5cff

Crystal structure of Miranda/Staufen dsRBD5 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Miranda

Drosophila melanogaster

UniProt Q9VDR7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Staufen × 2 (P25159) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Staufen × 2 (P25159) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9VDR7_DROME
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–89; UniProt 514–589 作者链 B; PDB构建体 14–89; UniProt 514–589 作者链 C; PDB构建体 14–89; UniProt 514–589 作者链 D; PDB构建体 14–89; UniProt 514–589

Staufen

Drosophila melanogaster

UniProt P25159

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Miranda × 2 (Q9VDR7) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Miranda × 2 (Q9VDR7) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STAU_DROME
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 6–72; UniProt 953–1019 作者链 F; PDB构建体 6–72; UniProt 953–1019 作者链 G; PDB构建体 6–72; UniProt 953–1019 作者链 H; PDB构建体 6–72; UniProt 953–1019

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5cff
沉积日期 deposition_date2015-07-08
结构标题 titleCrystal structure of Miranda/Staufen dsRBD5 complex
关键词 keywordsCoiled-coil and dsRNA-binding domain complex, TRANSCRIPTION-RNA BINDING PROTEIN complex; TRANSCRIPTION/RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5cff__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5cff__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5cff__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)32.48 Å
Rg(电子密度)33.83 Å
总 Rg33.34 Å
原子数2243
残基数306
排除体积39919 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5cff__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5cff__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5cffE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id5cffF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id5cffG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id5cffH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

7. 引用文献 (1)