SAXSdb — 5d3w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 245–408	片段：unp residues 245-408	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Ammonium sulfate, PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 245–408	片段：unp residues 245-408	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Ammonium sulfate, PEG 3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.215

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5D3W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QIK Crystal structure of the first PDZ domain of PREX1 提交 2011-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 607–706（100 aa）片段：UNP Residues 607-706	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；1.2M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 6.2, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.2M lithium sulfate, 0.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate. Soaked for 6 hours in 0.01 M potassium hexaiodoplatin-(IV)-ate and mother liquor, pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.29 Å R-free 0.269
4YON P-Rex1:Rac1 complex 提交 2015-03-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–404（404 aa）片段：UNP residues 1-404	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 sodium MES, pH 6.5, 0.2M sodium acetate, 15% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.95 Å R-free 0.183
5D27 Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain 提交 2015-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；294 K；Bis Tris, Magnesium chloride, PEG 3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.232
5D3V Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Citrate Bound 提交 2015-08-06	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；Sodium citrate, PEG 8000	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
5D3V Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Citrate Bound 提交 2015-08-06	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；Sodium citrate, PEG 8000	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
5D3X Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；HEPES, Jeffamine ED-2001 pH 7	分辨率 1.69 Å R-free 0.214
5D3X Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；HEPES, Jeffamine ED-2001 pH 7	分辨率 1.69 Å R-free 0.214
5D3Y Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；Bis Tris, polypropylene glycol P400	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
5D3Y Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Inositol-(1,3,4,5)-Tetrakisphosphate Bound 提交 2015-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 245–408（164 aa）片段：unp residues 245-408	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；Bis Tris, polypropylene glycol P400	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–201（164 aa）链 A 202–408（207 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000	分辨率 3.28 Å R-free 0.235
5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 38–201（164 aa）链 C 202–408（207 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000	分辨率 3.28 Å R-free 0.235
5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 38–201（164 aa）链 E 202–408（207 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000	分辨率 3.28 Å R-free 0.235
5FI0 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Rac1 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 38–201（164 aa）链 G 202–408（207 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；Sodium dihydrogen phosphate, PEG 8000	分辨率 3.28 Å R-free 0.235
5FI1 Crystal Structure of the P-Rex1 DH/PH tandem in complex with Cdc42 提交 2015-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–201（164 aa）链 A 202–408（207 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；294 K；Ammonium citrate, PEG 3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.198
6VSK Crystal structure of the P-Rex1 DEP1 domain 提交 2020-02-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 409–499（91 aa）片段：P-Rex1DEP1 domain (UNP residues 409-499)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M HEPES, pH 6.5, 45% w/v poly(acrylic acid sodium salt)2100	分辨率 3.12 Å R-free 0.233
7RX9 Structure of autoinhibited P-Rex1 提交 2021-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–305（265 aa）链 A 323–502（180 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.05 MES pH 6.0	分辨率 3.22 Å R-free 0.262
7SYF Reconstruction of full-length Prex-1 (PtdIns(3,4,5)P3-dependent Rac Exchanger 1) 提交 2021-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 41–305（265 aa）链 A 323–1117（795 aa）链 A 1212–1659（448 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8TUA Full-length P-Rex1 in complex with inositol 1,3,4,5-tetrakisphosphate (IP4) 提交 2023-08-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–1659（1625 aa）	未记录	4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PREX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–167； UniProt 245–408 作者链 B； PDB构建体 4–167； UniProt 245–408

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d3w
沉积日期 deposition_date	2015-08-06
结构标题 title	Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Sulfate Bound
关键词 keywords	pleckstrin homology domain, beta sandwich, phosphatidylinositol-binding, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.51 Å
零角强度 I(0) i0	20384000.00
分子量 molecular_weight	33799.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42067 Å³
包络体积 envelope_volume	52680 Å³
水化壳体积 shell_volume	20138 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.63 Å
包络 Rg envelope_rg	24.19 Å
形状 Rg shape_rg	23.51 Å
总 Rg total_rg	24.16 Å
总原子数 total_atoms	2373
残基数 n_residues	289
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.5 Å
Rg (实空间) rg_real	24.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7556
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.649
峰度 Kurtosis kurtosis	0.146
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4177000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.462; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.447; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
分子量 formula_weight	19287.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2605

GEFEKLEALEQLQSHIEGWEGSNLTDICTQLLLQGTLLKISAGNIQERAFFLFDNLLVYCKRKSRVTGSKKSTKRTKSINGSLYIFRGRINTEVMEVENVEDGTADYHSNGYTVTNGWKIHNTAKNKWFVCMAKTAEEKQKWLDAIIREREQRESLKLGMERDAYVM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	214

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5d3wa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5d3wa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5d3wb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5d3wA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	5d3wB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.318 Å
晶胞边长 b length_b	72.526 Å
晶胞边长 c length_c	83.527 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.852 Å
最低分辨率 resolution_low	36.192 Å
R 因子 r_factor	0.1742
R_work r_work	0.1721
R_free r_free	0.2155

fit	/app/data/saxs_computation/d3/5d3w/5d3w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d3/5d3w/5d3w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d3/5d3w/5d3w.dat

Crystal Structure of the P-Rex1 PH domain with Sulfate Bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction