SAXSdb — 5d7y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	;methyl (4R)-4-(2-chloro-4-fluorophenyl)-6-{[4-(3-hydroxypenta-1,4-diyn-3-yl)piperidin-1-yl]methyl}-2-(pyridin-2-yl)-1,4-dihydropyrimidine-5-carboxylate ; × 120	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;methyl (4R)-4-(2-chloro-4-fluorophenyl)-6-{[4-(3-hydroxypenta-1,4-diyn-3-yl)piperidin-1-yl]methyl}-2-(pyridin-2-yl)-1,4-dihydropyrimidine-5-carboxylate ; × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 20	;methyl (4R)-4-(2-chloro-4-fluorophenyl)-6-{[4-(3-hydroxypenta-1,4-diyn-3-yl)piperidin-1-yl]methyl}-2-(pyridin-2-yl)-1,4-dihydropyrimidine-5-carboxylate ; × 10	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	;methyl (4R)-4-(2-chloro-4-fluorophenyl)-6-{[4-(3-hydroxypenta-1,4-diyn-3-yl)piperidin-1-yl]methyl}-2-(pyridin-2-yl)-1,4-dihydropyrimidine-5-carboxylate ; × 12	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	;methyl (4R)-4-(2-chloro-4-fluorophenyl)-6-{[4-(3-hydroxypenta-1,4-diyn-3-yl)piperidin-1-yl]methyl}-2-(pyridin-2-yl)-1,4-dihydropyrimidine-5-carboxylate ; × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	;methyl (4R)-4-(2-chloro-4-fluorophenyl)-6-{[4-(3-hydroxypenta-1,4-diyn-3-yl)piperidin-1-yl]methyl}-2-(pyridin-2-yl)-1,4-dihydropyrimidine-5-carboxylate ; × 120	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAPSD_HBVD1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 C； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 D； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d7y
沉积日期 deposition_date	2015-08-14
结构标题 title	Crystal structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with the allosteric modulator HAP18
关键词 keywords	;capsid, core protein, hepadnavirus, icosahedral, assembly effector, assembly accelerator, allosteric modulator, HAP, VIRUS-INHIBITOR complex ;; VIRUS/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5d7y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5d7y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5d7y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	147.60 Å
总 Rg	147.70 Å
原子数	276600
残基数	34200
排除体积	4953600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5d7y__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5d7y__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5d7y__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5d7y__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5d7y__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`5d7y__assembly_6__model_1`	240-meric （240）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5d7yA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4090 — Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus

结构域编号 domain_id	5d7yB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4090 — Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus

结构域编号 domain_id	5d7yC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4090 — Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus

结构域编号 domain_id	5d7yD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	4090 — Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus

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晶胞边长 a length_a	529.375 Å
晶胞边长 b length_b	367.411 Å
晶胞边长 c length_c	542.002 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.79 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	960

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.894 Å
最低分辨率 resolution_low	35.682 Å
R 因子 r_factor	0.2626
R_work r_work	0.2626
R_free r_free	0.2732

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	16823.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4610

Crystal structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with the allosteric modulator HAP18

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d7y__assembly_1__model_1

5d7y__assembly_1__model_1 | I(q)

5d7y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979)
通用名 common_name	HBV-D
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10419
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Crystal structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with the allosteric modulator HAP18

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d7y__assembly_1__model_1

5d7y__assembly_1__model_1 | I(q)

5d7y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)