SAXSdb — 5bs1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CrRbcX-IIa

Chlamydomonas reinhardtii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–155 链 B； UniProt 35–155	片段：UNP residues 35-155 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；5 % PEG-3350, 0.2 M MgCl2, 50 mM Tris-HCl pH 8.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.206
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 35–155 链 D； UniProt 35–155	片段：UNP residues 35-155 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；5 % PEG-3350, 0.2 M MgCl2, 50 mM Tris-HCl pH 8.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5BS1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5BS2 Crystal structure of RbcX-IIa from Chlamydomonas reinhardtii in complex with RbcL C-terminal tail 提交 2015-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 44–156（113 aa）片段：UNP residues 462-473,UNP residues 44-156 链 B 44–156（113 aa）片段：UNP residues 462-473,UNP residues 44-156	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5, 25% PEG2000 MME	分辨率 1.97 Å R-free 0.222

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8HQH2_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–122； UniProt 35–155 作者链 B； PDB构建体 2–122； UniProt 35–155 作者链 C； PDB构建体 2–122； UniProt 35–155 作者链 D； PDB构建体 2–122； UniProt 35–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5bs1
沉积日期 deposition_date	2015-06-01
结构标题 title	Crystal structure of RbcX-IIa from Chlamydomonas reinhardtii
关键词 keywords	RbcX, chaperone; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.09 Å
零角强度 I(0) i0	56376100.00
分子量 molecular_weight	54183.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65292 Å³
包络体积 envelope_volume	82142 Å³
水化壳体积 shell_volume	26585 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.82 Å
包络 Rg envelope_rg	27.50 Å
形状 Rg shape_rg	27.03 Å
总 Rg total_rg	27.79 Å
总原子数 total_atoms	3659
残基数 n_residues	433
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.6380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	56370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8443
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.482
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.216
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6964000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.668

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CrRbcX-IIa
分子量 formula_weight	14214.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4185

MHIPADSFSGASPERKAAVALRSLFTFVAARVVLEQLQGPGGPETTYNQQAYLDLMDFLGTPMKGDGGDEWMAAVMRKNHALALRLMEVREAYLDEFEWGKTMEMASRETREANTRLMRAAAM

来源 Source

来源生物 organism	Chlamydomonas reinhardtii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	388

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5bs1a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5bs1a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5bs1b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5bs1b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5bs1c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5bs1d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.280 — RbcX-like
超家族 Superfamily superfamily	a.280.1 — RbcX-like
家族 Family family	a.280.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5bs1A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	5bs1B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	5bs1C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

结构域编号 domain_id	5bs1D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — Chaperonin-like RbcX

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	36.133 Å
晶胞边长 b length_b	52.989 Å
晶胞边长 c length_c	61.561 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	76.49 °
晶胞夹角 β angle_beta	81.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	70.10 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1787
R_work r_work	0.1772
R_free r_free	0.2060

fit	/app/data/saxs_computation/bs/5bs1/5bs1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bs/5bs1/5bs1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bs/5bs1/5bs1.dat

Crystal structure of RbcX-IIa from Chlamydomonas reinhardtii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CrRbcX-IIa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction