5dn6

ATP synthase from Paracoccus denitrificans

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Chain A × 1 Chain B × 1 Chain C × 1 ATP synthase subunit beta × 3 （A1B8P0） ATP synthase gamma chain × 1 （A1B8N9） ATP synthase subunit delta × 1 （A1B8N7） ATP synthase epsilon chain × 1 （A1B8P1） ATP synthase F0 subcomplex C subunit × 12 （A1B618） Chain V × 1 Chain W × 1 ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a × 1 （A1B619） Chain Y × 1 Zeta inhibitor protein × 1 （A1B602） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPA_PARDP
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511 作者链 B； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511 作者链 C； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511

ATP synthase subunit beta

物种未注明

UniProt A1B8P0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Chain A × 1 Chain B × 1 Chain C × 1 ATP synthase subunit alpha × 3 （A1B8N8） ATP synthase gamma chain × 1 （A1B8N9） ATP synthase subunit delta × 1 （A1B8N7） ATP synthase epsilon chain × 1 （A1B8P1） ATP synthase F0 subcomplex C subunit × 12 （A1B618） Chain V × 1 Chain W × 1 ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a × 1 （A1B619） Chain Y × 1 Zeta inhibitor protein × 1 （A1B602） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPB_PARDP
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–474； UniProt 1–474 作者链 E； PDB构建体 1–474； UniProt 1–474 作者链 F； PDB构建体 1–474； UniProt 1–474

ATP synthase gamma chain

物种未注明

UniProt A1B8N9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Chain A × 1 Chain B × 1 Chain C × 1 ATP synthase subunit alpha × 3 （A1B8N8） ATP synthase subunit beta × 3 （A1B8P0） ATP synthase subunit delta × 1 （A1B8N7） ATP synthase epsilon chain × 1 （A1B8P1） ATP synthase F0 subcomplex C subunit × 12 （A1B618） Chain V × 1 Chain W × 1 ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a × 1 （A1B619） Chain Y × 1 Zeta inhibitor protein × 1 （A1B602） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPG_PARDP
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–290； UniProt 1–290

ATP synthase subunit delta

物种未注明

UniProt A1B8N7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Chain A × 1 Chain B × 1 Chain C × 1 ATP synthase subunit alpha × 3 （A1B8N8） ATP synthase subunit beta × 3 （A1B8P0） ATP synthase gamma chain × 1 （A1B8N9） ATP synthase epsilon chain × 1 （A1B8P1） ATP synthase F0 subcomplex C subunit × 12 （A1B618） Chain V × 1 Chain W × 1 ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a × 1 （A1B619） Chain Y × 1 Zeta inhibitor protein × 1 （A1B602） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPD_PARDP
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–188； UniProt 1–188

ATP synthase epsilon chain

物种未注明

UniProt A1B8P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Chain A × 1 Chain B × 1 Chain C × 1 ATP synthase subunit alpha × 3 （A1B8N8） ATP synthase subunit beta × 3 （A1B8P0） ATP synthase gamma chain × 1 （A1B8N9） ATP synthase subunit delta × 1 （A1B8N7） ATP synthase F0 subcomplex C subunit × 12 （A1B618） Chain V × 1 Chain W × 1 ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a × 1 （A1B619） Chain Y × 1 Zeta inhibitor protein × 1 （A1B602） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATPE_PARDP
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148

ATP synthase F0 subcomplex C subunit

物种未注明

UniProt A1B618

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Chain A × 1 Chain B × 1 Chain C × 1 ATP synthase subunit alpha × 3 （A1B8N8） ATP synthase subunit beta × 3 （A1B8P0） ATP synthase gamma chain × 1 （A1B8N9） ATP synthase subunit delta × 1 （A1B8N7） ATP synthase epsilon chain × 1 （A1B8P1） Chain V × 1 Chain W × 1 ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a × 1 （A1B619） Chain Y × 1 Zeta inhibitor protein × 1 （A1B602） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A1B618_PARDP
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 K； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 L； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 M； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 N； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 O； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 P； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 Q； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 R； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 S； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 T； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77 作者链 U； PDB构建体 1–77； UniProt 1–77

ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a

物种未注明

UniProt A1B619

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Chain A × 1 Chain B × 1 Chain C × 1 ATP synthase subunit alpha × 3 （A1B8N8） ATP synthase subunit beta × 3 （A1B8P0） ATP synthase gamma chain × 1 （A1B8N9） ATP synthase subunit delta × 1 （A1B8N7） ATP synthase epsilon chain × 1 （A1B8P1） ATP synthase F0 subcomplex C subunit × 12 （A1B618） Chain V × 1 Chain W × 1 Chain Y × 1 Zeta inhibitor protein × 1 （A1B602） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ATP6_PARDP
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 36–283； UniProt 1–248

Zeta inhibitor protein

物种未注明

UniProt A1B602

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 29	Chain A × 1 Chain B × 1 Chain C × 1 ATP synthase subunit alpha × 3 （A1B8N8） ATP synthase subunit beta × 3 （A1B8P0） ATP synthase gamma chain × 1 （A1B8N9） ATP synthase subunit delta × 1 （A1B8N7） ATP synthase epsilon chain × 1 （A1B8P1） ATP synthase F0 subcomplex C subunit × 12 （A1B618） Chain V × 1 Chain W × 1 ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a × 1 （A1B619） Chain Y × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MAGNESIUM ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A1B602_PARDP
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dn6
沉积日期 deposition_date	2015-09-09
结构标题 title	ATP synthase from Paracoccus denitrificans
关键词 keywords	Hydrolase, Paracoccus denitrificans, ATP synthase, complex, regulation, proton translocation; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5dn6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5dn6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5dn6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.93 Å
Rg（电子密度）	59.75 Å
总 Rg	58.97 Å
原子数	31527
残基数	4682
排除体积	550460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5dn6__assembly_1__model_1`	29-meric （29）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chain A
分子量 formula_weight	1720.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	31527

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chain B
分子量 formula_weight	1294.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

XXXXXXXXXXXXXXX

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Chain C
分子量 formula_weight	1635.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

XXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	55099.8 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

MGIQAAEISAILKDQIKNFGQDAEVAEVGQVLSVGDGIARVYGLDKVQAGEMVEFPGGIRGMVLNLETDNVGVVIFGDDRDIKEGDTVKRTGAIVEVPAGKELLGRVVDALGNPIDGKGPLNASERRIADVKAPGIMPRKSVHEPMATGLKSVDAMIPVGRGQRELIIGDRQTGKTAIALDTILNQANYNGREADGMKTLHCIYVAVGQKRSTVAQLVKKLEETGAMAYTTVVAATASDPAPMQYLAPYSATAMGEYFRDNGMDALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERSAKLNEANGAGSLTALPIIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFFQGIRPAVNTGLSVSRVGSAAQTKAMKSVAGPVKLELAQYREMAAFAQFGSDLDAATQKLLNRGARLTELMKQPQYSPLTNAEIVIVIYAGTKGYLDGIPVRDVTKWEHGLLQYLRNQKADLLEDMTKNDRKVAGELEDAIKAALDGYAKTYA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	50386.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MAEANGKITQVIGAVVDVQFDGQLPAILNALETENNGKRLVLEVAQHLGENTVRTIAMDATEGLVRGLPVKDTGGPIMVPVGDATLGRILNVVGEPVDEGGPVEATQTRAIHQQAPDFAAQATASEILVTGIKVIDLLAPYSKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNIAKVHSGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMVESGVIKPDDLSKSQVALVYGQMNEPPGARMRVALTGLTVAEQFRDATGTDVLFFVDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGAMQERITSTKNGSITSIQAVYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAISELGIYPAVDPLDSNSRILDPAVVGEEHYQVARDVQGILQKYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLTVARARKIQRFLSQPFDVAKVFTGSDGVQVPLEDTIKSFKAVVAGEYDHLPEAAFYMVGGIEDVKAKAQRLAADAA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase gamma chain
分子量 formula_weight	31639.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPSLKDLKNRIGSVKNTRKITKAMQMVAAAKLRRAQEAAEAARPYADRMAAVMAGLTAAAAGSDMAPRLLAGTGEDRRHLLVVMTSERGLAGGFNSSIVKLARLRLQELQAQGKQVSILTVGKKGREQLKREYGDLFVNHVDLSEVKRIGYDNARAIADEILDRFDNGEFDVATLFYNRFESVISQVPTARQVIPAVIEEGEAGASSLYDYEPDENAILNDLLPRSVATQVFAALLENAASEQGARMTAMDNATRNAGDMIDRLTTVYNRSRQAAITKELIEIISGAEAL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta
分子量 formula_weight	20047.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MTVANSASISADIAGRYAQALFDLVRDSGGIDALSSQIDDLASAYDASQDLRDLTLSPLYDRQQQEAAVGALSERMGLSAELANTLRLLARNRRLFTLPQFVAKLRNLIADAKGEVTADVVSAQALTDEQKARLADTLAAKSGKTVKLNARVDESLIGGMIVKLGSQMIDSSIRSKLASLQNAMKEVG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	ATP synthase epsilon chain
分子量 formula_weight	15840.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MADTMQFDLVSPERNLVSVPVREVRLPGADGDLTAMPGHAPAIVNLRPGLVTVVAGDGSETEFAVTGGFAEINNESVTLLAERGHPRAEMTQEVFNEMMAQARRRVEAAKERESAGEELVAAAVKLLADMEALGTHIGLDPNHANFPH

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	ATP synthase F0 subcomplex C subunit
分子量 formula_weight	7610.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U

MENLGQLGQYLGAGLACVGMAGAAMGVGNVAGNYLAGALRNPSAAASQTATLFIGMAFAEALGIFSFLVALLLLFAV

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Chain V
分子量 formula_weight	6656.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Chain W
分子量 formula_weight	10571.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	29724.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXMAEEEAGGLVFHPMDQFVIKPLFGEGPVNWYTPTNATLWMALAALAITALLVFGTRGRAIVPNRVQSIAELLYGMVHKMVEDVTGKDGLKYFPYVMTLFCFILFANFLGLLPKSFSPTSHIAVTAVLAVLVFAGVTVLGFVKNGAHFLGLFWVSSAPLALRPVLAVIELISYFVRPVSHSIRLAGNIMAGHAVIKVFAAFAAVAAIAPVSVVAITAMYGLEVLVCLIQAYVFTILTCVYLKDALHPAH

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Chain Y
分子量 formula_weight	4613.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Zeta inhibitor protein
分子量 formula_weight	11687.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MTTFDDRERAHEAKFAHDAELNFKAEARRNRLLGEWAAGLLGKTGDDARAYALTVVTSDFDEPGDEDVFRKLAADLEGKADEETIRAKMVELRATAREQIISEI

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

CATH v4.4 (33 domains)

结构域编号 domain_id	5dn6A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5dn6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5dn6A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5dn6B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5dn6B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5dn6B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5dn6C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5dn6C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5dn6C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	150 — Lysin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — ATP synthase alpha/beta chain, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5dn6D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	5dn6D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5dn6D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	5dn6E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	5dn6E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5dn6E03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	5dn6F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	5dn6F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5dn6F03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1140 — Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3

结构域编号 domain_id	5dn6G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain

结构域编号 domain_id	5dn6G02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1380 — Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATP synthase, F1 complex, gamma subunit

结构域编号 domain_id	5dn6I00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	15 — ATP Synthase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal

结构域编号 domain_id	5dn6J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6L00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6M00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6N00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6O00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6P00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6Q00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6R00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6S00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6T00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

结构域编号 domain_id	5dn6U00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	20 — F1FO ATP Synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — F1F0 ATP synthase subunit C

▶

晶胞边长 a length_a	112.001 Å
晶胞边长 b length_b	187.943 Å
晶胞边长 c length_c	164.724 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.980 Å
最低分辨率 resolution_low	36.840 Å
R 因子 r_factor	0.2969
R_work r_work	0.2955
R_free r_free	0.3241

ATP synthase from Paracoccus denitrificans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase epsilon chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase F0 subcomplex C subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a,ATP synthase subunit a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Zeta inhibitor protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dn6__assembly_1__model_1

5dn6__assembly_1__model_1 | I(q)

5dn6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer