5d4k

Crystal structure of the human polymeric Ig receptor (pIgR) ectodomain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 146.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymeric immunoglobulin receptor

Homo sapiens

UniProt P01833

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 19–565 片段:ectodomain (UNP residues 19-565) alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;295 K;0.2 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris pH 5.5, 31% Polyethylene glycol 3350 分辨率 2.60 Å R-free 0.254
2 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–565 片段:ectodomain (UNP residues 19-565) alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;295 K;0.2 M ammonium sulfate, 0.1M BisTris pH 5.5, 31% Polyethylene glycol 3350 分辨率 2.60 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIGR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–547; UniProt 19–565 作者链 B; PDB构建体 1–547; UniProt 19–565

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5d4k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5d4k
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5d4k
沉积日期 deposition_date2015-08-07
结构标题 titleCrystal structure of the human polymeric Ig receptor (pIgR) ectodomain
关键词 keywordsIg Super Family (IgSF), polymeric Ig-binding protein, mucosal immunity, Secretory Component, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.61
零角强度 I(0) i0230930000.00
分子量 molecular_weight120550.0 kDa
排除体积 excluded_volume149690 ų
包络体积 envelope_volume213870 ų
水化壳体积 shell_volume46027 ų
包络直径 envelope_diameter155.9
壳层 Rg shell_rg44.08
包络 Rg envelope_rg39.66
形状 Rg shape_rg40.60
总 Rg total_rg40.81
总原子数 total_atoms16686
残基数 n_residues1075
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax146.0
Rg (实空间) rg_real40.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real2.3090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.7340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal230900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8479
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary48.7
偏度 Skewness skewness0.483
峰度 Kurtosis kurtosis-0.103
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16410000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.812; Smooth: 0.884

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5d4kA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5d4kA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5d4kB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5d4kB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)