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5cb5

Structural Insights into the Mechanism of Escherichia coli Ymdb

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O-acetyl-ADP-ribose deacetylase

Escherichia coli K12

UniProt P0A8D6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
11 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
12 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
13 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
14 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 ;[(2R,3R,4R,5R)-5-[[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-2,4-bis(oxidanyl)oxolan-3-yl] ethanoate ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
15 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
16 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
17 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
18 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 ACETATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 ;[(2R,3R,4R,5R)-5-[[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-2,4-bis(oxidanyl)oxolan-3-yl] ethanoate ; × 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1spv 5cb3 5cb5 5cb5 5cb5 5cb5 5cb5 5cb5 5cb5 5cb5 5cb5 5cb5

共 20 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YMDB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 B； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 C； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 D； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 E； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 F； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 G； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 H； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 I； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 J； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 K； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 L； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 M； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 N； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 O； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 P； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 Q； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177 作者链 R； PDB构建体 7–183； UniProt 1–177

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5cb5
沉积日期 deposition_date2015-06-30
结构标题 titleStructural Insights into the Mechanism of Escherichia coli Ymdb
关键词 keywordsdeacetylase, ADPr, OAADPr, macro domain, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5cb5__assembly_10__model_1

Assembly 10 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5cb5__assembly_10__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5cb5__assembly_10__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）16.14 Å
Rg（电子密度）14.85 Å
总 Rg15.98 Å
原子数1313
残基数173
排除体积23218 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5cb5__assembly_1__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5cb5__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 5cb5__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 5cb5__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 5cb5__assembly_5__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 5cb5__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 5cb5__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 5cb5__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 5cb5__assembly_9__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 5cb5__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 5cb5__assembly_11__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 5cb5__assembly_12__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
13 1 5cb5__assembly_13__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
14 1 5cb5__assembly_14__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
15 1 5cb5__assembly_15__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
16 1 5cb5__assembly_16__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
17 1 5cb5__assembly_17__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
18 1 5cb5__assembly_18__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_idd5cb5a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5d_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5e_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5f_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5g_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5h_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5i_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5j_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5k_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5l_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5m_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5n_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5o_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5p_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5q_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain
结构域编号 domain_idd5cb5r_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.2 — Macro domain

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id5cb5A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5E00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5F00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5G00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5H00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5I00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5J00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5K00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5L00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5M00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5N00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5O00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5P00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5Q00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id5cb5R00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
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7. 引用文献 (1)