5eop

Crystal structure of human Angiogenin at 1.35 Angstroms resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 49.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiogenin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–146	片段：UNP residues 26-166	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；289 K；Malic acid/NaOH pH 7.0 PEG 3350	分辨率 1.35 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5EOP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A4Y RIBONUCLEASE INHIBITOR-ANGIOGENIN COMPLEX 提交 1998-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 25–147（123 aa）链 E 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.2；THE COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 10% PEG4000, 20MM SODIUM CITRATE (PH 4.2), 0.1 AMMONIUM SULPHATE AND 25 MM DTT.	分辨率 2.00 Å R-free 0.286
1ANG CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN REVEALS THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS FUNCTIONAL DIVERGENCE FROM RIBONUCLEASE 提交 1994-01-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1AWZ 3D SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN DETERMINED BY 1H, 15N NMR SPECTROSCOPY, 30 STRUCTURES 提交 1997-10-07	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM；压力 1	分辨率未提供
1B1E CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN VARIANT K40Q 提交 1998-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–123（123 aa）	突变：K40Q	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；289 K；pH 5.2, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.287
1B1I CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN 提交 1998-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–123（123 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 1.80 Å R-free 0.273
1B1J CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN VARIANT H13A. 提交 1998-11-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–123（123 aa）	突变：H13A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.319
1GV7 ARH-I, an angiogenin/RNase A chimera 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–81（57 aa）链 A 95–147（53 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.8；289 K；VAPOUR DIFFUSION, 16 C 10 MG/ML PROTEIN, 15 % PEG 4000, 8 % TERT-BUTANOL, 0.3 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.8	分辨率 2.10 Å R-free 0.274
1H0D Crystal structure of Human Angiogenin in complex with Fab fragment of its monoclonal antibody mAb 26-2F 提交 2002-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 25–147（123 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；30% PEG 3350 AND 0.2M LITHIUM SULPHATE PH 6.0-7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.272
1H52 Binding of Phosphate and Pyrophosphate ions at the active site of human Angiogenin as revealed by X-ray Crystallography 提交 2001-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	POP PYROPHOSPHATE 2- × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；20MM SODIUM CITRATE, 0.2M SODIUM POTASSIUM TARTARATE, 10% PEG 6000 PH 5.2	分辨率 2.00 Å R-free 0.287
1H53 Binding of Phosphate and Pyrophosphate ions at the active site of human Angiogenin as revealed by X-ray Crystallography 提交 2001-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–147（122 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；20MM SODIUM CITRATE, 0.2M SODIUM POTASSIUM TARTARATE, 10% PEG 6000 PH 5.2	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1HBY Binding of Phosphate and Pyrophosphate ions at the active site of human angiogenin as revealed by X-ray Crystallography 提交 2001-04-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；25% PEG 6000, 0.1M MES, PH 6.0, 0.1M NACL	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1K58 Crystal Structure of Human Angiogenin Variant D116H 提交 2001-10-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：D116H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；sodium citrate, 2-propanol, PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.70 Å R-free 0.360
1K59 Crystal Structure of Human Angiogenin Variant Q117G 提交 2001-10-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：Q117G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；289 K；sodium citrate, PEG 6000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
1K5A Crystal structure of human angiogenin double variant I119A/F120A 提交 2001-10-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：I119A,F120A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；289 K；ammonium actate, sodium citrate, PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.33 Å R-free 0.281
1K5B Crystal Structure of Human Angiogenin Variant des(121-123) 提交 2001-10-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：DEL(121-123) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；289 K；sodium citrate, sodium potassium tartrate, PEG 6000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.80 Å R-free 0.275
1UN3 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN VARIANT T44D 提交 2003-09-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；15% PEG 4000, 0.02% DIOXANE, 0.2M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 0.02M SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.2	分辨率 1.70 Å R-free 0.223
1UN4 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN VARIANT T80A 提交 2003-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；15% PEG 4000, 0.02% DIOXANE, 0.2M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 0.02M SODIUM CITRATE BUFFER, PH 5.2	分辨率 2.10 Å R-free 0.232
1UN5 ARH-II, AN ANGIOGENIN/RNASE A CHIMERA 提交 2003-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–61（37 aa）链 A 66–147（82 aa）	突变：YES 突变：YES	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；10% PEG 6000, PH 5.4 0.2M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 0.02M SODIUM CITRATE BUFFER	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
2ANG CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN OF THE MET(-1) FORM 提交 1998-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.2；pH 5.2	分辨率 2.00 Å R-free 0.286
4AHD Q12L - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4AHD Q12L - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–147（123 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4AHE K17I - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.4 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NA CITRATE PH 5.5	分辨率 2.08 Å R-free 0.300
4AHF K17E - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 2.12 Å R-free 0.285
4AHG S28N - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.4 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NA CITRATE PH 5.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.275
4AHH R31K - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
4AHI K40I - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
4AHJ I46V - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 2.03 Å R-free 0.280
4AHK K54E - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.4 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NA CITRATE PH 5.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.279
4AHK K54E - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–147（123 aa）	突变：YES	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.4 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NA CITRATE PH 5.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.279
4AHL P112L - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.4 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NA CITRATE PH 5.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.303
4AHM V113I - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.4 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NA CITRATE PH 5.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.221
4AHN R121H - Angiogenin mutants and amyotrophic lateral sclerosis - a biochemical and biological analysis 提交 2012-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：YES	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 2.98 Å R-free 0.283
4AOH Structural snapshots and functional analysis of human angiogenin variants associated with Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) 提交 2012-03-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–147（124 aa）片段：RESIDUES 24-147	未记录	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20 % PEG 4K, 0.05 M NA/K TARTRATE, 0.1 M NACL, 0.1 M HEPES PH 7.0	分辨率 1.04 Å R-free 0.188
4B36 Crystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exhibits Conformational Flexibility at the Functional Regions of the Molecule 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–107（83 aa）片段：RESIDUES 25-107,111-120,116-147 链 A 116–147（32 aa）片段：RESIDUES 25-107,111-120,116-147	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.75-2.5 M NACL	分辨率 1.76 Å R-free 0.285
4B36 Crystal Structure of Human Angiogenin with an Engineered Loop Exhibits Conformational Flexibility at the Functional Regions of the Molecule 提交 2012-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–107（83 aa）片段：RESIDUES 25-107,111-120,116-147 链 B 116–147（32 aa）片段：RESIDUES 25-107,111-120,116-147	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.75-2.5 M NACL	分辨率 1.76 Å R-free 0.285
5EPZ Human Angiogenin in complex with sulphate anions at a basic solution 提交 2015-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–145（120 aa）片段：UNP residues 26-145	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；0.1 M Tris/HCl buffer pH 8.0, 2.4 M ammonium sulphate	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
5EQO Human Angiogenin in complex with sulphate anions at an acidic solution 提交 2015-11-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–145（121 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；289 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.0 2.0 M ammonium sulphate	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
5M9A Human angiogenin PD variant H13R 提交 2016-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：H13R	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Na/K tartrate 20% PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.297
5M9C Human angiogenin ALS variant K40R 提交 2016-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：K40R	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.4 M Na/K tartrate 0.1 M Na citrate 20 % PEG 4000	分辨率 2.05 Å R-free 0.231
5M9G Human angiogenin PD variant K54R 提交 2016-11-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	突变：K54R	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；0.2 M Na/K tartrate 0.1 M HEPES 3% propanol 20% PEG 8000	分辨率 2.28 Å R-free 0.271
5M9J Human angiogenin PD variant K60E 提交 2016-11-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M Na/K tartrate 0.1 M Na cacodylate 25% PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
5M9M Human angiogenin PD variant Q77P 提交 2016-11-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；0.2 M ammonium sulphate 0.1 M bis-tris methane 25% PEG 3350	分辨率 1.65 Å R-free 0.270
5M9M Human angiogenin PD variant Q77P 提交 2016-11-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–147（123 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；0.2 M ammonium sulphate 0.1 M bis-tris methane 25% PEG 3350	分辨率 1.65 Å R-free 0.270
5M9M Human angiogenin PD variant Q77P 提交 2016-11-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 25–147（123 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；0.2 M ammonium sulphate 0.1 M bis-tris methane 25% PEG 3350	分辨率 1.65 Å R-free 0.270
5M9M Human angiogenin PD variant Q77P 提交 2016-11-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 25–147（123 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；0.2 M ammonium sulphate 0.1 M bis-tris methane 25% PEG 3350	分辨率 1.65 Å R-free 0.270
