SAXSdb — 5e1q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retaining alpha-galactosidase

Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-galactopyranose-(1-1)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-galactopyranose-(1-1)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AGAL_BACTN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–655； UniProt 27–662 作者链 B； PDB构建体 20–655； UniProt 27–662

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5e1q
沉积日期 deposition_date	2015-09-30
结构标题 title	Mutant (D415G) GH97 alpha-galactosidase in complex with Gal-Lac
关键词 keywords	alpha-galactosidase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5e1q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5e1q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5e1q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.51 Å
Rg（电子密度）	24.43 Å
总 Rg	25.38 Å
原子数	5149
残基数	642
排除体积	91333 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5e1q__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5e1q__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Retaining alpha-galactosidase
分子量 formula_weight	74347.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.22
突变 mutation	D415G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11104

MNHKVHHHHHHIEGRHMELSPDGNLKTTITIGDRLTYDITCNGRQILTPSPISMTLDNGTVWGENAKLSGTSRKSVDEMIPSPFYRASELRNHYNGLTLRFKKDWNVEFRAYNDGIAYRFVNQGKKPFRVVTEVSDYCFPSDMTASVPYVKSGKDGDYNSQFFNSFENTYTTDKLSKLNKQRLMFLPLVVDAGDGVKVCITESDLENYPGLYLSASEGANRLSSMHAPYPKRTVQGGHNQLQMLVKEHEDYIAKVDKPRNFPWRIAVVTTTDKDLAATNLSYLLGAPSRMSDLSWIKPGKVAWDWWNDWNLDGVDFVTGVNNPTYKAYIDFASANGIEYVILDEGWAVNLQADLMQVVKEIDLKELVDYAASKNVGIILWAGYHAFERDMENVCRHYAEMGVKGFKVGFMDRDDQEMTAFNYRAAEMCAKYKLILDLHGTHKPAGLNRTYPNVLNFEGVNGLEQMKWSSPSVDQVKYDVMIPFIRQVSGPMDYTQGAMRNASKGNYYPCYSEPMSQGTRCRQLALYVVFESPFNMLCDTPSNYMREPESTAFIAEIPTVWDESIVLDGKMGEYIVTARRKGDVWYVGGITDWSARDIEVDCSFLGDKSYHATLFKDGVNAHRAGRDYKCESFPIKKDGKLKVHLAPGGGFALKIK

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	226186
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-1)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	763

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5e1qA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5e1qA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5e1qA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	5e1qB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5e1qB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5e1qB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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晶胞边长 a length_a	60.620 Å
晶胞边长 b length_b	100.624 Å
晶胞边长 c length_c	237.079 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.943 Å
最低分辨率 resolution_low	42.441 Å
R 因子 r_factor	0.1860
R_work r_work	0.1853
R_free r_free	0.2225

Mutant (D415G) GH97 alpha-galactosidase in complex with Gal-Lac

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retaining alpha-galactosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e1q__assembly_1__model_1

5e1q__assembly_1__model_1 | I(q)

5e1q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Mutant (D415G) GH97 alpha-galactosidase in complex with Gal-Lac

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retaining alpha-galactosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e1q__assembly_1__model_1

5e1q__assembly_1__model_1 | I(q)

5e1q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)