SAXSdb — 5byz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitogen-activated protein kinase 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 48–395	片段：KINASE DOMAIN, unp residues 48-395	4WE 4-({5-fluoro-4-[2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-imidazol-5-yl]pyrimidin-2-yl}amino)-N-[2-(piperidin-1-yl)ethyl]benzamide × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11 % PEG4000 0.01 M MgCl2 0.18 M Na-Formiate 0.10 M MES, pH=6.50 0.01 M Tris/Cl, pH=8.50	分辨率 1.65 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5BYZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Q8Y Structural insight into the enzymatic mechanism of the phophothreonine lyase 提交 2007-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 214–222（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；12% PEG3350,0.1M MES pH6.0,0.1 M NaKTartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.217
4B99 Crystal Structure of MAPK7 (ERK5) with inhibitor 提交 2012-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–397（397 aa）片段：KINASE DOMAIN	未记录	R4L 11-cyclopentyl-2-[[2-methoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.05M CACL2, 0.1M MES PH 6.0, 20% PEG 6000, 10% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
4IC7 Crystal structure of the ERK5 kinase domain in complex with an MKK5 binding fragment 提交 2012-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–431（431 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；48% PEG 200, 100mM MIB, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
4IC7 Crystal structure of the ERK5 kinase domain in complex with an MKK5 binding fragment 提交 2012-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–431（431 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；48% PEG 200, 100mM MIB, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
4IC8 Crystal structure of the apo ERK5 kinase domain 提交 2012-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；296 K；30% PEG 200, 100mM MIB, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
4IC8 Crystal structure of the apo ERK5 kinase domain 提交 2012-12-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–431（431 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；296 K；30% PEG 200, 100mM MIB, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
4ZSG MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 7 IN COMPLEX WITH INHIBITOR 提交 2015-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–393（347 aa）片段：residues 47-393	未记录	GOL GLYCEROL × 5 4QX 3-amino-5-[(4-chlorophenyl)amino]-N-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazole-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；4-6 % w/v PEG 6000, 0.1 M MES, 5 mM DTT	分辨率 1.79 Å R-free 0.235
4ZSJ MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 7 IN COMPLEX WITH INHIBITOR 提交 2015-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 50–393（344 aa）片段：UNP residues 50-393	未记录	GOL GLYCEROL × 4 4R0 3-amino-5-[(4-chloro-3-methylphenyl)amino]-N-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazole-1-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；293 K；4-6 % w/v PEG 6000, 0.1 M MES, 5 mM DTT	分辨率 2.48 Å R-free 0.230
4ZSL MITOGEN ACTIVATED PROTEIN KINASE 7 IN COMPLEX WITH INHIBITOR 提交 2015-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–393（341 aa）片段：UNP residues 53-393	未记录	4QZ 3-amino-5-[(4-chlorophenyl)amino]-N-[(1S)-1-phenylethyl]-1H-1,2,4-triazole-1-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；297 K；4-6 % w/v PEG 6000, 0.1 M MES, 5 mM DTT	分辨率 2.25 Å R-free 0.219
5BYY ERK5 IN COMPLEX WITH SMALL MOLECULE 提交 2015-06-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–394（346 aa）片段：KINASE DOMAIN, unp residues 49-394	未记录	4WG 2-{[2-ethoxy-4-(4-hydroxypiperidin-1-yl)phenyl]amino}-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.01 M Tris 8.50 0.01 M MgCl2 13 % PEG4000 0.18 M Na-formiate 0.10 M MES, pH=6.50	分辨率 2.79 Å R-free 0.273
5O7I ERK5 in complex with a pyrrole inhibitor 提交 2017-06-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–402（357 aa）片段：UNP residues 46-402	未记录	9N8 4-(2-bromanyl-6-fluoranyl-phenyl)carbonyl-~{N}-pyridin-3-yl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；5 % (v/v) PEG 6000, 0.1 M MES (pH 6.0), 5 mM DTT	分辨率 2.38 Å R-free 0.220
6HKM Crystal structure of Compound 1 with ERK5 提交 2018-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–395（347 aa）片段：KINASE DOMAIN	未记录	G92 [4-(6,7-dimethoxyquinazolin-4-yl)piperidin-1-yl]-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；11% PEG 4000, 100mM MgCl2, 160mM sodium formate, 100mM MES pH 6.75, 10mM Tris pH 8.5	分辨率 2.47 Å R-free 0.280
6HKN Crystal structure of Compound 35 with ERK5 提交 2018-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 54–393（340 aa）片段：KINASE DOMAIN	未记录	G9E [2-azanyl-4-(trifluoromethyloxy)phenyl]-[4-(7-methoxyquinazolin-4-yl)piperidin-1-yl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；15% PEG 4000, 100mM MgCl2, 180mM Sodium formate, 100 mM MES pH 6.5, 10mM Tris pH 8.0	分辨率 2.33 Å R-free 0.249
7PUS ERK5 in complex with Pyrrole Carboxamide scaffold 提交 2021-09-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 46–402（357 aa）片段：UNP residues 46-402	未记录	86E 4-[3,6-bis(chloranyl)-2-fluoranyl-phenyl]carbonyl-~{N}-(1-methylpyrazol-4-yl)-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；5 % (V/V) PEG 6000, 0.1 M MES (PH 6.0), 5 MM DTT	分辨率 2.59 Å R-free 0.285
9LTA Crystal Structure of Compound SKLB-D18 with MAPK7 (ERK5) 提交 2025-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 48–393（346 aa）	未记录	A1EKR 4-[5-chloranyl-2-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]-~{N}-morpholin-4-yl-thiophene-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Hepes 7.5, 10% PEG4K, 7% isopropanol	分辨率 2.33 Å R-free 0.292
9LTA Crystal Structure of Compound SKLB-D18 with MAPK7 (ERK5) 提交 2025-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–393（346 aa）	未记录	A1EKR 4-[5-chloranyl-2-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]-~{N}-morpholin-4-yl-thiophene-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Hepes 7.5, 10% PEG4K, 7% isopropanol	分辨率 2.33 Å R-free 0.292