5M9P Human angiogenin ALS variant T80S 提交 2016-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289 K；0.2 M ammonium sulphate 0.1 M bis-tris propane 25% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.285
5M9Q Human angiogenin PD variant R95Q 提交 2016-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M ammonium sulphate 0.1 M Na cacodylate 30% PEG 8000	分辨率 1.35 Å R-free 0.179
5M9R Human angiogenin ALS variant F100I 提交 2016-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M Na/K tartrate 0.1 M Na cacodylate 20% PEG 4000	分辨率 1.44 Å R-free 0.195
5M9R Human angiogenin ALS variant F100I 提交 2016-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–147（123 aa）	未记录	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M Na/K tartrate 0.1 M Na cacodylate 20% PEG 4000	分辨率 1.44 Å R-free 0.195
5M9S Human angiogenin ALS variant V103I 提交 2016-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M Na/K tartrate 0.1 M MES 20% PEG 4000	分辨率 1.85 Å R-free 0.264
5M9T Human angiogenin ALS variant H114R 提交 2016-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 BO4 BORATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.01 M Na borate 1.1 M Na citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
5M9T Human angiogenin ALS variant H114R 提交 2016-11-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.01 M Na borate 1.1 M Na citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
5M9V Human angiogenin PD/ALS variant R121C 提交 2016-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M Na/K tartrate 0.1 M bis-tris propane 16% PEG 4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
7NPM X-ray structure of the adduct formed upon reaction of oxaliplatin with human angiogenin 提交 2021-02-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 26–146（121 aa）片段：UNP residues 26-166	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 3 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；298 K；10 % PEG6K, 20 mM sodium citrate pH 5.1, 0.2 M sodium/potassium tartrate	分辨率 1.86 Å R-free 0.254
7PNJ Human Angiogenin quardruple mutant-S28AT36AS37AS87A 提交 2021-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–145（121 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；100 mM SODIUM CITRATE PH 5.6, 25% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.10 Å R-free 0.276
7PNP Human Angiogenin mutant-S28A 提交 2021-09-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–147（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Malic acid/NaOH pH 7.0, PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.254
7PNR Human Angiogenin mutant-S28AT36AS37A 提交 2021-09-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–145（121 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；Malic acid/NaOH pH 7.0, PEG 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.201
8AF0 Crystal structure of human angiogenin and RNA duplex 提交 2022-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）链 B 25–147（123 aa）	突变：H114A 突变：H114A	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；200 mM NaCl, 20 % (w/v) PEG6000, 100 mM Hepes pH 7.0	分辨率 2.43 Å R-free 0.268
9BDL 80S ribosome with angiogenin 提交 2024-04-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 75 PDB 声明：82-meric	链 ANG 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9BDN 80S ribosome with angiogenin and tRNAAla 提交 2024-04-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 77 PDB 声明：85-meric	链 ANG 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9BDP 80S ribosome bound with angiogenin and complex of eEF1A and Ala-tRNAAla 提交 2024-04-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：86-meric	链 ANG 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 53 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANGI_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–121； UniProt 26–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5eop
沉积日期 deposition_date	2015-11-10
结构标题 title	Crystal structure of human Angiogenin at 1.35 Angstroms resolution
关键词 keywords	Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.26 Å
零角强度 I(0) i0	4359330.00
分子量 molecular_weight	13911.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17006 Å³
包络体积 envelope_volume	19369 Å³
水化壳体积 shell_volume	11737 Å³
包络直径 envelope_diameter	49.2 Å
壳层 Rg shell_rg	19.77 Å
包络 Rg envelope_rg	14.65 Å
形状 Rg shape_rg	14.25 Å
总 Rg total_rg	15.35 Å
总原子数 total_atoms	976
残基数 n_residues	121
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	49.9 Å
Rg (实空间) rg_real	15.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3590e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3590e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4359000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8936
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	997400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.965

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5eopa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamily	d.5.1 — RNase A-like
家族 Family family	d.5.1.1 — Ribonuclease A-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5eopA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease A-like domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	85.664 Å
晶胞边长 b length_b	37.559 Å
晶胞边长 c length_c	33.012 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.350 Å
最低分辨率 resolution_low	42.830 Å
R 因子 r_factor	0.1497
R_work r_work	0.1474
R_free r_free	0.1915

描述 description	Angiogenin
分子量 formula_weight	13943.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1131

Crystal structure of human Angiogenin at 1.35 Angstroms resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiogenin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

fit	/app/data/saxs_computation/eo/5eop/5eop.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eo/5eop/5eop.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eo/5eop/5eop.dat