SAXSdb — 5ego

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeobox protein Meis1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(PGPTPTPGPAPCPAPGPTPTPTPTPAP(5CM)PGPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPCPTP(5CM)PGPTPAPAPAPAPCPTPGPTPCPAPAPC)-3') ; × 1 Homeobox protein Hox-B13 × 1 （Q92826） water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEIS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–56； UniProt 279–333

Homeobox protein Hox-B13

Homo sapiens

UniProt Q92826

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Homeobox protein Meis1 × 1 （O00470） ;DNA (5'-D(PGPTPTPGPAPCPAPGPTPTPTPTPAP(5CM)PGPAPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPCPTP(5CM)PGPTPAPAPAPAPCPTPGPTPCPAPAPC)-3') ; × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HXB13_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–61； UniProt 217–277

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ego
沉积日期 deposition_date	2015-10-27
结构标题 title	HOXB13-MEIS1 heterodimer bound to methylated DNA
关键词 keywords	transcription factor, heterodimer, complex, bound to DNA, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ego__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ego__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ego__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.87 Å
Rg（电子密度）	19.29 Å
总 Rg	20.08 Å
原子数	1750
残基数	154
排除体积	29031 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ego__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Homeobox protein Meis1
分子量 formula_weight	6756.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1770

AFPKVATNIMRAWLFQHLTHPYPSEEQKKQLAQDTGLTILQVNNWFINARRRIVQPM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPTPTPGPAPCPAPGPTPTPTPTPAP(5CM)PGPAPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5600.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GTTGACAGTTTTACGAGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPTP(5CM)PGPTPAPAPAPAPCPTPGPTPCPAPAPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5458.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CCTCGTAAAACTGTCAAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Homeobox protein Hox-B13
分子量 formula_weight	7640.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RKKRIPYSKGQLRELEREYAANKFITKDKRRKISAATSLSERQITIWFQNRRVKEKKVLAKVK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5egoA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

结构域编号 domain_id	5egoB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Homeodomain-like

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晶胞边长 a length_a	40.976 Å
晶胞边长 b length_b	51.480 Å
晶胞边长 c length_c	113.575 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	38.544 Å
R 因子 r_factor	0.2296
R_work r_work	0.2279
R_free r_free	0.2648

HOXB13-MEIS1 heterodimer bound to methylated DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeobox protein Meis1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Homeobox protein Hox-B13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ego__assembly_1__model_1

5ego__assembly_1__model_1 | I(q)

5ego__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

HOXB13-MEIS1 heterodimer bound to methylated DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Homeobox protein Meis1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Homeobox protein Hox-B13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ego__assembly_1__model_1

5ego__assembly_1__model_1 | I(q)

5ego__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)