oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5awv__assembly_1__model_1

5awv__assembly_1__model_1 | I(q)

5awv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of glycopeptide hexose oxidase DBV29 complexed with teicoplanin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative hexose oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5awv__assembly_1__model_1

5awv__assembly_1__model_1 | I(q)

5awv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)