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Crystal Structure of a Complex Between the SNARE Vam3 and the HOPS Vps33-Vps16 subcomplex from Chaetomium thermophilum

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 190.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SM (Sec1/Munc18-like) protein

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

UniProt G0SCM5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 139–806 未记录 Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 1 （G0S6M7） SNAP receptor-like protein × 1 （G0S236） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether 分辨率 3.10 Å R-free 0.233
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 139–806 未记录 Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 1 （G0S6M7） SNAP receptor-like protein × 1 （G0S236） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether 分辨率 3.10 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5BUZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5BV0 Crystal Structure of a Complex Between the SNARE Nyv1 and the HOPS Vps33-Vps16 subcomplex from Chaetomium thermophilum 提交 2015-06-04 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 139–806（668 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；TRIS-HCl buffer, 0.8M Na Tartrate, 0.5% w/v PEG 5000 monomethyl ether
分辨率 3.10 Å R-free 0.246
5BV1 Crystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermophilum 提交 2015-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 139–806（668 aa） 片段：unp residues 139-806
未记录 MLT D-MALATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether
分辨率 2.90 Å R-free 0.276
5BV1 Crystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermophilum 提交 2015-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 139–806（668 aa） 片段：unp residues 139-806
未记录 MLT D-MALATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether
分辨率 2.90 Å R-free 0.276
9ZBE Revised structure of a complex between the SNARE Nyv1 and the HOPS Vps33-Vps16 subcomplex 提交 2025-11-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 139–806（668 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.05 Å R-free 0.224
9ZCS Crystal structure of HOPS subunits Vps33 and Vps16 in complex with the Nyv1 and Vam3 SNARE motifs 提交 2025-11-24 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 139–806（668 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.19 Å R-free 0.225
9ZCT Crystal structure of HOPS subunits Vps33 and Vps16 in complex with the Nyv1 SNARE motif 提交 2025-11-24 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 139–806（668 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.250

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0SCM5_CHATD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–669； UniProt 139–806 作者链 D； PDB构建体 2–669； UniProt 139–806

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

Chaetomium thermophilum

UniProt G0S6M7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 505–816 未记录 SM (Sec1/Munc18-like) protein × 1 （G0SCM5） SNAP receptor-like protein × 1 （G0S236） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether 分辨率 3.10 Å R-free 0.233
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 505–816 未记录 SM (Sec1/Munc18-like) protein × 1 （G0SCM5） SNAP receptor-like protein × 1 （G0S236） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether 分辨率 3.10 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5BUZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5BV1 Crystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermophilum 提交 2015-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 505–816（312 aa） 片段：unp residues 503-816
突变：L672V MLT D-MALATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether
分辨率 2.90 Å R-free 0.276
5BV1 Crystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermophilum 提交 2015-06-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 505–816（312 aa） 片段：unp residues 503-816
突变：L672V MLT D-MALATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether
分辨率 2.90 Å R-free 0.276
9ZCS Crystal structure of HOPS subunits Vps33 and Vps16 in complex with the Nyv1 and Vam3 SNARE motifs 提交 2025-11-24 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 521–773（253 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.19 Å R-free 0.225
9ZCT Crystal structure of HOPS subunits Vps33 and Vps16 in complex with the Nyv1 SNARE motif 提交 2025-11-24 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 521–773（253 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.250

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0S6M7_CHATD
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 4–333； UniProt 505–816 作者链 E； PDB构建体 4–333； UniProt 505–816

SNAP receptor-like protein

Chaetomium thermophilum

UniProt G0S236

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 181–245 片段：SNARE domain SM (Sec1/Munc18-like) protein × 1 （G0SCM5） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 1 （G0S6M7） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether 分辨率 3.10 Å R-free 0.233
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 181–245 片段：SNARE domain SM (Sec1/Munc18-like) protein × 1 （G0SCM5） Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 1 （G0S6M7） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；HEPES buffer, 8-10% w/v PEG 5000 monomethyl ether 分辨率 3.10 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5BUZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9ZCS Crystal structure of HOPS subunits Vps33 and Vps16 in complex with the Nyv1 and Vam3 SNARE motifs 提交 2025-11-24 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 181–229（49 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.19 Å R-free 0.225

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G0S236_CHATD
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 3–67； UniProt 181–245 作者链 F； PDB构建体 3–67； UniProt 181–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5buz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5buz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5buz
沉积日期 deposition_date2015-06-04
结构标题 titleCrystal Structure of a Complex Between the SNARE Vam3 and the HOPS Vps33-Vps16 subcomplex from Chaetomium thermophilum
关键词 keywordsMembrane trafficking, SM protein, HOPS complex, thermophile, SNARE domain, Transport Protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.03 Å
零角强度 I(0) i0679862000.00
分子量 molecular_weight216740.0 kDa
排除体积 excluded_volume271850 ų
包络体积 envelope_volume411650 ų
水化壳体积 shell_volume68311 ų
包络直径 envelope_diameter202.4 Å
壳层 Rg shell_rg51.65 Å
包络 Rg envelope_rg51.98 Å
形状 Rg shape_rg52.02 Å
总 Rg total_rg52.04 Å
总原子数 total_atoms15276
残基数 n_residues1936
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax190.0 Å
Rg (实空间) rg_real52.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.04 Å
I(0) (实空间) i0_real6.7990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal679300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8116
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.3 Å
偏度 Skewness skewness0.501
峰度 Kurtosis kurtosis-0.422
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha96240000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.581; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.900; Smooth: 0.903
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5buzA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1
结构域编号 domain_id5buzA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2
结构域编号 domain_id5buzA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a
结构域编号 domain_id5buzA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily850 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3b
结构域编号 domain_id5buzD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1
结构域编号 domain_id5buzD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2
结构域编号 domain_id5buzD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a
结构域编号 domain_id5buzD04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily850 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3b
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)