5ayr

The crystal structure of SAUGI/human UDG complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uracil-DNA glycosylase

Homo sapiens

UniProt P13051

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uncharacterized protein × 1 (Q936H5) MAGNESIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uncharacterized protein × 1 (Q936H5) MAGNESIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UNG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–223; UniProt 94–313 作者链 C; PDB构建体 4–223; UniProt 94–313

Uncharacterized protein

Staphylococcus aureus

UniProt Q936H5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (P13051) MAGNESIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Uracil-DNA glycosylase × 1 (P13051) MAGNESIUM ION × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q936H5_STAAU
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–112; UniProt 1–112 作者链 D; PDB构建体 1–112; UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ayr
沉积日期 deposition_date2015-09-02
结构标题 titleThe crystal structure of SAUGI/human UDG complex
关键词 keywordsDNA mimic protein, DNA mimicking, uracil-DNA glycosylase inhibitor, uracil-DNA glycosylase, HYDROLASE INHIBITOR; HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ayr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ayr__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ayr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)21.15 Å
Rg(电子密度)20.11 Å
总 Rg21.12 Å
原子数2742
残基数333
排除体积48925 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5ayr__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5ayr__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd5ayra1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd5ayra2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5ayra3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5ayrc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.18 — Uracil-DNA glycosylase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.18.1 — Uracil-DNA glycosylase-like
家族 Family familyc.18.1.1 — Uracil-DNA glycosylase
结构域编号 domain_idd5ayrc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5ayrc3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5ayrA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id5ayrB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor
结构域编号 domain_id5ayrC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain
结构域编号 domain_id5ayrD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily250 — S. aureus uracil DNA glycosylase inhibitor

7. 引用文献 (1)