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5d65

X-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3) WITH HEPARIN COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-C motif chemokine 3

Homo sapiens

UniProt P10147

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 5 其他聚合物 2 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–92 链 B； UniProt 23–92 链 C； UniProt 23–92 链 D； UniProt 23–92 链 E； UniProt 23–92 片段：UNP residues 23-92 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid × 2 BGC beta-D-glucopyranose × 9 CL CHLORIDE ION × 2 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；0.1M Tris, pH 7.0; 1.8M (NH4)2SO4; 分辨率 3.10 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5D65 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B50 NMR STRUCTURE OF HUMAN MIP-1A D26A, 10 STRUCTURES 提交 1999-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–92（69 aa）
链 B 24–92（69 aa）
突变：D26A 突变：D26A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）NO ADDED SALT；压力 1
NMR样品组成 10% H2O/90% D2O
分辨率未提供
1B53 NMR STRUCTURE OF HUMAN MIP-1A D26A, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1999-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–92（69 aa）
链 B 24–92（69 aa）
突变：D26A 突变：D26A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）NO ADDED SALT；压力 1
NMR样品组成 10% H2O/90% D2O
分辨率未提供
2X69 X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha polymer 提交 2010-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–92（70 aa） 片段：RESIDUES 23-92
链 C 23–92（70 aa） 片段：RESIDUES 23-92
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.265
2X69 X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha polymer 提交 2010-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–92（70 aa） 片段：RESIDUES 23-92
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.265
2X69 X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha polymer 提交 2010-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–92（70 aa） 片段：RESIDUES 23-92
链 E 23–92（70 aa） 片段：RESIDUES 23-92
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.265
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 23–92（70 aa）
链 R 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 23–92（70 aa）
链 F 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 23–92（70 aa）
链 P 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 23–92（70 aa）
链 D 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 23–92（70 aa）
链 J 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–92（70 aa）
链 B 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 23–92（70 aa）
链 H 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 23–92（70 aa）
链 N 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
2X6G X-ray Structure of Macrophage Inflammatory Protein-1 alpha (D27A) 提交 2010-02-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 23–92（70 aa）
链 L 23–92（70 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2M NH4AC, 0.1M HEPES (PH7.8), 26% PEG3350
分辨率 2.18 Å R-free 0.286
3FPU The crystallographic structure of the Complex between Evasin-1 and CCL3 提交 2009-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–92（69 aa）
突变：A10T NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；291 K；24% (w/v) PEG 3350, 200mM Ammonium sulfate, 100mM HEPES, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.76 Å R-free 0.285
3H44 Crystal Structure of Insulin Degrading Enzyme in Complex with macrophage inflammatory protein 1 alpha 提交 2009-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 23–92（70 aa） 片段：residues 23-92
链 D 23–92（70 aa） 片段：residues 23-92
未记录 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 6 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；13% PEGMME 5000, 100mM HEPES, pH 7.0, 10%, Tacsimate, 10% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.237
3H44 Crystal Structure of Insulin Degrading Enzyme in Complex with macrophage inflammatory protein 1 alpha 提交 2009-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 23–92（70 aa） 片段：residues 23-92
链 D 23–92（70 aa） 片段：residues 23-92
未记录 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 6 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；13% PEGMME 5000, 100mM HEPES, pH 7.0, 10%, Tacsimate, 10% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.237
3H44 Crystal Structure of Insulin Degrading Enzyme in Complex with macrophage inflammatory protein 1 alpha 提交 2009-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 23–92（70 aa） 片段：residues 23-92
未记录 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 3 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；13% PEGMME 5000, 100mM HEPES, pH 7.0, 10%, Tacsimate, 10% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.237
3H44 Crystal Structure of Insulin Degrading Enzyme in Complex with macrophage inflammatory protein 1 alpha 提交 2009-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–92（70 aa） 片段：residues 23-92
未记录 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 3 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；13% PEGMME 5000, 100mM HEPES, pH 7.0, 10%, Tacsimate, 10% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.237
3KBX Human macrophage inflammatory protein-1 alpha L3M_V63M 提交 2009-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–92（70 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） K POTASSIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.257
3KBX Human macrophage inflammatory protein-1 alpha L3M_V63M 提交 2009-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–92（70 aa）
链 C 23–92（70 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.257
3KBX Human macrophage inflammatory protein-1 alpha L3M_V63M 提交 2009-10-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–92（70 aa）
链 E 23–92（70 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.257
4RA8 Structure analysis of the Mip1a P8A mutant 提交 2014-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–91（69 aa） 片段：UNP residues 23-91
突变：P8A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.248
4RA8 Structure analysis of the Mip1a P8A mutant 提交 2014-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–91（69 aa） 片段：UNP residues 23-91
链 C 23–91（69 aa） 片段：UNP residues 23-91
突变：P8A 突变：P8A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.248
4RA8 Structure analysis of the Mip1a P8A mutant 提交 2014-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 23–91（69 aa） 片段：UNP residues 23-91
链 E 23–91（69 aa） 片段：UNP residues 23-91
突变：P8A 突变：P8A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.248
4ZKB The chemokine binding protein of orf virus complexed with CCL3 提交 2015-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–92（69 aa） 片段：UNP residues 24-92
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH5.6, 2.0M ammonium citrate
分辨率 2.90 Å R-free 0.323
5COR X-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3) N-TERMINAL-SWITCH POLYMER 提交 2015-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 23–92（70 aa）
链 C 23–92（70 aa）
链 E 23–92（70 aa）
链 G 23–92（70 aa）
链 I 23–92（70 aa）
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 6 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.16 K；0.01 M Cobalt (II) chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.0 M 1,6-Hexanediol
分辨率 2.55 Å R-free 0.220
5COR X-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3) N-TERMINAL-SWITCH POLYMER 提交 2015-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 23–92（70 aa）
链 D 23–92（70 aa）
链 F 23–92（70 aa）
链 H 23–92（70 aa）
链 J 23–92（70 aa）
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 4 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.16 K；0.01 M Cobalt (II) chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 1.0 M 1,6-Hexanediol
分辨率 2.55 Å R-free 0.220
7F1Q Cryo-EM structure of the chemokine receptor CCR5 in complex with MIP-1a and Gi 提交 2021-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 24–92（69 aa）
突变：T15R,T112C,G259N 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7F1T Crystal structure of the human chemokine receptor CCR5 in complex with MIP-1a 提交 2021-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–92（69 aa）
突变：T15C,T108C,C150Y,M156A,G255N,A376D,R417A,T427A,K446E ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100mM HEPES, pH 6.0, 250mM ammonium sulfate, 30% (v/v) PEG 400, 8% (v/v) PPG 400
分辨率 2.60 Å R-free 0.271

