SAXSdb — 5da7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen

Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Thermococcales inhibitor of PCNA × 1 （Q5JH72） SULFATE ION × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Thermococcales inhibitor of PCNA × 1 （Q5JH72） SULFATE ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA1_THEKO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249 作者链 D； PDB构建体 1–249； UniProt 1–249

Thermococcales inhibitor of PCNA

物种未注明

UniProt Q5JH72

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen × 1 （Q5JF32） SULFATE ION × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen × 1 （Q5JF32） SULFATE ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5JH72_THEKO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64 作者链 E； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5da7
沉积日期 deposition_date	2015-08-19
结构标题 title	monomeric PCNA bound to a small protein inhibitor
关键词 keywords	complex, inhibitor, DNA binding protein-inhibitor complex; DNA binding protein/inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5da7__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5da7__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5da7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.57 Å
Rg（电子密度）	20.25 Å
总 Rg	21.17 Å
原子数	2284
残基数	282
排除体积	40982 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5da7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5da7__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen
分子量 formula_weight	29099.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	4598

MPFEVVFDGAKEFADLIATASNLIDEAAFKFTEEGISMRAMDPSRVVLIDLNLPESIFSKYEVEEPETIGINMDQFKKILKRGKAKDTLILRKGDENFLEITFEGTAKRTFRLPLIDVEELELELPELPFTAKVVLLGEVLKEGIKDASLVSDAIKFIAKENEFTMKAEGETNEVEIRLTLEDEGLLDLEVEEETKSAYGIRYLSDMVKGIGKADEVILRFGNEMPLQMEYMIRDEGRLTFLLAPRVEEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thermococcales inhibitor of PCNA
分子量 formula_weight	7629.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MDRKLDEFIGDATPKKVSKEKPVRRKKRLKPTSLDSFLPEEHINYFRDLRIGSKKIRNAKIEEL

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5da7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5da7D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	82.341 Å
晶胞边长 b length_b	184.079 Å
晶胞边长 c length_c	330.684 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	F 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	22
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.802 Å
最低分辨率 resolution_low	29.962 Å
R 因子 r_factor	0.2035
R_work r_work	0.2006
R_free r_free	0.2611

monomeric PCNA bound to a small protein inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thermococcales inhibitor of PCNA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5da7__assembly_2__model_1

5da7__assembly_2__model_1 | I(q)

5da7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

monomeric PCNA bound to a small protein inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase sliding clamp 1, Proliferating cell nuclear antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thermococcales inhibitor of PCNA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5da7__assembly_2__model_1

5da7__assembly_2__model_1 | I(q)

5da7__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)