5cdm

2.5A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	DNA gyrase subunit A × 2 （Q99XG5） ;DNA (5'-D(PGPAPGPCPGPTPAPCGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(PGPAPGPCPGPTPAPCGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 2 GLYCEROL × 2 SULFATE ION × 1 SODIUM ION × 1 ;(2R,4S,4aS)-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4',6'(1'H,3'H)-trione ; × 2 THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–128； UniProt 416–543 作者链 B； PDB构建体 131–190； UniProt 580–639 作者链 D； PDB构建体 1–128； UniProt 416–543 作者链 D； PDB构建体 131–190； UniProt 580–639

DNA gyrase subunit A

Staphylococcus aureus

UniProt Q99XG5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B × 2 （P66937） ;DNA (5'-D(PGPAPGPCPGPTPAPCGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(PGPAPGPCPGPTPAPCGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ; × 2 MANGANESE (II) ION × 2 GLYCEROL × 2 SULFATE ION × 1 SODIUM ION × 1 ;(2R,4S,4aS)-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4',6'(1'H,3'H)-trione ; × 2 THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 water × 8	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRA_STAAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–482； UniProt 9–490 作者链 C； PDB构建体 1–482； UniProt 9–490

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5cdm
沉积日期 deposition_date	2015-07-04
结构标题 title	2.5A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA
关键词 keywords	TYPE IIA TOPOISOMERASE, ANTIBACTERIAL, INHIBITOR, isomerase; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5cdm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5cdm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5cdm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.23 Å
Rg（电子密度）	37.02 Å
总 Rg	37.39 Å
原子数	22442
残基数	1378
排除体积	199840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5cdm__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	21331.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3,5.99.1.3
突变 mutation	;GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	23019

GKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVY

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	54777.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

INERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRYTEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARFPNLLANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMRSRAVIEERGGGRQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQTPLQTSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTDKVAMESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDRRTEIQL

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPAPGPCPGPTPAPCGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	2451.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

GAGCGTAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPAPGPCPGPTPAPCGPGPCPCPGPTPAPCPGPCPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	3654.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,N

GGCCGTACGCTT

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	;(2R,4S,4aS)-2,4-dimethyl-8-nitro-1,2,4,4a-tetrahydro-2'H,6H-spiro[1,4-oxazino[4,3-a]quinoline-5,5'-pyrimidine]-2',4',6'(1'H,3'H)-trione ;
分子量 formula_weight	374.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	322.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	328

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5cdmB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	5cdmD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

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晶胞边长 a length_a	93.884 Å
晶胞边长 b length_b	93.884 Å
晶胞边长 c length_c	412.482 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	36.785 Å
R 因子 r_factor	0.1652
R_work r_work	0.1627
R_free r_free	0.1923

2.5A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5cdm__assembly_1__model_1

5cdm__assembly_1__model_1 | I(q)

5cdm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

2.5A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5cdm__assembly_1__model_1

5cdm__assembly_1__model_1 | I(q)

5cdm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)