5c0w

Structure of a 12-subunit nuclear exosome complex bound to single-stranded RNA substrates

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex component RRP45

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP45_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–305； UniProt 1–305

Exosome complex component SKI6

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P46948

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP41_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–248； UniProt 1–246

Exosome complex component RRP43

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P25359

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP43_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394

Exosome complex component RRP46

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P53256

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP46_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 23–245； UniProt 1–223

Exosome complex component RRP42

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12277

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP42_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–267； UniProt 1–265

Exosome complex component MTR3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P48240

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	MTR3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–250； UniProt 1–250

Exosome complex component RRP40

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q08285

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP40_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 4–243； UniProt 1–240

Exosome complex component RRP4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38792

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 3–361； UniProt 1–359

Exosome complex component CSL4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P53859

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CSL4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 4–295； UniProt 1–292

Exosome complex exonuclease DIS3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q08162

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP44_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 4–1004； UniProt 1–1001

Exosome complex exonuclease RRP6

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12149

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex protein LRP1 × 1 （P38801） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RRP6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 3–695； UniProt 1–693

Exosome complex protein LRP1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38801

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 2	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q05636） Exosome complex component SKI6 × 1 （P46948） Exosome complex component RRP43 × 1 （P25359） Exosome complex component RRP46 × 1 （P53256） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q12277） Exosome complex component MTR3 × 1 （P48240） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q08285） Exosome complex component RRP4 × 1 （P38792） Exosome complex component CSL4 × 1 （P53859） Exosome complex exonuclease DIS3 × 1 （Q08162） Exosome complex exonuclease RRP6 × 1 （Q12149） RNA synthetic × 2 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	LRP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–184； UniProt 1–184

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5c0w
沉积日期 deposition_date	2015-06-12
结构标题 title	Structure of a 12-subunit nuclear exosome complex bound to single-stranded RNA substrates
关键词 keywords	hydrolase, RNA, nuclease, hydrolase-RNA complex; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5c0w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5c0w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5c0w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	55.83 Å
Rg（电子密度）	55.89 Å
总 Rg	55.97 Å
原子数	31155
残基数	3993
排除体积	554100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5c0w__assembly_1__model_1`	tetradecameric （14）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP45
分子量 formula_weight	34001.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	31160

MAKDIEISASESKFILEALRQNYRLDGRSFDQFRDVEITFGKEFGDVSVKMGNTKVHCRISCQIAQPYEDRPFEGLFVISTEISPMAGSQFENGNITGEDEVLCSRIIEKSVRRSGALDVEGLCIVAGSKCWAVRADVHFLDCDGGFIDASCIAVMAGLMHFKKPDITVHGEQIIVHPVNEREPVPLGILHIPICVTFSFFNPQDTEENIKGETNSEISIIDATLKEELLRDGVLTVTLNKNREVVQVSKAGGLPMDALTLMKCCHEAYSIIEKITDQILQLLKEDSEKRNKYAAMLTSENAREI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Exosome complex component SKI6
分子量 formula_weight	27794.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GHMSRLEIYSPEGLRLDGRRWNELRRFESSINTHPHAADGSSYMEQGNNKIITLVKGPKEPRLKSQMDTSKALLNVSVNITKFSKFERSKSSHKNERRVLEIQTSLVRMFEKNVMLNIYPRTVIDIEIHVLEQDGGIMGSLINGITLALIDAGISMFDYISGISVGLYDTTPLLDTNSLEENAMSTVTLGVVGKSEKLSLLLVEDKIPLDRLENVLAIGIAGAHRVRDLMDEELRKHAQKRVSNASAR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP43
分子量 formula_weight	44109.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAESTTLETIEIHPITFPPEVLARISPELSLQRHLSLGIRPCLRKYEEFRDVAIENNTLSRYADAGNIDTKNNILGSNVLKSGKTIVITSITGGIIEETSASIKDLDDFGEEELFEVTKEEDIIANYASVYPVVEVERGRVGACTDEEMTISQKLHDSILHSRILPKKALKVKAGVRSANEDGTFSVLYPDELEDDTLNETNLKMKRKWSYVLYAKIVVLSRTGPVFDLCWNSLMYALQSVKLPRAFIDERASDLRMTIRTRGRSATIRETYEIICDQTKSVPLMINAKNIAFASNYGIVELDPECQLQNSDNSEEEEVDIDMDKLNTVLIADLDTEAEETSIHSTISILAAPSGNYKQLTLMGGGAKITPEMIKRSLLLSRVRADDLSTRFNI

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP46
分子量 formula_weight	26914.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GHGNNKEPNTKNRLDSAEKKKKMSVQAEIGILDHVDGSSEFVSQDTKVICSVTGPIEPKARQELPTQLALEIIVRPAKGVATTREKVLEDKLRAVLTPLITRHCYPRQLCQITCQILESGEDEAEFSLRELSCCINAAFLALVDAGIALNSMCASIPIAIIKDTSDIIVDPTAEQLKISLSVHTLALEFVNGGKVVKNVLLLDSNGDFNEDQLFSLLELGEQKCQELVTNIRRIIQDNISPRLVV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP42
分子量 formula_weight	29294.4 kDa
突变 mutation	V138I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GHMSLSVAEKSYLYDSLASTPSIRPDGRLPHQFRPIEIFTDFLPSSNGSSRIIASDGSECIVSIKSKVVDHHVENELLQVDVDIAGQRDDALVVETITSLLNKVLKSGSGVDSSKLQLTKKYSFKIFVDVLVISSHSHPISLISFAIYSALNSTYLPKLISAFDDLEVEELPTFHDYDMVKLDINPPLVFILAVVGNNMLLDPAANESEVANNGLIISWSNGKITSPIRSVALNDSNVKSFKPHLLKQGLAMVEKYAPDVVRSLENL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Exosome complex component MTR3
分子量 formula_weight	27559.9 kDa
突变 mutation	T75S, M161T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MNVQDRRRLLGPAAAKPMAFSNTTTHVPEKKSTDLTPKGNESEQELSLHTGFIENCNGSALVEARSLGHQTSLISAVYGPRSIRGSFTSQGTISIQLKNGLLEKYNTNELKEVSSFLMGIFNSVVNLSRYPKSGIDIFVYLTYDKDLTNNPQDDDSQSKMTSSQISSLIPHCITSITLALADAGIELVDMAGAGEANGTVVSFIKNGEEIVGFWKDDGDDEDLLECLDRCKEQYNRYRDLMISCLMNQET

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP40
分子量 formula_weight	26875.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GPHMSTFIFPGDSFPVDPTTPVKLGPGIYCDPNTQEIRPVNTGVLHVSAKGKSGVQTAYIDYSSKRYIPSVNDFVIGVIIGTFSDSYKVSLQNFSSSVSLSYMAFPNASKKNRPTLQVGDLVYARVCTAEKELEAEIECFDSTTGRDAGFGILEDGMIIDVNLNFARQLLFNNDFPLLKVLAAHTKFEVAIGLNGKIWVKCEELSNTLACYRTIMECCQKNDTAAFKDIAKRQFKEILTVKEE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP4
分子量 formula_weight	39714.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

RSMSEVITITKRNGAFQNSSNLSYNNTGISDDENDEEDIYMHDVNSASKSESDSQIVTPGELVTDDPIWMRGHGTYFLDNMTYSSVAGTVSRVNRLLSVIPLKGRYAPETGDHVVGRIAEVGNKRWKVDIGGKQHAVLMLGSVNLPGGILRRKSESDELQMRSFLKEGDLLNAEVQSLFQDGSASLHTRSLKYGKLRNGMFCQVPSSLIVRAKNHTHNLPGNITVVLGVNGYIWLRKTSQMDLARDTPSANNSSSIKSTGPTGAVSLNPSITRLEEESSWQIYSDENDPSISNNIRQAICRYANVIKALAFCEIGITQQRIVSAYEASMVYSNVGELIEKNVMESIGSDILTAEKMRGNGN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Exosome complex component CSL4
分子量 formula_weight	31911.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

GPHMACNFQFPEIAYPGKLICPQYGTENKDGEDIIFNYVPGPGTKLIQYEHNGRTLEAITATLVGTVRCEEEKKTDQEEEREGTDQSTEEEKSVDASPNDVTRRTVKNILVSVLPGTEKGRKTNKYANNDFANNLPKEGDIVLTRVTRLSLQRANVEILAVEDKPSPIDSGIGSNGSGIVAAGGGSGAATFSVSQASSDLGETFRGIIRSQDVRSTDRDRVKVIECFKPGDIVRAQVLSLGDGTNYYLTTARNDLGVVFARAANGAGGLMYATDWQMMTSPVTGATEKRKCAKPF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease DIS3
分子量 formula_weight	114081.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-,3.1.26.-
突变 mutation	D171N, D551N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

