SAXSdb — 5e8d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proepiregulin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 38–108	未记录	anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab heavy chain × 1 anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab light chain × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；2-(N-morphilino)ethansulfonic acid monohydrate, PEG4000	分辨率 2.50 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5E8D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1K36 NMR Structure of human Epiregulin 提交 2001-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 63–108（46 aa）片段：residues 1-46	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR测量条件 pH 3.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 1.5mM Epiregulin, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM Epiregulin, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
1K37 NMR Structure of human Epiregulin 提交 2001-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 63–108（46 aa）片段：residues 1-46	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR测量条件 pH 3.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 1.5mM Epiregulin, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM Epiregulin, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
5WB7 Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region in complex with epiregulin 提交 2017-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 56–116（61 aa）链 H 56–116（61 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；0.03 M citric acid, 0.07 M Bis-Tris propane, 16% PEG3350	分辨率 2.94 Å R-free 0.268
5WB7 Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region in complex with epiregulin 提交 2017-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 56–116（61 aa）链 G 56–116（61 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；294 K；0.03 M citric acid, 0.07 M Bis-Tris propane, 16% PEG3350	分辨率 2.94 Å R-free 0.268
7LEN Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with R84K mutation in complex with epiregulin crystallized with trehalose 提交 2021-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；8 mg/ml protein, 100 mM HEPES (pH 7.5), 12% PEG3350, with 3% (w/v) D-(+)-trehalose dihydrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.295
7LEN Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with R84K mutation in complex with epiregulin crystallized with trehalose 提交 2021-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；8 mg/ml protein, 100 mM HEPES (pH 7.5), 12% PEG3350, with 3% (w/v) D-(+)-trehalose dihydrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.295
7LFR Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with R84K mutation in complex with epiregulin crystallized with spermine 提交 2021-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 63–110（48 aa）链 D 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 BMA beta-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；8 mg/ml protein, 100 mM HEPES (pH 7.5), 12% PEG3350, 10 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
7LFR Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with R84K mutation in complex with epiregulin crystallized with spermine 提交 2021-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；8 mg/ml protein, 100 mM HEPES (pH 7.5), 12% PEG3350, 10 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
7LFR Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with R84K mutation in complex with epiregulin crystallized with spermine 提交 2021-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 BMA beta-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；8 mg/ml protein, 100 mM HEPES (pH 7.5), 12% PEG3350, 10 mM spermine tetrahydrochloride	分辨率 3.20 Å R-free 0.303
7LFS Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with A265V mutation in complex with epiregulin 提交 2021-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；8 mg/ml protein, 1% w/v tryptone, 1 mM sodium azide, 50 mM HEPES (pH 7.0), 20% PEG3350	分辨率 3.50 Å R-free 0.315
7LFS Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with A265V mutation in complex with epiregulin 提交 2021-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；8 mg/ml protein, 1% w/v tryptone, 1 mM sodium azide, 50 mM HEPES (pH 7.0), 20% PEG3350	分辨率 3.50 Å R-free 0.315
7LFS Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with A265V mutation in complex with epiregulin 提交 2021-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；8 mg/ml protein, 1% w/v tryptone, 1 mM sodium azide, 50 mM HEPES (pH 7.0), 20% PEG3350	分辨率 3.50 Å R-free 0.315
7LFS Crystal structure of the epidermal growth factor receptor extracellular region with A265V mutation in complex with epiregulin 提交 2021-01-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 63–110（48 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293.15 K；8 mg/ml protein, 1% w/v tryptone, 1 mM sodium azide, 50 mM HEPES (pH 7.0), 20% PEG3350	分辨率 3.50 Å R-free 0.315
8HGP The EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex 提交 2022-11-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 60–108（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.53 Å

共 7 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EREG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–75； UniProt 38–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5e8d
沉积日期 deposition_date	2015-10-14
结构标题 title	Crystal structure of human epiregulin in complex with the Fab fragment of murine monoclonal antibody 9E5
关键词 keywords	Antibody, Immunoglobulin, Monoclonal antibody, Epidermal growth factor, Cancer, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.53 Å
零角强度 I(0) i0	45889200.00
分子量 molecular_weight	51585.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64023 Å³
包络体积 envelope_volume	79457 Å³
水化壳体积 shell_volume	25935 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.3 Å
壳层 Rg shell_rg	32.65 Å
包络 Rg envelope_rg	26.26 Å
形状 Rg shape_rg	26.51 Å
总 Rg total_rg	27.24 Å
总原子数 total_atoms	3623
残基数 n_residues	469
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.7 Å
Rg (实空间) rg_real	27.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	45890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7004
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.417
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.367
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7211000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.267; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.973

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Proepiregulin
分子量 formula_weight	8254.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3660

GPAMSCIPGESSDNCTALVQTEDNPRVAQVSITKCSSDMNGYCLHGQCIYLVDMSQNYCRCEVGYTGVRCEHFFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23528.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLQQSGAELVKPGASVKLSCTASGFNIKDTYMHWVKQRPEQGLEWIGRIDPLNDKTKYDPKFQGKATITADTSSNSAYLQLSSLTSEDTAVYYCSRGGGDPVFVYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab light chain
分子量 formula_weight	23606.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASLGGKVTITCKASQDINKYIAWYQHKPGKGPRLLIHYTSTLHPGIPSRFSGSGSGRDYSFSISNLEPEDIATYYCLQYDNLRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5e8da_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family family	g.3.11.1 — EGF-type module

结构域编号 domain_id	d5e8dh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5e8dl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5e8dl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5e8dA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Laminin

结构域编号 domain_id	5e8dH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5e8dH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5e8dL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5e8dL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.602 Å
晶胞边长 b length_b	100.291 Å
晶胞边长 c length_c	187.369 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	14.908 Å
R 因子 r_factor	0.1934
R_work r_work	0.1897
R_free r_free	0.2630

fit	/app/data/saxs_computation/e8/5e8d/5e8d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e8/5e8d/5e8d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e8/5e8d/5e8d.dat

Crystal structure of human epiregulin in complex with the Fab fragment of murine monoclonal antibody 9E5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proepiregulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)