共 12 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCL3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–70； UniProt 23–92 作者链 B； PDB构建体 1–70； UniProt 23–92 作者链 C； PDB构建体 1–70； UniProt 23–92 作者链 D； PDB构建体 1–70； UniProt 23–92 作者链 E； PDB构建体 1–70； UniProt 23–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5d65

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5d65
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5d65
沉积日期 deposition_date2015-08-11
结构标题 titleX-RAY STRUCTURE OF MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-1 ALPHA (CCL3) WITH HEPARIN COMPLEX
关键词 keywordsCC chemokine, CCL3, OLIGOMER, SIGNALING PROTEIN, HEPARIN, GAG, COMPLEX, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.12 Å
零角强度 I(0) i031296000.00
分子量 molecular_weight40991.0 kDa
排除体积 excluded_volume50333 ų
包络体积 envelope_volume64126 ų
水化壳体积 shell_volume23331 ų
包络直径 envelope_diameter77.3 Å
壳层 Rg shell_rg30.03 Å
包络 Rg envelope_rg23.06 Å
形状 Rg shape_rg23.13 Å
总 Rg total_rg23.90 Å
总原子数 total_atoms2855
残基数 n_residues338
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9095
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.5 Å
偏度 Skewness skewness0.199
峰度 Kurtosis kurtosis-0.534
角度范围 angular_range— – 0.3300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5137000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.970
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd5d65a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines
结构域编号 domain_idd5d65b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines
结构域编号 domain_idd5d65c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines
结构域编号 domain_idd5d65d_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines
结构域编号 domain_idd5d65e_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5d65A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id5d65B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id5d65C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id5d65D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id5d65E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)