GPAMSVPAIAPRRKRLADGLSVTQKVFVRSRNGGATKIVREHYLRSDIPCLSRSCTKCPQIVVPDAQNELPKFILSDSPLELSAPIGKHYVVLDTNVVLQAIDLLENPNCFFDVIVPQIVLDEVRNKSYPVYTRLRTLCRDSDDHKRFIVFHNEFSEHTFVERLPNETINDRNNRAIRKTCQWYSEHLKPYDINVVLVTNDRLNREAATKEVESNIITKSLVQYIELLPNADDIRDSIPQMDSFDKDLERDTFSDFTFPEYYSTARVMGGLKNGVLYQGNIQISEYNFLEGSVSLPRFSKPVLIVGQKNLNRAFNGDQVIVELLPQSEWKAPSSIVLDSEHFDVNDNPDIEAGDDDDNNESSSNTTVISDKQRRLLAKDAMIAQRSKKIQPTAKVVYIQRRSWRQYVGQLAPSSVDPQSSSTQNVFVILMDKCLPKVRIRTRRAAELLDKRIVISIDSWPTTHKYPLGHFVRDLGTIESAQAETEALLLEHDVEYRPFSKKVLECLPAEGHDWKAPTKLDDPEAVSKDPLLTKRKDLRDKLICSIDPPGCVDINDALHAKKLPNGNWEVGVHIADVTHFVKPGTALDAEGAARGTSVYLVDKRIDMLPMLLGTDLCSLKPYVDRFAFSVIWELDDSANIVNVNFMKSVIRSREAFSYEQAQLRIDDKTQNDELTMGMRALLKLSVKLKQKRLEAGALNLASPEVKVHMDSETSDPNEVEIKKLLATNSLVEEFMLLANISVARKIYDAFPQTAMLRRHAAPPSTNFEILNEMLNTRKNMSISLESSKALADSLDRCVDPEDPYFNTLVRIMSTRCMMAAQYFYSGAYSYPDFRHYGLAVDIYTHFTSPIRRYCDVVAHRQLAGAIGYEPLSLTHRDKNKMDMICRNINRKHRNAQFAGRASIEYYVGQVMRNNESTETGYVIKVFNNGIVVLVPKFGVEGLIRLDNLTEDPNSAAFDEVEYKLTFVPTNSDKPRDVYVFDKVEVQVRSVMDPITSKRKAELLLK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP6
分子量 formula_weight	79649.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
突变 mutation	D296N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GAMASENPDVLLSRVINVVRAASSLASQDVDFYKNLDRGFSKDLKSKADKLADMANEIILSIDEHHESFELKEEDISDLWNNFGNIMDNLLEMSDHSLDKLNCAINSKSRGSDLQYLGEFSGKNFSPTKRVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMNIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTNEEATPIPSSETKADGILLETISVPQIRDVMERFSVLCNSNISKSRAKPVTNSSILLGKILPREEHDIAYSKDGLPNKVKTEDIRIRAQNFKSALANLEDIIFEIEKPLVVPVKLEEIKTVDPASAPNHSPEIDNLDDLVVLKKKNIQKKQPAKEKGVTEKDAVDYSKIPNILSNKPG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Exosome complex protein LRP1
分子量 formula_weight	21086.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MEDIEKIKPYVRSFSKALDELKPEIEKLTSKSLDEQLLLLSDERAKLELINRYAYVLSSLMFANMKVLGVKDMSPILGELKRVKSYMDKAKQYDNRITKSNEKSQAEQEKAKNIISNVLDGNKNQFEPSISRSNFQGKHTKFENDELAESTTTKIIDSTDHIRKASSKKSKRLDKVGKKKGGKK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	RNA synthetic
分子量 formula_weight	5811.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R,N

AAAUAAUAAAUAAAAAAA

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	195.380 Å
晶胞边长 b length_b	195.380 Å
晶胞边长 c length_c	463.650 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.600 Å
最低分辨率 resolution_low	59.090 Å
R 因子 r_factor	0.2773
R_work r_work	0.2713
R_free r_free	0.2838

Structure of a 12-subunit nuclear exosome complex bound to single-stranded RNA substrates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex component RRP45

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component SKI6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP46

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component MTR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component CSL4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex exonuclease DIS3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体