5b0k

Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 132.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MoeN5,DNA-binding protein 7d

Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–260 链 B； UniProt 1–260	未记录	DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–260 链 D； UniProt 1–260	未记录	DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside	分辨率 2.75 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5B0K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5B00 Structure of the prenyltransferase MoeN5 in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）	未记录	GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；298 K；0.2 M Na2HPO4, 16% PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.337
5B00 Structure of the prenyltransferase MoeN5 in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–260（260 aa）链 C 1–260（260 aa）	未记录	GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；298 K；0.2 M Na2HPO4, 16% PEG 3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.337
5B01 Structure of a prenyltransferase in its unbound form 提交 2015-10-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；298 K；0.2M Na2HPO4, 16% PEG 3350	分辨率 3.45 Å R-free 0.261
5B01 Structure of a prenyltransferase in its unbound form 提交 2015-10-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；298 K；0.2M Na2HPO4, 16% PEG 3350	分辨率 3.45 Å R-free 0.261
5B01 Structure of a prenyltransferase in its unbound form 提交 2015-10-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–260（260 aa）链 F 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；298 K；0.2M Na2HPO4, 16% PEG 3350	分辨率 3.45 Å R-free 0.261
5B01 Structure of a prenyltransferase in its unbound form 提交 2015-10-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–260（260 aa）链 H 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；298 K；0.2M Na2HPO4, 16% PEG 3350	分辨率 3.45 Å R-free 0.261
5B01 Structure of a prenyltransferase in its unbound form 提交 2015-10-27	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1–260（260 aa）链 J 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；298 K；0.2M Na2HPO4, 16% PEG 3350	分辨率 3.45 Å R-free 0.261
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350	分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350	分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside	分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside	分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–260（260 aa）链 F 1–260（260 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–260（260 aa）链 H 1–260（260 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–260（260 aa）链 F 1–260（260 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–260（260 aa）链 H 1–260（260 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	78S (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	7B5 methyl (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	FAR FARNESYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–260（260 aa）链 B 1–260（260 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–260（260 aa）链 D 1–260（260 aa）	未记录	C0X (2S)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.225

共 12 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A010_9ACTN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–274； UniProt 1–260 作者链 B； PDB构建体 15–274； UniProt 1–260 作者链 C； PDB构建体 15–274； UniProt 1–260 作者链 D； PDB构建体 15–274； UniProt 1–260

MoeN5,DNA-binding protein 7d

Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)

UniProt P39476

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–64 链 B； UniProt 1–64	未记录	DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–64 链 D； UniProt 1–64	未记录	DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside	分辨率 2.75 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5B0K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BBX NON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, NMR, 1 STRUCTURE 提交 1998-04-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–63（63 aa）链 D 1–63（63 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 1 NMR样品组成 H2O:D2O 9:1	分辨率未提供
1C8C CRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA CONTAINING T-G MISMATCHED BASE PAIRS 提交 2000-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3MM SSO7D, 1.3MM DUPLEX DNA, 2.5 MM TRIS (PH 6.5), 2.5% PEG 400, EQUILIBRATED AGAINST 15% PEG 400 at pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.45 Å R-free 0.287
1JIC SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SSO7D WITH RNASE ACTIVITY, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–62（62 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；300 K NMR样品组成 H2O	分辨率未提供
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350	分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350	分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside	分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside	分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside	分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–64（64 aa）链 F 1–64（64 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–64（64 aa）链 H 1–64（64 aa）	未记录	BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside	分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–64（64 aa）链 F 1–64（64 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–64（64 aa）链 H 1–64（64 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside	分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	78S (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	7B5 methyl (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	FAR FARNESYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	C0X (2S)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350	分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 KLQ Bictegravir × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6VOY Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome 提交 2020-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–64（64 aa）链 B 1–64（64 aa）链 C 1–64（64 aa）链 D 1–64（64 aa）	突变：W24A 突变：W24A 突变：W24A 突变：W24A	ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.70 Å

共 19 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DN72_SULSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 280–343； UniProt 1–64 作者链 B； PDB构建体 280–343； UniProt 1–64 作者链 C； PDB构建体 280–343； UniProt 1–64 作者链 D； PDB构建体 280–343； UniProt 1–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5b0k
沉积日期 deposition_date	2015-10-30
结构标题 title	Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside
关键词 keywords	prenyltransferase, alpha-helical fold, complex, fusion tag, TRANSFERASE, DNA BINDING PROTEIN; TRANSFERASE, DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.41 Å
零角强度 I(0) i0	282085000.00
分子量 molecular_weight	132180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164030 Å³
包络体积 envelope_volume	214950 Å³
水化壳体积 shell_volume	48046 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.43 Å
包络 Rg envelope_rg	39.61 Å
形状 Rg shape_rg	38.43 Å
总 Rg total_rg	38.58 Å
总原子数 total_atoms	9267
残基数 n_residues	1189
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.3 Å
Rg (实空间) rg_real	38.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	282000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8534
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.519
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.124
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.954; Smooth: 0.747

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MoeN5,DNA-binding protein 7d
分子量 formula_weight	37581.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9969

MAHHHHHHVDDDDKMLAAEAANRDHVTRCVAQTGGSPDLVAHTAALRLYLRVPHFLTEWTTDPDRRAAVSRALALDIVSMKLLDDLMDDDTGLDRVELACVCLRLHLRALHELESLARDPKAVTDILEQDAVHLCGGQIRTKRSRATNLREWRAHASTYGSTFLGRYGALAAACGGEGQPADSVREFAEAFAMTITMADDLTDYDRNGERDGNLAHLMRTGAVAGQDVVDLLEELRGRALAAVAAPPGAPGLVPVVHLYTDDVLVRLLPRHLGEAGAGAMATVKFKYKGEEKEVDISKIKKVWRVGKMISFTYDEGGGKTGRGAVSEKDAPKELLQMLEKQKK

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	273057
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE
分子量 formula_weight	482.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	702

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5b0kA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	5b0kB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	5b0kB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	5b0kC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	5b0kD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	600 — Farnesyl Diphosphate Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Farnesyl Diphosphate Synthase

结构域编号 domain_id	5b0kD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	137.448 Å
晶胞边长 b length_b	219.649 Å
晶胞边长 c length_c	104.185 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/b0/5b0k/5b0k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b0/5b0k/5b0k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b0/5b0k/5b0k.dat

Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MoeN5,DNA-binding protein 7d

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MoeN5,DNA-binding protein 7d

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)