SAXSdb — 5e4g

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 11

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 299–407	片段：UNP residues 299-407	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.18 M magnesium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 22.5% PEG3350, 0.01 M strontium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5E4G	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5JHW Crystal Structure of the GDF11:Follistatin 288 complex 提交 2016-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 299–407（109 aa）片段：UNP residues 299-407 链 B 299–407（109 aa）片段：UNP residues 299-407	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 FLC CITRATE ANION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；100mM Phosphate/Citrate pH 4.2, 14% EtOH, 1% PEG 1000	分辨率 2.35 Å R-free 0.247
5UHM Apo-Structure of Mature Growth Differentiation Factor 11 提交 2017-01-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–407（109 aa）链 B 299–407（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；298.15 K；5mM Calcium Chloride 0.1M Sodium Acetate 33% MPD	分辨率 1.90 Å R-free 0.258
6MAC Ternary structure of GDF11 bound to ActRIIB-ECD and Alk5-ECD 提交 2018-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 300–407（108 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；.05-.15M sodium acetate 12-24% polyethylene glycol 8000 .05-.15M sodium thiocyanate	分辨率 2.34 Å R-free 0.267
7MRZ Structure of GDF11 bound to fused ActRIIB-ECD and Alk4-ECD with Anti-ActRIIB Fab fragment 提交 2021-05-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 299–407（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 0.9M ammonium sulfate, 0.9 M KCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.327

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDF11_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–109； UniProt 299–407

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5e4g
沉积日期 deposition_date	2015-10-06
结构标题 title	Crystal structure of human growth differentiation factor 11 (GDF-11)
关键词 keywords	Bone morphogenetic protein 11, BMP-11, GDF 11, HORMONE, growth factor; HORMONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.53 Å
零角强度 I(0) i0	3348560.00
分子量 molecular_weight	12733.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15735 Å³
包络体积 envelope_volume	20321 Å³
水化壳体积 shell_volume	10176 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.70 Å
包络 Rg envelope_rg	19.00 Å
形状 Rg shape_rg	18.59 Å
总 Rg total_rg	19.11 Å
总原子数 total_atoms	885
残基数 n_residues	108
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3490e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7200e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3349000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8048
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.486
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.462
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	395600.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.709; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.406; Smooth: 0.925

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Growth/differentiation factor 11
分子量 formula_weight	12471.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1069

NLGLDCDEHSSESRCCRYPLTVDFEAFGWDWIIAPKRYKANYCSGQCEYMFMQKYPHTHLVQQANPRGSAGPCCTPTKMSPINMLYFNDKQQIIYGKIPGMVVDRCGCS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	142

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5e4ga_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5e4gA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	32.270 Å
晶胞边长 b length_b	32.270 Å
晶胞边长 c length_c	210.602 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	22.818 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2071

fit	/app/data/saxs_computation/e4/5e4g/5e4g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e4/5e4g/5e4g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e4/5e4g/5e4g.dat

Crystal structure of human growth differentiation factor 11 (GDF-11)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction