SAXSdb — 5dny

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA double-strand break repair protein Mre11

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase × 2 （Q58718） DNA (27-MER) × 1 DNA (27-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 4 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MRE11_METJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–386； UniProt 1–366 作者链 C； PDB构建体 21–386； UniProt 1–366

DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)

UniProt Q58718

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA double-strand break repair protein Mre11 × 2 （Q58719） DNA (27-MER) × 1 DNA (27-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 4 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD50_METJA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–190； UniProt 1–190 作者链 B； PDB构建体 191–371； UniProt 825–1005 作者链 D； PDB构建体 1–190； UniProt 1–190 作者链 D； PDB构建体 191–371； UniProt 825–1005

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dny
沉积日期 deposition_date	2015-09-10
结构标题 title	Structure of the ATPrS-Mre11/Rad50-DNA complex
关键词 keywords	Nuclease, RECOMBINATION-DNA complex; RECOMBINATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5dny__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5dny__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5dny__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.77 Å
Rg（电子密度）	38.22 Å
总 Rg	38.58 Å
原子数	12656
残基数	1468
排除体积	224060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5dny__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA double-strand break repair protein Mre11
分子量 formula_weight	45370.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12658

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMMFVHIADNHLGYRQYNLDDREKDIYDSFKLCIKKILEIKPDVVLHSGDLFNDLRPPVKALRIAMQAFKKLHENNIKVYIVAGNHEMPRRLGEESPLALLKDYVKILDGKDVINVNGEEIFICGTYYHKKSKREEMLDKLKNFESEAKNYKKKILMLHQGINPYIPLDYELEHFDLPKFSYYALGHIHKRILERFNDGILAYSGSTEIIYRNEYEDYKKEGKGFYLVDFSGNDLDISDIEKIDIECREFVEVNIKDKKSFNEAVNKIERCKNKPVVFGKIKREFKPWFDTLKDKILINKAIIVDDEFIDMPDNVDIESLNIKELLVDYANRQGIDGDLVLSLYKALLNNENWKELLDEYYNTKFRG

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase
分子量 formula_weight	42389.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSMILKEIRMNNFKSHVNSRIKFEKGIVAIIGENGSGKSSIFEAVFFALFGAGSNFNYDTIITKGKKSVYVELDFEVNGNNYKIIREYDSGRGGAKLYKNGKPYATTISAVNKAVNEILGVDRNMFLNSIYIKQGEIAKFLSLKPSEKLETVAKLLGIDEFEKCYQKMGEIVKEYEKRLERIEGELNYKEESLKARLKEMSNLEKEKEKLTKFVEYLDKVRRIFGRNGFQAYLREKYVPLIQKYLNEAFSEFDLPYSFVELTKDFEVRVHAPNGVLTIDNLSGGEQIAVALSLRLAIANALIGNRVECIILDEPTVYLDENRRAKLAEIFRKVKSIPQMIIITHHRELEDVADVIINVKKDGNVSKVKING

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8364.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AAAGTTGGGATTGAGACACACATTCGT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8226.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TTACGAATGTGTGTCTCAATCCCAACT

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5dnyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	5dnyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	5dnyA03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Mre11, C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	5dnyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	5dnyC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	5dnyC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	5dnyC03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	10 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Mre11, C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	5dnyD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	84.303 Å
晶胞边长 b length_b	130.111 Å
晶胞边长 c length_c	166.656 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.110 Å
最低分辨率 resolution_low	40.865 Å
R 因子 r_factor	0.2239
R_work r_work	0.2211
R_free r_free	0.2733

Structure of the ATPrS-Mre11/Rad50-DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA double-strand break repair protein Mre11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dny__assembly_1__model_1

5dny__assembly_1__model_1 | I(q)

5dny__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the ATPrS-Mre11/Rad50-DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA double-strand break repair protein Mre11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA double-strand break repair Rad50 ATPase,DNA double-strand break repair Rad50 ATPase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dny__assembly_1__model_1

5dny__assembly_1__model_1 | I(q)

5dny__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)