5eai

Crystal Structure of NAD(P)H dehydrogenase, quinone 1 complexed with a chemotherapeutic naphthoquinone E6a

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ;(2~{R},3~{R})-2-[(2~{S},3~{S})-3-bromanyl-1,4-bis(oxidanylidene)-2,3-dihydronaphthalen-2-yl]-3-oxidanyl-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ;(2~{R},3~{R})-2-[(2~{S},3~{S})-3-bromanyl-1,4-bis(oxidanylidene)-2,3-dihydronaphthalen-2-yl]-3-oxidanyl-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ;(2~{R},3~{R})-2-[(2~{S},3~{S})-3-bromanyl-1,4-bis(oxidanylidene)-2,3-dihydronaphthalen-2-yl]-3-oxidanyl-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ;(2~{R},3~{R})-2-[(2~{S},3~{S})-3-bromanyl-1,4-bis(oxidanylidene)-2,3-dihydronaphthalen-2-yl]-3-oxidanyl-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione ; × 1 water × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 ;(2~{R},3~{R})-2-[(2~{S},3~{S})-3-bromanyl-1,4-bis(oxidanylidene)-2,3-dihydronaphthalen-2-yl]-3-oxidanyl-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione ; × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NQO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 B； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 C； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 D； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 E； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 F； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 G； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 H； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 I； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 J； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 K； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 L； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 M； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274 作者链 N； PDB构建体 4–277； UniProt 1–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5eai
沉积日期 deposition_date	2015-10-16
结构标题 title	Crystal Structure of NAD(P)H dehydrogenase, quinone 1 complexed with a chemotherapeutic naphthoquinone E6a
关键词 keywords	NQO1, two-electron reduction of Quinone, NAD(P)H dehydrogenase, dimeric naphthoquinone, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5eai__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5eai__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5eai__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.15 Å
Rg（电子密度）	22.71 Å
总 Rg	23.80 Å
原子数	4417
残基数	543
排除体积	78995 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5eai__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5eai__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5eai__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5eai__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5eai__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5eai__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`5eai__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1
分子量 formula_weight	31199.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	31021

GPHMVGRRALIVLAHSERTSFNYAMKEAAAAALKKKGWEVVESDLYAMNFNPIISRKDITGKLKDPANFQYPAESVLAYKEGHLSPDIVAEQKKLEAADLVIFQFPLQWFGVPAILKGWFERVFIGEFAYTYAAMYDKGPFRSKKAVLSITTGGSGSMYSLQGIHGDMNVILWPIQSGILHFCGFQVLEPQLTYSIGHTPADARIQILEGWKKRLENIWDETPLYFAPSSLFDLNFQAGFLMKKEVQDEEKNKKFGLSVGHHLGKSIPTDNQIKARK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(2~{R},3~{R})-2-[(2~{S},3~{S})-3-bromanyl-1,4-bis(oxidanylidene)-2,3-dihydronaphthalen-2-yl]-3-oxidanyl-2,3-dihydronaphthalene-1,4-dione ;
分子量 formula_weight	413.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d5eaia_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaib_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaic_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaid_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaie_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaif_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaig_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaih_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaii_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaij_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaik_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eail_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eaim_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

结构域编号 domain_id	d5eain_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.3 — Quinone reductase

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	5eaiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	5eaiN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

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晶胞边长 a length_a	95.600 Å
晶胞边长 b length_b	210.770 Å
晶胞边长 c length_c	228.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	56

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	95.670 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1832
R_free r_free	0.2200

Crystal Structure of NAD(P)H dehydrogenase, quinone 1 complexed with a chemotherapeutic naphthoquinone E6a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5eai__assembly_5__model_1

5eai__assembly_5__model_1 | I(q)

5eai__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of NAD(P)H dehydrogenase, quinone 1 complexed with a chemotherapeutic naphthoquinone E6a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD(P)H dehydrogenase [quinone] 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5eai__assembly_5__model_1

5eai__assembly_5__model_1 | I(q)

5eai__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)