SAXSdb — 5c6r

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arf-GAP

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 325–451	片段：PH domain	PO4 PHOSPHATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；100 mM Na2HPO4, 100 mM Tris, pH 8.0 and 48% PEG400 (v/v)	分辨率 1.80 Å R-free 0.260
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 325–451	片段：PH domain	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；100 mM Na2HPO4, 100 mM Tris, pH 8.0 and 48% PEG400 (v/v)	分辨率 1.80 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5C6R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5C79 PH domain of ASAP1 in complex with diC4-PtdIns(4,5)P2 提交 2015-06-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 325–451（127 aa）片段：PH domain	未记录	PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 15% PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
5C79 PH domain of ASAP1 in complex with diC4-PtdIns(4,5)P2 提交 2015-06-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 325–451（127 aa）片段：PH domain	未记录	PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 15% PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
8HLO Crystal structure of ASAP1-SH3 and MICAL1-PRM complex 提交 2022-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1087–1147（61 aa）片段：SH3 domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；289.15 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 1.4M Sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 1.17 Å R-free 0.142
8ZE8 Arf-GTPase activating protein Asap1 SH3 domain in complex with 440 Kd Ankyrin-B fragment 提交 2024-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1083–1147（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M MES monohydrate, pH=6.0, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 2.07 Å R-free 0.226
8ZE8 Arf-GTPase activating protein Asap1 SH3 domain in complex with 440 Kd Ankyrin-B fragment 提交 2024-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1083–1147（65 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M MES monohydrate, pH=6.0, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 2.07 Å R-free 0.226
8ZE8 Arf-GTPase activating protein Asap1 SH3 domain in complex with 440 Kd Ankyrin-B fragment 提交 2024-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1083–1147（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M MES monohydrate, pH=6.0, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 2.07 Å R-free 0.226
8ZE8 Arf-GTPase activating protein Asap1 SH3 domain in complex with 440 Kd Ankyrin-B fragment 提交 2024-05-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1083–1147（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M MES monohydrate, pH=6.0, 20 % w/v Polyethylene glycol 6,000	分辨率 2.07 Å R-free 0.226

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASAP1_MOUSE
Isoform	Q9QWY8-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–150； UniProt 325–451 作者链 B； PDB构建体 24–150； UniProt 325–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5c6r
沉积日期 deposition_date	2015-06-23
结构标题 title	Crystal structure of PH domain of ASAP1
关键词 keywords	PH domain, ASPA1, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.45 Å
零角强度 I(0) i0	12570800.00
分子量 molecular_weight	25602.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31862 Å³
包络体积 envelope_volume	39917 Å³
水化壳体积 shell_volume	17793 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.9 Å
壳层 Rg shell_rg	25.12 Å
包络 Rg envelope_rg	19.88 Å
形状 Rg shape_rg	19.41 Å
总 Rg total_rg	20.46 Å
总原子数 total_atoms	1797
残基数 n_residues	218
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8135
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.427
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.125
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2799000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.572; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.856; Smooth: 0.998

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Arf-GAP
分子量 formula_weight	17253.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1838

MGHHHHHHHHHHSSGHIDDDKHMGGYSMHQLQGNKEYGSEKKGFLLKKSDGIRKVWQRRKCAVKNGILTISHATSNRQPAKLNLLTCQVKPNAEDKKSFDLISHNRTYHFQAEDEQDYIAWISVLTNSKEEALTMAFRGEQSTGENSLED

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	34

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5c6rA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	5c6rB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	48.120 Å
晶胞边长 b length_b	48.120 Å
晶胞边长 c length_c	111.333 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	48.120 Å
R 因子 r_factor	0.2107
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2599

fit	/app/data/saxs_computation/c6/5c6r/5c6r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c6/5c6r/5c6r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c6/5c6r/5c6r.dat

Crystal structure of PH domain of ASAP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arf-GAP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction