5c14

Crystal structure of PECAM-1 D1D2 domain

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Platelet endothelial cell adhesion molecule

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 3 COPPER (II) ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	GLYCEROL × 10 COPPER (II) ION × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PECA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–204； UniProt 28–229 作者链 B； PDB构建体 3–204； UniProt 28–229

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5c14
沉积日期 deposition_date	2015-06-12
结构标题 title	Crystal structure of PECAM-1 D1D2 domain
关键词 keywords	Immunoglobulin, cell adhesion molecule, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5c14__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5c14__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5c14__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.75 Å
Rg（电子密度）	26.67 Å
总 Rg	27.16 Å
原子数	1656
残基数	201
排除体积	29641 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5c14__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5c14__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5c14__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Platelet endothelial cell adhesion molecule
分子量 formula_weight	24533.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3368

RSQENSFTINSVDMKSLPDWTVQNGKNLTLQCFADVSTTSHVKPQHQMLFYKDDVLFYNISSMKSTESYFIPEVRIYDSGTYKCTVIVNNKEKTTAEYQLLVEGVPSPRVTLDKKEAIQGGIVRVNCSVPEEKAPIHFTIEKLELNEKMVKLKREKNSRDQNFVILEFPVEEQDRVLSFRCQARIISGIHMQTSESTKSELVTVSRENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Platelet endothelial cell adhesion molecule
分子量 formula_weight	24486.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Drosophila

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	27

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晶胞边长 a length_a	104.010 Å
晶胞边长 b length_b	104.010 Å
晶胞边长 c length_c	281.834 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.790 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2380
R_free r_free	0.2790

Crystal structure of PECAM-1 D1D2 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Platelet endothelial cell adhesion molecule

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5c14__assembly_2__model_1

5c14__assembly_2__model_1 | I(q)

5c14__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of PECAM-1 D1D2 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Platelet endothelial cell adhesion molecule

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5c14__assembly_2__model_1

5c14__assembly_2__model_1 | I(q)

5c14__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)