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MK07_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–348； UniProt 48–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5byz
沉积日期 deposition_date	2015-06-11
结构标题 title	ERK5 in complex with small molecule
关键词 keywords	ERk5, kinase inhibitor, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.18 Å
零角强度 I(0) i0	27279800.00
分子量 molecular_weight	40773.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51416 Å³
包络体积 envelope_volume	60435 Å³
水化壳体积 shell_volume	23693 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.15 Å
包络 Rg envelope_rg	21.50 Å
形状 Rg shape_rg	21.17 Å
总 Rg total_rg	22.08 Å
总原子数 total_atoms	2874
残基数 n_residues	348
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6236
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.312
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.248
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6598000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.189; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mitogen-activated protein kinase 7
分子量 formula_weight	39826.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3367

TFDVGDEYEIIETIGNGAYGVVSSARRRLTGQQVAIKKIPNAFDVVTNAKRTLRELKILKHFKHDNIIAIKDILRPTVPYGEFKSVYVVLDLMESDLHQIIHSSQPLTLEHVRYFLYQLLRGLKYMHSAQVIHRDLKPSNLLVNENCELKIGDFGMARGLCTSPAEHQYFMTEYVATRWYRAPELMLSLHEYTQAIDLWSVGCIFGEMLARRQLFPGKNYVHQLQLIMMVLGTPSPAVIQAVGAERVRAYIQSLPPRQPVPWETVYPGADRQALSLLGRMLRFEPSARISAAAALRHPFLAKYHDPDDEPDCAPPFDFAFDREALTRERIKEAIVAEIEDFHARREGI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-({5-fluoro-4-[2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-imidazol-5-yl]pyrimidin-2-yl}amino)-N-[2-(piperidin-1-yl)ethyl]benzamide
分子量 formula_weight	465.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	336

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5byza_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5byzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5byzA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.401 Å
晶胞边长 b length_b	93.401 Å
晶胞边长 c length_c	116.280 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	72.820 Å
R 因子 r_factor	0.1747
R_work r_work	0.1737
R_free r_free	0.1923

fit	/app/data/saxs_computation/by/5byz/5byz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/by/5byz/5byz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/by/5byz/5byz.dat

ERK5 in complex with small molecule

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitogen-activated protein kinase 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction