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5ee5

Structure of human ARL1 in complex with the DCB domain of BIG1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y6D6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–229 突变：delta-52-70 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP-ribosylation factor-like protein 1 × 1 （P40616） NA SODIUM ION × 14 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 8K/PEG 1k 10% Sodium Acetate 0.1-0.2mM Tris pH8.5 glacial acetic 0.100mM 分辨率 2.28 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5EE5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3LTL Crystal structure of human BIG1 Sec7 domain 提交 2010-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 691–889（199 aa） 片段：Sec7 domain
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；30% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.2M tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
3LTL Crystal structure of human BIG1 Sec7 domain 提交 2010-02-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 691–889（199 aa） 片段：Sec7 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；30% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.2M tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
5J5C Crystal structure of ARL1-GTP and DCB domain of BIG1 complex 提交 2016-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–224（224 aa） 片段：DCB domain, UNP residues 1-224
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；289 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic, 0.1M Tris-HCl pH 9.1, and 27% (w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.258

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIG1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–213； UniProt 1–229

ADP-ribosylation factor-like protein 1

Homo sapiens

UniProt P40616

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 15–181 突变：delta N14, Q71L Brefeldin A-inhibited guanine nucleotide-exchange protein 1 × 1 （Q9Y6D6） NA SODIUM ION × 14 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 7 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 8K/PEG 1k 10% Sodium Acetate 0.1-0.2mM Tris pH8.5 glacial acetic 0.100mM 分辨率 2.28 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5EE5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1UPT Structure of a complex of the golgin-245 GRIP domain with Arl1 提交 2003-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 15–181（167 aa） 片段：RESIDUES 15-181
链 C 15–181（167 aa） 片段：RESIDUES 15-181
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；GROWTH IN 20% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5. RESERVOIR EXCHANGED FOR 31% PEG 3350, 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5, FROZEN IN 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.252
1UPT Structure of a complex of the golgin-245 GRIP domain with Arl1 提交 2003-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 15–181（167 aa） 片段：RESIDUES 15-181
链 G 15–181（167 aa） 片段：RESIDUES 15-181
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；GROWTH IN 20% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5. RESERVOIR EXCHANGED FOR 31% PEG 3350, 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5, FROZEN IN 31% PEG 3350, 0.2M TRIS-HCL PH 8.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.252
4DCN Crystal Structure Analysis of the Arfaptin2 BAR domain in Complex with ARL1 提交 2012-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 14–179（166 aa） 片段：N-terminus truncated Arl1, residues 14-179
链 B 14–179（166 aa） 片段：N-terminus truncated Arl1, residues 14-179
突变：Q71L 突变：Q71L MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；100mM HEPES, 200mM Ammonium Sulfate, 25%(w/v) PEG3350, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 3.01 Å R-free 0.333
5J5C Crystal structure of ARL1-GTP and DCB domain of BIG1 complex 提交 2016-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 16–181（166 aa） 片段：small GTPase, UNP residues 16-181
突变：Q71L MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；289 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic, 0.1M Tris-HCl pH 9.1, and 27% (w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.258

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARL1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 5–171； UniProt 15–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ee5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ee5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ee5
沉积日期 deposition_date2015-10-22
结构标题 titleStructure of human ARL1 in complex with the DCB domain of BIG1
关键词 keywordsARF1-GEF ARL1-effector Trans-golgi DCB domain, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.08 Å
零角强度 I(0) i030352400.00
分子量 molecular_weight42768.0 kDa
排除体积 excluded_volume53732 ų
包络体积 envelope_volume66317 ų
水化壳体积 shell_volume24960 ų
包络直径 envelope_diameter82.8 Å
壳层 Rg shell_rg28.84 Å
包络 Rg envelope_rg22.65 Å
形状 Rg shape_rg22.07 Å
总 Rg total_rg22.98 Å
总原子数 total_atoms2968
残基数 n_residues365
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30350000.0000
解质量估计 total_estimate0.8035
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary28.6 Å
偏度 Skewness skewness0.291
峰度 Kurtosis kurtosis-0.321
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5376000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5ee5b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5ee5B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)