SAXSdb — 5e4w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin-1

Escherichia coli O157:H7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic × 1 （O22265） Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic × 1 （Q8LBP4） GLYCEROL × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic × 2 （O22265） Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic × 2 （Q8LBP4） GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic × 1 （O22265） Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic × 1 （Q8LBP4） GLYCEROL × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIO_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–107； UniProt 3–109 作者链 B； PDB构建体 1–107； UniProt 3–109

Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

UniProt O22265

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin-1 × 1 （P0AA27） Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic × 1 （Q8LBP4） GLYCEROL × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Thioredoxin-1 × 2 （P0AA27） Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic × 2 （Q8LBP4） GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin-1 × 1 （P0AA27） Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic × 1 （Q8LBP4） GLYCEROL × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SR43C_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–105； UniProt 265–369 作者链 D； PDB构建体 1–105； UniProt 265–369

Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

UniProt Q8LBP4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin-1 × 1 （P0AA27） Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic × 1 （O22265） GLYCEROL × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Thioredoxin-1 × 2 （P0AA27） Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic × 2 （O22265） GLYCEROL × 2 CALCIUM ION × 2 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Thioredoxin-1 × 1 （P0AA27） Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic × 1 （O22265） GLYCEROL × 1 CALCIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALB3_ARATH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–9； UniProt 453–461 作者链 F； PDB构建体 1–9； UniProt 453–461

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5e4w
沉积日期 deposition_date	2015-10-07
结构标题 title	Crystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex with the Alb3 tail
关键词 keywords	Signal recognition particle, chromodomain, membrane insertase Alb3, chloroplast, signaling protein, transport protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5e4w__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5e4w__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5e4w__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.53 Å
Rg（电子密度）	20.69 Å
总 Rg	21.51 Å
原子数	1752
残基数	222
排除体积	31240 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5e4w__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5e4w__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5e4w__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thioredoxin-1
分子量 formula_weight	11744.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3545

DKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLAGS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O157:H7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	12032.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

QVFEYAEVDEIVEKRGKGKDVEYLVRWKDGGDCEWVKGVHVAEDVAKDYEDGLEYAVAESVIGKRVGDDGKTIEYLVKWTDMSDATWEPQDNVDSTLVLLYQQQQ

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic
分子量 formula_weight	1152.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

SKRSKRKRT

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5e4wa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d5e4wa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5e4wb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d5e4wb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5e4wA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5e4wB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5e4wC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	5e4wD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	79.592 Å
晶胞边长 b length_b	163.668 Å
晶胞边长 c length_c	37.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	45.000 Å
R 因子 r_factor	0.2517
R_work r_work	0.2495
R_free r_free	0.2915

Crystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex with the Alb3 tail

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e4w__assembly_3__model_1

5e4w__assembly_3__model_1 | I(q)

5e4w__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of cpSRP43 chromodomains 2 and 3 in complex with the Alb3 tail

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Inner membrane protein ALBINO3, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e4w__assembly_3__model_1

5e4w__assembly_3__model_1 | I(q)

5e4w__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)