SAXSdb — 5e6j

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicase polyprotein 1ab

Human SARS coronavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ubiquitin × 1 （P0CG48） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ACETATE ION × 1 NICKEL (II) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	ubiquitin × 1 （P0CG48） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R1AB_CVHSA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–317； UniProt 1541–1856 作者链 D； PDB构建体 2–317； UniProt 1541–1856

ubiquitin

物种未注明

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Replicase polyprotein 1ab × 1 （P0C6X7） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） ACETATE ION × 1 NICKEL (II) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Replicase polyprotein 1ab × 1 （P0C6X7） Polyubiquitin-B × 1 （P0CG47） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 E； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

Polyubiquitin-B

物种未注明

UniProt P0CG47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Replicase polyprotein 1ab × 1 （P0C6X7） ubiquitin × 1 （P0CG48） ACETATE ION × 1 NICKEL (II) ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Replicase polyprotein 1ab × 1 （P0C6X7） ubiquitin × 1 （P0CG48） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 F； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5e6j
沉积日期 deposition_date	2015-10-09
结构标题 title	Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe
关键词 keywords	SARS PLpro, deubiquitinating enzyme, ubiquitin, activity based probe, K48-linkage, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5e6j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5e6j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5e6j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.58 Å
Rg（电子密度）	24.68 Å
总 Rg	25.66 Å
原子数	3674
残基数	466
排除体积	65542 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5e6j__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5e6j__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replicase polyprotein 1ab
分子量 formula_weight	36688.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.69,3.4.22.-,2.7.7.48,3.6.4.12,3.6.4.13,2.1.1.-,3.1.13.-,3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	7366

MEVKTIKVFTTVDNTNLHTQLVDMSMTYGQQFGPTYLDGADVTKIKPHVNHEGKTFFVLPSDDTLRSEAFEYYHTLDESFLGRYMSALNHTKKWKFPQVGGLTSIKWADNNCYLSSVLLALQQLEVKFNAPALQEAYYRARAGDAANFCALILAYSNKTVGELGDVRETMTHLLQHANLESAKRVLNVVCKHCGQKTTTLTGVEAVMYMGTLSYDNLKTGVSIPCVCGRDATQYLVQQESSFVMMSAPPAEYKLQQGTFLCANEYTGNYQCGHYTHITAKETLYRIDGAHLTKMSEYKGPVTDVFYKETSYTTTIKPLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human SARS coronavirus
通用名 common_name	SARS-CoV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227859
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ubiquitin
分子量 formula_weight	8624.9 kDa
突变 mutation	K48LYQ, G76AYE
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGXQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGX

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polyubiquitin-B
分子量 formula_weight	8519.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5e6jA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Papain-like viral protease, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5e6jA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1190 — Papain-like viral protease, thumb domain

结构域编号 domain_id	5e6jA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1680 —

结构域编号 domain_id	5e6jD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 — Papain-like viral protease, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5e6jD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1190 — Papain-like viral protease, thumb domain

结构域编号 domain_id	5e6jD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1680 —

▶

晶胞边长 a length_a	72.981 Å
晶胞边长 b length_b	68.239 Å
晶胞边长 c length_c	119.021 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	49.216 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2323
R_free r_free	0.2643

Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicase polyprotein 1ab

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e6j__assembly_1__model_1

5e6j__assembly_1__model_1 | I(q)

5e6j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of SARS PLpro bound to a Lys48-linked di-ubiquitin activity based probe

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicase polyprotein 1ab

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e6j__assembly_1__model_1

5e6j__assembly_1__model_1 | I(q)

5e6j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)