5c53

Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.6 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit gamma-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 25–1239	未记录	Pol gamma B × 2 DNA (26-MER) × 1 ;DNA (5'-D(APAPAPAPCPGPAPGPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPGPTPAPC)-3') ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 4Y3 [[(2~{S},5~{R})-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3$l^{4}-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 DOC 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES	分辨率 3.57 Å R-free 0.338

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5C53	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 70–1239（1170 aa）片段：UNP residues 70-1239	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.24 Å R-free 0.303
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 70–1239（1170 aa）片段：UNP residues 70-1239	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.24 Å R-free 0.303
4ZTU Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 30–1239（1210 aa）片段：UNP residues 30-1239	突变：D198A, E200A	MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2	分辨率 3.30 Å R-free 0.316
4ZTZ Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 30–1239（1210 aa）片段：UNP residues 30-1239	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2	分辨率 3.44 Å R-free 0.320
5C51 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 25–1239（1215 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES	分辨率 3.43 Å R-free 0.345
5C52 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 25–1239（1215 aa）	未记录	1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES	分辨率 3.64 Å R-free 0.314
8D33 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GC basepair 提交 2022-05-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.46 Å
8D37 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in replication conformer 提交 2022-05-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
8D3R Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in intermediate conformer 提交 2022-06-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8D42 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in editing conformer (composite) 提交 2022-06-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
8G5I Cryo-EM structure of the Mismatch Sensing Complex (I) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
8G5J Cryo-EM structure of the Mismatch Uncoupling Complex (II) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
8G5K Cryo-EM structure of the Wedge Alignment Complex (VIII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8G5L Cryo-EM structure of the Primer Separation Complex (IX) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8G5M Cryo-EM structure of the Mismatch Locking Complex (III) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
8G5N Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (VI) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
8G5O Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (IV) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
8G5P Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (V) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
8T7E Cryo-EM structure of the Backtracking Initiation Complex (VII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-06-20	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8UDK Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma R853A Ternary Complex 提交 2023-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A, R853A	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM BME, 3% PEG 8000, 1-8% sucrose, 2% Jeffamine, 0.8 M NDSB	分辨率 3.43 Å R-free 0.234
8UDL Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma Binary Complex 提交 2023-09-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1239（1239 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å
8V54 Engaged conformation of the human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8V55 Human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to a replication fork in an open conformation 提交 2023-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8V5D Human mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit, PolG, in an APO conformation 提交 2023-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：D198A, E200A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8V5R Active conformation of DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：D198A, E200A	MG MAGNESIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9GGB Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：G848S	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9GGC Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：G848S	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.39 Å
9GGD Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：A467T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å
9GGE Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	突变：A467T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9GGF Structure of WT human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9IC1 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in replication conformer 提交 2025-02-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
9IC3 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (hAmB) in mouse-like error-editing conformer (composite) 提交 2025-02-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1239（1214 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
9Y4C Strand displacement state I of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
9Y4D Strand displacement state II of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9Y4E Strand displacement state III of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9Y4F Strand displacement state IV of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1239（1239 aa）	突变：D198A, E200A	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å

共 35 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1205； UniProt 25–1239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5c53
沉积日期 deposition_date	2015-06-19
结构标题 title	Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma
关键词 keywords	;Nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTIs), HIV reverse transcriptase (RT), human mitochondrial DNA polymerase, mitochondrial toxicity, drug efficacy and toxicity, TRANSFERASE, transferase-dna complex ;; transferase/dna
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.94 Å
零角强度 I(0) i0	705539000.00
分子量 molecular_weight	208760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	257390 Å³
包络体积 envelope_volume	365580 Å³
水化壳体积 shell_volume	72204 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.3 Å
壳层 Rg shell_rg	47.87 Å
包络 Rg envelope_rg	40.74 Å
形状 Rg shape_rg	40.95 Å
总 Rg total_rg	41.25 Å
总原子数 total_atoms	14634
残基数 n_residues	1751
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	705600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5874
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.329
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	124800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 0.993; Sysdev: 0.008; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase subunit gamma-1
分子量 formula_weight	135989.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14634

