SAXSdb — 5e8f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' ; × 1 （P51160） GERAN-8-YL GERAN × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' ; × 1 （P51160） GERAN-8-YL GERAN × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDE6D_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 2–150 作者链 C； PDB构建体 1–149； UniProt 2–150

;Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' ;

Homo sapiens

UniProt P51160

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta ; × 1 （O43924） GERAN-8-YL GERAN × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta ; × 1 （O43924） GERAN-8-YL GERAN × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDE6C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–5； UniProt 851–855 作者链 E； PDB构建体 1–5； UniProt 851–855

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5e8f
沉积日期 deposition_date	2015-10-14
结构标题 title	Structure of Fully modified geranylgeranylated PDE6C Peptide in complex with PDE6D
关键词 keywords	Prenyl binding protein, Immunoglobulin-like beta sandwitch fold, geranylgeranyl, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5e8f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5e8f__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5e8f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.89 Å
Rg（电子密度）	15.65 Å
总 Rg	16.81 Å
原子数	1266
残基数	151
排除体积	22842 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5e8f__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5e8f__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta ;
分子量 formula_weight	17309.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2651

SAKDERAREILRGFKLNWMNLRDAETGKILWQGTEDLSVPGVEHEARVPKKILKCKAVSRELNFSSTEQMEKFRLEQKVYFKGQCLEEWFFEFGFVIPNSTNTWQSLIEAAPESQMMPASVLTGNVIIETKFFDDDLLVSTSRVRLFYV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' ;
分子量 formula_weight	581.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

KSKTC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GERAN-8-YL GERAN
分子量 formula_weight	274.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	108

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5e8fa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.8 — RhoGDI-like

结构域编号 domain_id	d5e8fc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.8 — RhoGDI-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5e8fA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GMP phosphodiesterase, delta subunit

结构域编号 domain_id	5e8fC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GMP phosphodiesterase, delta subunit

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晶胞边长 a length_a	77.710 Å
晶胞边长 b length_b	81.430 Å
晶胞边长 c length_c	118.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	29.630 Å
R 因子 r_factor	0.2012
R_work r_work	0.1983
R_free r_free	0.2561

Structure of Fully modified geranylgeranylated PDE6C Peptide in complex with PDE6D

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e8f__assembly_1__model_1

5e8f__assembly_1__model_1 | I(q)

5e8f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Fully modified geranylgeranylated PDE6C Peptide in complex with PDE6D

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Retinal rod rhodopsin-sensitive cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit delta ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;Cone cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase subunit alpha' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e8f__assembly_1__model_1

5e8f__assembly_1__model_1 | I(q)

5e8f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)