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5dse

Crystal Structure of the TTC7B/Hyccin Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 144.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tetratricopeptide repeat protein 7B

Homo sapiens

UniProt Q86TV6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–843 未记录 Hyccin × 1 （Q9BYI3） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201) 分辨率 2.90 Å R-free 0.242
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 7–843 未记录 Hyccin × 1 （Q9BYI3） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201) 分辨率 2.90 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5DSE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6BQ1 Human PI4KIIIa lipid kinase complex 提交 2017-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–843（843 aa）
链 F 1–843（843 aa）
未记录 E4S 5-{2-amino-1-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]-1H-benzimidazol-6-yl}-N-(2-fluorophenyl)-2-methoxypyridine-3-sulfonamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9B9G Structure of the PI4KA complex bound to Calcineurin 提交 2024-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 D 1–843（843 aa）
链 F 1–843（843 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1 s
分辨率 3.50 Å
9BAX PI4KA complex bound to C-terminus of EFR3A 提交 2024-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 1–843（843 aa）
链 F 1–843（843 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s
分辨率 3.65 Å
9OT6 Cryo-EM structure of the PI4KA complex bound to an EFR3 interfering nanobody (F3IN) 提交 2025-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 1–843（843 aa）
链 F 1–843（843 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s.
分辨率 3.54 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TTC7B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–837； UniProt 7–843 作者链 C； PDB构建体 1–837； UniProt 7–843

Hyccin

Homo sapiens

UniProt Q9BYI3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–308 未记录 Tetratricopeptide repeat protein 7B × 1 （Q86TV6） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201) 分辨率 2.90 Å R-free 0.242
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 2–308 未记录 Tetratricopeptide repeat protein 7B × 1 （Q86TV6） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.35 ul protein + 1.35 ul mother liquor (0.1 M HEPES [pH 7.0-7.4], 4-5% polyethylene glycol [PEG] 8,000) + 0.3 ul 0.2 M 3-(1-Pyridino)-1-propane sulfonate (NDSB-201) 分辨率 2.90 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5DSE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6BQ1 Human PI4KIIIa lipid kinase complex 提交 2017-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 2–289（288 aa）
链 G 2–289（288 aa）
未记录 E4S 5-{2-amino-1-[4-(morpholin-4-yl)phenyl]-1H-benzimidazol-6-yl}-N-(2-fluorophenyl)-2-methoxypyridine-3-sulfonamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9B9G Structure of the PI4KA complex bound to Calcineurin 提交 2024-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 E 1–308（308 aa）
链 G 1–308（308 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1 s
分辨率 3.50 Å
9BAX PI4KA complex bound to C-terminus of EFR3A 提交 2024-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–308（308 aa）
链 G 1–308（308 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；Freshly prepared gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s
分辨率 3.65 Å
9OT6 Cryo-EM structure of the PI4KA complex bound to an EFR3 interfering nanobody (F3IN) 提交 2025-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–308（308 aa） 片段：residues 1-308
链 G 1–308（308 aa） 片段：residues 1-308
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force -5, blot time 1.5 s.
分辨率 3.54 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HYCCI_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 6–312； UniProt 2–308 作者链 D； PDB构建体 6–312； UniProt 2–308

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5dse

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5dse
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5dse
沉积日期 deposition_date2015-09-17
结构标题 titleCrystal Structure of the TTC7B/Hyccin Complex
关键词 keywordsPI4P synthesis, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.95 Å
零角强度 I(0) i0535547000.00
分子量 molecular_weight196580.0 kDa
排除体积 excluded_volume248590 ų
包络体积 envelope_volume345260 ų
水化壳体积 shell_volume65075 ų
包络直径 envelope_diameter144.8 Å
壳层 Rg shell_rg49.51 Å
包络 Rg envelope_rg42.93 Å
形状 Rg shape_rg43.95 Å
总 Rg total_rg44.21 Å
总原子数 total_atoms13824
残基数 n_residues1744
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.6 Å
Rg (实空间) rg_real44.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.30 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal535600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9013
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary53.7 Å
偏度 Skewness skewness0.187
峰度 Kurtosis kurtosis-0.628
角度范围 angular_range— – 0.1750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha46270000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.890
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)