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5d7w

Crystal structure of serralysin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serralysin

Serratia marcescens

UniProt P23694

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–487 片段：UNP residues 20-487 突变：P250L ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；289 K；PEG 8000,Ammonium sulfate,sodium citrate 分辨率 1.10 Å R-free 0.186

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5D7W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AF0 SERRATIA PROTEASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR 提交 1997-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 17–487（471 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7 0Z9 N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-hydroxy-L-alaninamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；0.2 M AMMONIUM SULFATE, 20%PEG 4K, PH 6.5
分辨率 1.80 Å
1SAT CRYSTAL STRUCTURE OF THE 50 KDA METALLO PROTEASE FROM S. MARCESCENS 提交 1994-07-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 17–487（471 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.75 Å
1SMP CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN SERRATIA MARCESCENS METALLO-PROTEASE AND AN INHIBITOR FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI 提交 1995-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–487（471 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.247

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRZN_SERMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–469； UniProt 20–487

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5d7w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5d7w
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5d7w
沉积日期 deposition_date2015-08-14
结构标题 titleCrystal structure of serralysin
关键词 keywordsprotease, metalloprotease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.08 Å
零角强度 I(0) i045934100.00
分子量 molecular_weight50732.0 kDa
排除体积 excluded_volume62356 ų
包络体积 envelope_volume73171 ų
水化壳体积 shell_volume25033 ų
包络直径 envelope_diameter97.5 Å
壳层 Rg shell_rg31.52 Å
包络 Rg envelope_rg26.59 Å
形状 Rg shape_rg26.09 Å
总 Rg total_rg26.57 Å
总原子数 total_atoms3581
残基数 n_residues469
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.1 Å
Rg (实空间) rg_real26.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.6400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal45930000.0000
解质量估计 total_estimate0.8141
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.7 Å
偏度 Skewness skewness0.635
峰度 Kurtosis kurtosis-0.003
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6947000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.629; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.732; Smooth: 0.961
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd5d7wa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family familyd.92.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5d7wa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.80 — Single-stranded right-handed beta-helix
超家族 Superfamily superfamilyb.80.7 — beta-Roll
家族 Family familyb.80.7.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5d7wa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5d7wA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture150 — 2 Solenoid
拓扑 Topology topology10 — Alkaline Protease, subunit P, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Serralysin-like metalloprotease, C-terminal
结构域编号 domain_id5d7wA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Collagenase (Catalytic Domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)