5c5b

Crystal Structure of Human APPL BAR-PH Heterodimer

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DCC-interacting protein 13-alpha

Homo sapiens

UniProt Q9UKG1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DCC-interacting protein 13-beta × 1 (Q8NEU8) GLYCEROL × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DCC-interacting protein 13-beta × 1 (Q8NEU8) GLYCEROL × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DP13A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–375; UniProt 5–375 作者链 C; PDB构建体 5–375; UniProt 5–375

DCC-interacting protein 13-beta

Homo sapiens

UniProt Q8NEU8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DCC-interacting protein 13-alpha × 1 (Q9UKG1) GLYCEROL × 2 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DCC-interacting protein 13-alpha × 1 (Q9UKG1) GLYCEROL × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DP13B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375 作者链 D; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5c5b
沉积日期 deposition_date2015-06-19
结构标题 titleCrystal Structure of Human APPL BAR-PH Heterodimer
关键词 keywordsheterodimer, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5c5b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5c5b__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5c5b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)49.60 Å
Rg(电子密度)50.57 Å
总 Rg50.35 Å
原子数5679
残基数728
排除体积100500 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5c5b__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5c5b__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd5c5ba1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family familya.238.1.1 — BAR domain
结构域编号 domain_idd5c5ba2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5c5ba3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5c5bb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family familya.238.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5c5bb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5c5bc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family familya.238.1.1 — BAR domain
结构域编号 domain_idd5c5bc2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5c5bc3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5c5bd1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family familya.238.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5c5bd2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5c5bA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain
结构域编号 domain_id5c5bA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id5c5bB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain
结构域编号 domain_id5c5bB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id5c5bC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain
结构域编号 domain_id5c5bC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id5c5bD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain
结构域编号 domain_id5c5bD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
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7. 引用文献 (1)