5c3y

Structure of human ribokinase crystallized with AMPPNP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribokinase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	AMP PHOSPHORAMIDATE × 2 SODIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	AMP PHOSPHORAMIDATE × 2 SODIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	AMP PHOSPHORAMIDATE × 2 SODIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	AMP PHOSPHORAMIDATE × 2 SODIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	AMP PHOSPHORAMIDATE × 2 SODIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	AMP PHOSPHORAMIDATE × 2 SODIUM ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBSK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 B； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 C； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 D； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 E； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 F； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 G； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 H； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 I； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 J； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 K； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322 作者链 L； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5c3y
沉积日期 deposition_date	2015-06-17
结构标题 title	Structure of human ribokinase crystallized with AMPPNP
关键词 keywords	Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5c3y__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5c3y__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5c3y__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.53 Å
Rg（电子密度）	29.40 Å
总 Rg	29.95 Å
原子数	4604
残基数	623
排除体积	82289 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5c3y__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5c3y__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5c3y__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5c3y__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5c3y__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5c3y__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribokinase
分子量 formula_weight	35241.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	28644

MAASGEPQRQWQEEVAAVVVVGSCMTDLVSLTSRLPKTGETIHGHKFFIGFGGKGANQCVQAARLGAMTSMVCKVGKDSFGNDYIENLKQNDISTEFTYQTKDAATGTASIIVNNEGQNIIVIVAGANLLLNTEDLRAAANVISRAKVMVCQLEITPATSLEALTMARRSGVKTLFNPAPAIADLDPQFYTLSDVFCCNESEAEILTGLTVGSAADAGEAALVLLKRGCQVVIITLGAEGCVVLSQTEPEPKHIPTEKVKAVDTTGAGDSFVGALAFYLAYYPNLSLEDMLNRSNFIAAVSVQAAGTQSSYPYKKDLPLTLFLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	AMP PHOSPHORAMIDATE
分子量 formula_weight	426.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	810

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 35 domains

SCOP 2.08 (23 domains)

结构域编号 domain_id	d5c3ya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3ye1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3ye2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yg1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yh1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yi1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yi2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yj1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yk1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yk2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5c3yl1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.72 — Ribokinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.72.1 — Ribokinase-like
家族 Family family	c.72.1.1 — Ribokinase-like

结构域编号 domain_id	d5c3yl2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5c3yA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

结构域编号 domain_id	5c3yL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1190 — UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribokinase

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晶胞边长 a length_a	80.310 Å
晶胞边长 b length_b	168.140 Å
晶胞边长 c length_c	161.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	51.260 Å
R 因子 r_factor	0.2061
R_work r_work	0.2047
R_free r_free	0.2321

Structure of human ribokinase crystallized with AMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5c3y__assembly_6__model_1

5c3y__assembly_6__model_1 | I(q)

5c3y__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 35 domains

SCOP 2.08 (23 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of human ribokinase crystallized with AMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribokinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5c3y__assembly_6__model_1

5c3y__assembly_6__model_1 | I(q)

5c3y__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 35 domains

SCOP 2.08 (23 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)