SAXSdb — 5b7i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST

Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Uncharacterized protein AcrF3 × 2 （L7P7R7） CALCIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS3_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–1082； UniProt 1–1076

Uncharacterized protein AcrF3

Pseudomonas phage JBD5

UniProt L7P7R7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST × 1 （Q02ML8） CALCIUM ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	L7P7R7_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 15–153； UniProt 1–139 作者链 C； PDB构建体 15–153； UniProt 1–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5b7i
沉积日期 deposition_date	2016-06-07
结构标题 title	Cas3-AcrF3 complex
关键词 keywords	DNA nuclease, phagy protein, Anti-CRISPR, HYDROLASE-UNKNOWN FUNCTION complex; HYDROLASE/UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5b7i__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5b7i__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5b7i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.48 Å
Rg（电子密度）	32.51 Å
总 Rg	33.07 Å
原子数	10483
残基数	1297
排除体积	184290 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5b7i__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST
分子量 formula_weight	122554.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-,3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10568

PLGSEFMNILLVSQCEKRALSETRRILDQFAERRGERTWQTPITQAGLDTLRRLLKKSARRNTAVACHWIRGRDHSELLWIVGDASRFNAQGAVPTNRTCRDILRKEDENDWHSAEDIRLLTVMAALFHDIGKASQAFQAKLRNRGKPMADAYRHEWVSLRLFEAFVGPGSSDEDWLRRLADKRETGDAWLSQLARDDRQSAPPGPFQKSRLPPLAQAVGWLIVSHHRLPNGDHRGSASLARLPAPIQSQWCGARDADAKEKAACWQFPHGLPFASAHWRARTALCAQSMLERPGLLARGPALLHDSYVMHVSRLILMLADHHYSSLPADSRLGDPNFPLHANTDRDSGKLKQRLDEHLLGVALHSRKLAGTLPRLERQLPRLARHKGFTRRVEQPRFRWQDKAYDCAMACREQAMEHGFFGLNLASTGCGKTLANGRILYALADPQRGARFSIALGLRSLTLQTGQAYRERLGLGDDDLAILVGGSAARELFEKQQERLERSGSESAQELLAENSHVHFAGTLEDGPLREWLGGNSAGNRLLQAPILACTIDHLMPASESLRGGHQIAPLLRLMTSDLVLDEVDDFDIDDLPALSRLVHWAGLFGSRVLLSSATLPPALVQGLFEAYRSGREIFQRHRGAPGRATEIRCAWFDEFSSQSSAHGAVTSFSEAHATFVAQRLAKLEQLPPRRQAQLCTVHAAGEARPALCRELAGQMNTWMADLHRCHHTEHQGRRISFGLLRLANIEPLIELAQAILAQGAPEGLHVHLCVYHSRHPLLVRSAIERQLDELLKRSDDDAAALFARPTLAKALQASTERDHLFVVLASPVAEVGRDHDYDWAIVEPSSMRSIIQLAGRIRRHRSGFSGEANLYLLSRNIRSLEGQNPAFQRPGFETPDFPLDSHDLHDLLDPALLARIDASPRIVEPFPLFPRSRLVDLEHRRLRALMLADDPPSSLLGVPLWWQTPASLSGALQTSQPFRAGAKERCYALLPDEDDEERLHFSRYEEGTWSNQDNLLRNLDLTYGPRIQTWGTVNYREELVAMAGREDLDLRQCAMRYGEVRLRENTQGWSYHPYLGFKKYN

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein AcrF3
分子量 formula_weight	17612.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MGSSHHHHHHSQDPMSNTISDRIVARSVIEAARFIQSWEDADPDSLTEDQVLAAAGFAARLHEGLQATVLQRLVDESNHEEYREFKAWEEALLNADGRVASSPFADWGWWYRIANVMLATASQNVGVTWGSRVHGRLMAIFQDKFKQRYEEQA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas phage JBD5
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1223261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	85

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晶胞边长 a length_a	97.304 Å
晶胞边长 b length_b	127.197 Å
晶胞边长 c length_c	218.455 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2061
R_work r_work	0.2038
R_free r_free	0.2487

Cas3-AcrF3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein AcrF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5b7i__assembly_1__model_1

5b7i__assembly_1__model_1 | I(q)

5b7i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Cas3-AcrF3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated nuclease/helicase Cas3 subtype I-F/YPEST

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein AcrF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5b7i__assembly_1__model_1

5b7i__assembly_1__model_1 | I(q)

5b7i__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)