WVSSSVPASDPSDGQRRRQQQPQQPQVLSSEGGQLRHNPLDIQMLSRGLHEQIFGQGGEMPGEAAVRRSVEHLQKHGLWGQPAVPLPDVELRLPPLYGDNLDQHFRLLAQKQSLPYLEAANLLLQAQLPPKPPAWAWAEGWTRYGPEGEAVPVAIPEERALVFDVEVCLAEGTCPTLAVAISPSAWYSWCSQRLVEERYSWTSQLSPADLIPLEVPTGASSPTQRDWQEQLVVGHNVSFDRAHIREQYLIQGSRMRFLDTMSMHMAISGLSSFQRSLWIAAKQGKHKVQPPTKQGQKSQRKARRGPAISSWDWLDISSVNSLAEVHRLYVGGPPLEKEPRELFVKGTMKDIRENFQDLMQYCAQDVWATHEVFQQQLPLFLERCPHPVTLAGMLEMGVSYLPVNQNWERYLAEAQGTYEELQREMKKSLMDLANDACQLLSGERYKEDPWLWDLEWDLQEFKQKKAKKVKKEPATASKLPIEGAGAPGDPMDQEDLGPCSEEEEFQQDVMARACLQKLKGTTELLPKRPQHLPGHPGWYRKLCPRLDDPAWTPGPSLLSLQMRVTPKLMALTWDGFPLHYSERHGWGYLVPGRRDNLAKLPTGTTLESAGVVCPYRAIESLYRKHCLEQGKQQLMPQEAGLAEEFLLTDNSAIWQTVEELDYLEVEAEAKMENLRAAVPGQPLALTARGGPKDTQPSYHHGNGPYNDVDIPGCWFFKLPHKDGNSCNVGSPFAKDFLPKMEDGTLQAGPGGASGPRALEINKMISFWRNAHKRISSQMVVWLPRSALPRAVIRHPDYDEEGLYGAILPQVVTAGTITRRAVEPTWLTASNARPDRVGSELKAMVQAPPGYTLVGADVDSQELWIAAVLGDAHFAGMHGCTAFGWMTLQGRKSRGTDLHSKTATTVGISREHAKIFNYGRIYGAGQPFAERLLMQFNHRLTQQEAAEKAQQMYAATKGLRWYRLSDEGEWLVRELNLPVDRTEGGWISLQDLRKVQRETARKSQWKKWEVVAERAWKGGTESEMFNKLESIATSDIPRTPVLGCCISRALEPSAVQEEFMTSRVNWVVQSSAVDYLHLMLVAMKWLFEEFAIDGRFCISIHDEVRYLVREEDRYRAALALQITNLLTRCMFAYKLGLNDLPQSVAFFSAVDIDRCLRKEVTMDCKTPSNPTGMERRYGIPQGEALDIYQIIELTKGSLEKRSQPGP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pol gamma B
分子量 formula_weight	102458.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MRSRVAVRACHKVCRCLLSGFGGRVDAGQPELLTERSSPKGGHVKSHAELEGNGEHPEAPGSGEGSEALLEICQRRHFLSGSKQQLSRDSLLSGCHPGFGPLGVELRKNLAAEWWTSVVVFREQVFPVDALHHKPGPLLPGDSAFRKLRENLLHGALEHYVNCLDLVNKRLPYGLAQIGVCFHPVFDTKQIRNGVKSIGEKTEASLVWFTPPRTSNQWLDFWLRHRLQWWRKFAMSPSNFSSSDCQDEEGRKGNKLYYNFPWGKELIETLWNLGDHELLHMYPGNVSKLHGRDGRKNVVPCVLSVNGDLDRGMLAYLYDSFQLTENSFTRKKNLHRKVLKLHPCLAPIKVALDVGRGPTLELRQVCQGLFNELLENGISVWPGYLETMQSSLEQLYSKYDEMSILFTVLVTETTLENGLIHLRSRDTTMKEMMHISKLKDFLIKYISSAKNVMRSRVAVRACHKVCRCLLSGFGGRVDAGQPELLTERSSPKGGHVKSHAELEGNGEHPEAPGSGEGSEALLEICQRRHFLSGSKQQLSRDSLLSGCHPGFGPLGVELRKNLAAEWWTSVVVFREQVFPVDALHHKPGPLLPGDSAFRLRENLLHGALEHYVNCLDLVNKRLPYGLAQIGVCFHPVFDTKQIRNGVKSIGEKTEASLVWFTPPRTSNQWLDFWLRHRLQWWRKFAMSPSNFSSSDCQDEEGRKGNKLYYNFPWGKELIETLWNLGDHELLHMYPGNVSKLHGRDGRKNVVPCVLSVNGDLDRGMLAYLYDSFQLTENSFTRKKNLHRKVLKLHPCLAPIKVALDVGRGPTLELRQVCQGLFNELLENGISVWPGYLETMQSSLEQLYSKYDEMSILFTVLVTETTLENGLIHLRSRDTTMKEMMHISKLKDFLIKYISSAKNV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (26-MER)
分子量 formula_weight	7955.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AGCGATACGGCACTGGCCCTCGTTTT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPAPAPCPGPAPGPGPGPCPCPAPGPTPGPCPCPGPTPAPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6795.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

AAAACGAGGGCCAGTGCCGTAC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	;[[(2~{S},5~{R})-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3$l^{4}-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	489.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	291.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5c53B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	5c53B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Anticodon-binding domain

结构域编号 domain_id	5c53C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	5c53C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	800 — Anticodon-binding domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	217.447 Å
晶胞边长 b length_b	217.447 Å
晶胞边长 c length_c	163.593 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.567 Å
最低分辨率 resolution_low	48.909 Å
R 因子 r_factor	0.3014
R_work r_work	0.2998
R_free r_free	0.3382

fit	/app/data/saxs_computation/c5/5c53/5c53.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c5/5c53/5c53.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c5/5c53/5c53.dat

Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit gamma-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)