5dou

Crystal Structure of Human Carbamoyl phosphate synthetase I (CPS1), ligand-bound form

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	NICKEL (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 POTASSIUM ION × 9 PHOSPHATE ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 N-ACETYL-L-GLUTAMATE × 2 CHLORIDE ION × 2 GLYCEROL × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	NICKEL (II) ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 POTASSIUM ION × 9 PHOSPHATE ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 N-ACETYL-L-GLUTAMATE × 2 CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPSM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 29–1489； UniProt 40–1500 作者链 B； PDB构建体 29–1489； UniProt 40–1500 作者链 C； PDB构建体 29–1489； UniProt 40–1500 作者链 D； PDB构建体 29–1489； UniProt 40–1500

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dou
沉积日期 deposition_date	2015-09-11
结构标题 title	Crystal Structure of Human Carbamoyl phosphate synthetase I (CPS1), ligand-bound form
关键词 keywords	;Ligase, Carbamoyl Phosphate Synthase (ammonia utilizing), Carbamoyl Phosphate, Ammonia, N-acetyl-L-glutamate, Adenosine Triphosphate, ligand-bound, urea cycle, Multi-domain, Allosteric site, Rare disease, CPS1 deficiency, Hyperammonemia ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5dou__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5dou__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5dou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.12 Å
Rg（电子密度）	57.13 Å
总 Rg	56.87 Å
原子数	22166
残基数	2848
排除体积	396850 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5dou__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5dou__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial
分子量 formula_weight	164061.8 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.4.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	45021

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMDPSVKAQTAHIVLEDGTKMKGYSFGHPSSVAGEVVFNTGLGGYPEAITDPAYKGQILTMANPIIGNGGAPDTTALDELGLSKYLESNGIKVSGLLVLDYSKDYNHWLATKSLGQWLQEEKVPAIYGVDTRMLTKIIRDKGTMLGKIEFEGQPVDFVDPNKQNLIAEVSTKDVKVYGKGNPTKVVAVDCGIKNNVIRLLVKRGAEVHLVPWNHDFTKMEYDGILIAGGPGNPALAEPLIQNVRKILESDRKEPLFGISTGNLITGLAAGAKTYKMSMANRGQNQPVLNITNKQAFITAQNHGYALDNTLPAGWKPLFVNVNDQTNEGIMHESKPFFAVQFHPEVTPGPIDTEYLFDSFFSLIKKGKATTITSVLPKPALVASRVEVSKVLILGSGGLSIGQAGEFDYSGSQAVKAMKEENVKTVLMNPNIASVQTNEVGLKQADTVYFLPITPQFVTEVIKAEQPDGLILGMGGQTALNCGVELFKRGVLKEYGVKVLGTSVESIMATEDRQLFSDKLNEINEKIAPSFAVESIEDALKAADTIGYPVMIRSAYALGGLGSGICPNRETLMDLSTKAFAMTNQILVEKSVTGWKEIEYEVVRDADDNCVTVCNMENVDAMGVHTGDSVVVAPAQTLSNAEFQMLRRTSINVVRHLGIVGECNIQFALHPTSMEYCIIEVNARLSRSSALASKATGYPLAFIAAKIALGIPLPEIKNVVSGKTSACFEPSLDYMVTKIPRWDLDRFHGTSSRIGSSMKSVGEVMAIGRTFEESFQKALRMCHPSIEGFTPRLPMNKEWPSNLDLRKELSEPSSTRIYAIAKAIDDNMSLDEIEKLTYIDKWFLYKMRDILNMEKTLKGLNSESMTEETLKRAKEIGFSDKQISKCLGLTEAQTRELRLKKNIHPWVKQIDTLAAEYPSVTNYLYVTYNGQEHDVNFDDHGMMVLGCGPYHIGSSVEFDWCAVSSIRTLRQLGKKTVVVNCNPETVSTDFDECDKLYFEELSLERILDIYHQEACGGCIISVGGQIPNNLAVPLYKNGVKIMGTSPLQIDRAEDRSIFSAVLDELKVAQAPWKAVNTLNEALEFAKSVDYPCLLRPSYVLSGSAMNVVFSEDEMKKFLEEATRVSQEHPVVLTKFVEGAREVEMDAVGKDGRVISHAISEHVEDAGVHSGDATLMLPTQTISQGAIEKVKDATRKIAKAFAISGPFNVQFLVKGNDVLVIECNLRASRSFPFVSKTLGVDFIDVATKVMIGENVDEKHLPTLDHPIIPADYVAIKAPMFSWPRLRDADPILRCEMASTGEVACFGEGIHTAFLKAMLSTGFKIPQKGILIGIQQSFRPRFLGVAEQLHNEGFKLFATEATSDWLNANNVPATPVAWPSQEGQNPSLSSIRKLIRDGSIDLVINLPNNNTKFVHDNYVIRRTAVDSGIPLLTNFQVTKLFAEAVQKSRKVDSKSLFHYRQYSAGKAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-ACETYL-L-GLUTAMATE
分子量 formula_weight	189.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	640

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	5douA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1030 — Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain

结构域编号 domain_id	5douA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

结构域编号 domain_id	5douB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1030 — Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain

结构域编号 domain_id	5douB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

结构域编号 domain_id	5douC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

结构域编号 domain_id	5douD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1030 — Carbamoyl Phosphate Synthetase; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain

结构域编号 domain_id	5douD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1380 — Methylglyoxal synthase-like domain

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晶胞边长 a length_a	78.919 Å
晶胞边长 b length_b	98.558 Å
晶胞边长 c length_c	214.890 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.66 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.08 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1967
R_work r_work	0.1949
R_free r_free	0.2292

Crystal Structure of Human Carbamoyl phosphate synthetase I (CPS1), ligand-bound form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dou__assembly_1__model_1

5dou__assembly_1__model_1 | I(q)

5dou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Human Carbamoyl phosphate synthetase I (CPS1), ligand-bound form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dou__assembly_1__model_1

5dou__assembly_1__model_1 | I(q)

5dou__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)