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5cel

CBH1 (E212Q) CELLOTETRAOSE COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

1,4-BETA-D-GLUCAN CELLOBIOHYDROLASE I

Hypocrea jecorina

UniProt P00725

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 19–451 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1 - 434 突变：E212Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CO COBALT (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；HANGING DROPS. EQUAL VOLUMES OF 8 MG/ML PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M MES (PH 6.0), 18% (W/V) MONOMETHYLETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, AND 0.02% NA-AZIDE. CRYOPROTECTANT/SOAK SOLUTION CONTAINED 0.1 M MES (PH 6.0), 20% (W/V) MONOMETHYLETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, 20% GLYCEROL AND 0.005 M CELLOTETRAOSE. THE AXES OF THE CRYO-COOLED CRYSTALS ARE SYSTEMATICALLY SHORTER THAN THOSE OF CRYSTALS COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE. IN ORDER TO KEEP THE SAME INDEXING AS IN PREVIOUS ROOM-TEMPERATURE DATA SETS, THE LONGER A-AXIS IS LISTED BEFORE THE SHORTER B-AXIS., vapor diffusion - hanging drop 分辨率 1.90 Å R-free 0.240

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5CEL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CEL THE THREE-DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF CELLOBIOHYDROLASE I FROM TRICHODERMA REESEI 提交 1994-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–451（433 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 IBZ 2-IODOBENZYLTHIO GROUP × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1CEL THE THREE-DIMENSIONAL CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC CORE OF CELLOBIOHYDROLASE I FROM TRICHODERMA REESEI 提交 1994-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 19–451（433 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 IBZ 2-IODOBENZYLTHIO GROUP × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1Q2E CELLOBIOHYDROLASE CEL7A WITH LOOP DELETION 245-252 AND BOUND NON-HYDROLYSABLE CELLOTETRAOSE 提交 2003-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 18–451（434 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN 1-434
突变：245-252 DELETION 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 5000, TRIS-HCL, ETHYLENE GLYCOL, CALCIUM CHLORIDE, SODIUM ACETATE, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.239
1Q2E CELLOBIOHYDROLASE CEL7A WITH LOOP DELETION 245-252 AND BOUND NON-HYDROLYSABLE CELLOTETRAOSE 提交 2003-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 18–451（434 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN 1-434
突变：245-252 DELETION 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 5000, TRIS-HCL, ETHYLENE GLYCOL, CALCIUM CHLORIDE, SODIUM ACETATE, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.75 Å R-free 0.239
3CEL ACTIVE-SITE MUTANT E212Q DETERMINED AT PH 6.0 WITH CELLOBIOSE BOUND IN THE ACTIVE SITE 提交 1996-08-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–451（433 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1 - 434
突变：E212Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；50 MM MES PH 6.0, 5% MONOMETHYL ETHER PEG 5000, 5 MM CDCL2, 1 MM CELLOBIOSE
分辨率 2.00 Å R-free 0.256
6CEL CBH1 (E212Q) CELLOPENTAOSE COMPLEX 提交 1997-09-24 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–451（433 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1 - 434
突变：E212Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CO COBALT (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；HANGING DROPS. EQUAL VOLUMES OF 8 MG/ML PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M MES (PH 6.0), 18% MONOMETHYL ETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, AND 0.02% NA-AZIDE. CRYOPROTECTANT/SOAK SOLUTION CONTAINED 0.1 M MES (PH 6.0), 20% (W/V) MONOMETHYLETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, 15% GLYCEROL AND 0.004 M CELLOTETRAOSE. THE AXES OF THE CRYO-COOLED CRYSTALS ARE SYSTEMATICALLY SHORTER THAN THOSE OF CRYSTALS COLLECTED AT ROOM TEMPERATURE. IN ORDER TO KEEP THE SAME INDEXING AS IN PREVIOUS ROOM-TEMPERATURE DATA SETS, THE LONGER A-AXIS IS LISTED BEFORE THE SHORTER B-AXIS., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.70 Å R-free 0.235
7CEL CBH1 (E217Q) IN COMPLEX WITH CELLOHEXAOSE AND CELLOBIOSE 提交 1997-09-24 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 19–451（433 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1 - 434
突变：E217Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CO COBALT (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；HANGING DROPS. EQUAL VOLUMES OF 8 MG/ML PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M MES (PH 6.0), 18% MONOMETHYL ETHER PEG 5000, 0.01 M COCL2, AND 0.02% NA-AZIDE., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.90 Å R-free 0.215

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GUX1_TRIRE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–434； UniProt 19–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5cel

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5cel
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5cel
沉积日期 deposition_date1997-09-24
结构标题 titleCBH1 (E212Q) CELLOTETRAOSE COMPLEX
关键词 keywordsHYDROLASE, CELLULOSE DEGRADATION, GLYCOSIDASE, GLYCOPROTEIN, GLYCOSYLATED PROTEIN; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.37 Å
零角强度 I(0) i043901800.00
分子量 molecular_weight47682.0 kDa
排除体积 excluded_volume57795 ų
包络体积 envelope_volume64560 ų
水化壳体积 shell_volume25532 ų
包络直径 envelope_diameter69.9 Å
壳层 Rg shell_rg27.97 Å
包络 Rg envelope_rg20.66 Å
形状 Rg shape_rg20.34 Å
总 Rg total_rg21.26 Å
总原子数 total_atoms3330
残基数 n_residues433
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.3 Å
Rg (实空间) rg_real21.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal43900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8960
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.7 Å
偏度 Skewness skewness0.168
峰度 Kurtosis kurtosis-0.400
角度范围 angular_range— – 0.3700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9229000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.973
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5cela_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.10 — Glycosyl hydrolase family 7 catalytic core

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5celA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology100 — 1,4-Beta-D-Glucan Cellobiohydrolase I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glycoside hydrolase, family 7, domain
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)