SAXSdb — 5c5e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein KaiA

Synechococcus elongatus (strain PCC 7942)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	KaiC C-terminal peptide × 2 2-(6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl)-5-[(sulfanylcarbonyl)amino]benzoic acid × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAIA_SYNE7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284 作者链 B； PDB构建体 1–284； UniProt 1–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5c5e
沉积日期 deposition_date	2015-06-19
结构标题 title	Structure of KaiA dimer in complex with C-terminal KaiC peptide at 2.8 A resolution
关键词 keywords	Clock protein KaiA-KaiC complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5c5e__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5c5e__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5c5e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.22 Å
Rg（电子密度）	27.13 Å
总 Rg	27.96 Å
原子数	4920
残基数	604
排除体积	87239 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5c5e__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Circadian clock protein KaiA
分子量 formula_weight	33495.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5018

MLSQIAICIWVESTAILQDCQRALSADRYQLQVCESGEMLLEYAQTHRDQIDCLILVAANPSFRAVVQQLCFEGVVVPAIVVGDRDSEDPDEPAKEQLYHSAELHLGIHQLEQLPYQVDAALAEFLRLAPVETMADHIMLMGANHDPELSSQQRDLAQRLQERLGYLGVYYKRDPDRFLRNLPAYESQKLHQAMQTSYREIVLSYFSPNSNLNQSIDNFVNMAFFADVPVTKVVEIHMELMDEFAKKLRVEGRSEDILLDYRLTLIDVIAHLCEMYRRSIPRETHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Synechococcus elongatus (strain PCC 7942)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1140
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	KaiC C-terminal peptide
分子量 formula_weight	2247.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

DEKSELSRIVRGVQEKGPES

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl)-5-[(sulfanylcarbonyl)amino]benzoic acid
分子量 formula_weight	407.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	98

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5c5eA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5c5eA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1240 — Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — KaiA/RbsU domain

结构域编号 domain_id	5c5eB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5c5eB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1240 — Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — KaiA/RbsU domain

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晶胞边长 a length_a	97.430 Å
晶胞边长 b length_b	97.430 Å
晶胞边长 c length_c	124.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.820 Å
最低分辨率 resolution_low	46.192 Å
R 因子 r_factor	0.2430
R_work r_work	0.2397
R_free r_free	0.3029

Structure of KaiA dimer in complex with C-terminal KaiC peptide at 2.8 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein KaiA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5c5e__assembly_1__model_1

5c5e__assembly_1__model_1 | I(q)

5c5e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of KaiA dimer in complex with C-terminal KaiC peptide at 2.8 A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Circadian clock protein KaiA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5c5e__assembly_1__model_1

5c5e__assembly_1__model_1 | I(q)

5c5e__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)