SAXSdb — 5bv1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VPS33

Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 1 （G0S6M7） D-MALATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Putative vacuolar protein sorting-associated protein × 1 （G0S6M7） D-MALATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SCM5_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–669； UniProt 139–806 作者链 C； PDB构建体 2–669； UniProt 139–806

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

Chaetomium thermophilum

UniProt G0S6M7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VPS33 × 1 （G0SCM5） D-MALATE × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	VPS33 × 1 （G0SCM5） D-MALATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0S6M7_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–333； UniProt 505–816 作者链 D； PDB构建体 4–333； UniProt 505–816

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5bv1
沉积日期 deposition_date	2015-06-04
结构标题 title	Crystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermophilum
关键词 keywords	Membrane trafficking, SM protein, HOPS complex, thermophile, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5bv1__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5bv1__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5bv1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.31 Å
Rg（电子密度）	31.17 Å
总 Rg	31.86 Å
原子数	7133
残基数	899
排除体积	127040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5bv1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5bv1__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VPS33
分子量 formula_weight	73990.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14259

GSMAPRAGFDAEQVRDKARKDLLHLLEGVRGKKNLVIEKDLAGPLGVIVKASTLRDYGVDNFFFLENKNTGTSQRNIVFIARGESVRNAHAIAAQIKRIQRESQTSHDFHIFWVPRRTLFSDKVLEEAGVLGDANISELPLYFFPLERDVLSLELNDSFRDLYLAKDPTPVFLLSRALMGIQKKHGLFPRIIGKGENAKRVADLLSRMRQELLAGEEAGESDRAGLSPSTTIESVIIIDREVDFVTPLLTQLTYEGLIDEYFGIQNNQTDVDAVIVGAPAQSAASTSTAVPTNSSQSRKRKIQLDGSDSLYSQLRDANFAIVGSLLNTVARRLKSDYESRHNTKTTAELKEFVKKLPGYQAEQQSLKIHSNIAEEIINYTRTEIFNKLLEVQQNLAAGADPSSQFDSIEELVARDTPLPQVLRLLCLYSCISGGIKTKELDHFRRLVLQGYGHQHLLTLHNLERLQMFLSKSSPLASMITMSGSSGGPDQKTNYTYLRKQLRLIVDEVNEQDPNDIAYVYSGYAPLSIRLVQCVLQKQYLLSITKGSGTVIAAGPVAGGGAQGWKGFEEIVKHARGPTFDEIQKGEDKAVKARALLSGSSGDKKTVFVVFVGGITFTEIAALRFIAKQEEARRNIVICTTSIINGNRMMNAAIETATFEKTTVTTAAAQ

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative vacuolar protein sorting-associated protein
分子量 formula_weight	37912.2 kDa
突变 mutation	L672V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MGSSFEVIARTAYEEGRTRLATELLNHEPRAGRQVPLLLSMEEDELALDKAIESGDTDLIYFVIHQLRRKLPLASFFRVVSSRPTASAMVEALARNSDGDGNEDTALLKDLYYQDDRRLDGASVFIREALQQPETRTASDKLDLAANLLQGNQKEHVFELGALKEAKMLLRMQETFERDLTDSFVGLSVNQTMFKLIKLGYHGRAKKIQSEFKVPERVAWWIRLQALVAKRDWNEIEEISRQRKSPIGWEPFFNQVLQAGNPRLAATFIPKCTNLEPGQTITMYEKCGMRVKAAEEAVRLKDTEAWNRLLEAAGRNTAEGREIERLGATVFKK

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	D-MALATE
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5bv1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1

结构域编号 domain_id	5bv1A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2

结构域编号 domain_id	5bv1A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a

结构域编号 domain_id	5bv1A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	850 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3b

结构域编号 domain_id	5bv1C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2060 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1

结构域编号 domain_id	5bv1C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1910 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2

结构域编号 domain_id	5bv1C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	830 — Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a

结构域编号 domain_id	5bv1C04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	850 — Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3b

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晶胞边长 a length_a	79.280 Å
晶胞边长 b length_b	159.902 Å
晶胞边长 c length_c	97.394 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.902 Å
最低分辨率 resolution_low	61.592 Å
R 因子 r_factor	0.2148
R_work r_work	0.2115
R_free r_free	0.2759

Crystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermophilum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VPS33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bv1__assembly_2__model_1

5bv1__assembly_2__model_1 | I(q)

5bv1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal Structure of a Vps33-Vps16 Complex from Chaetomium thermophilum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VPS33

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative vacuolar protein sorting-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5bv1__assembly_2__model_1

5bv1__assembly_2__model_1 | I(q)

5bv1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)