SAXSdb — 5er2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDOTHIAPEPSIN

Cryphonectria parasitica

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;6-ammonio-N-{[(2R,3R)-3-{[N-(tert-butoxycarbonyl)-L-phenylalanyl-3-(1H-imidazol-3-ium-4-yl)-L-alanyl]amino}-4-cyclohexyl-2-hydroxybutyl](2-methylpropyl)carbamoyl}-L-norleucyl-L-phenylalanine ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CARP_CRYPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–330； UniProt 90–419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5er2
沉积日期 deposition_date	1991-01-02
结构标题 title	High-resolution X-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor. the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme
关键词 keywords	ACID PROTEINASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5er2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5er2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5er2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.52 Å
Rg（电子密度）	19.48 Å
总 Rg	20.61 Å
原子数	2451
残基数	330
排除体积	43135 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5er2__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ENDOTHIAPEPSIN
分子量 formula_weight	33813.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	2709

STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

来源 Source

来源生物 organism	Cryphonectria parasitica
通用名 common_name	chestnut blight fungus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5116

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;6-ammonio-N-{[(2R,3R)-3-{[N-(tert-butoxycarbonyl)-L-phenylalanyl-3-(1H-imidazol-3-ium-4-yl)-L-alanyl]amino}-4-cyclohexyl-2-hydroxybutyl](2-methylpropyl)carbamoyl}-L-norleucyl-L-phenylalanine ;
分子量 formula_weight	948.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	246

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5er2e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5er2E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	5er2E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

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7. 引用文献 (8)

;High-resolution X-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor: the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme. ;

EMBO J. (1989)

PMID: 2676515 PRIMARY

The Active Site of Aspartic Proteinases

FEBS Lett. (1984)

Active Site of Acid Proteinases

Proc.FEBS Meet. (1979)

The Three-Dimensional Structure of Acid Proteinases

Proc.FEBS Meet. (1979)

Four-Fold Structural Repeat in the Acid Proteases

Biochim.Biophys.Acta (1979)

Structural Evidence for Gene Duplication in the Evolution of Acid Proteases

Nature (1978)

;Homology Among Acid Proteases. Comparison of Crystal Structures at 3 Angstroms Resolution of Acid Proteases from Rhizopus Chinensis and Endothia Parasitica ;

Proc.Natl.Acad.Sci.USA (1977)

X-Ray Analysis and Circular Dichroism of the Acid Protease from Endothia Parasitica and Chymosin

Adv.Exp.Med.Biol. (1977)

晶胞边长 a length_a	42.900 Å
晶胞边长 b length_b	75.800 Å
晶胞边长 c length_c	42.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	—

High-resolution X-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor. the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDOTHIAPEPSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5er2__assembly_1__model_1

5er2__assembly_1__model_1 | I(q)

5er2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (8)

High-resolution X-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor. the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDOTHIAPEPSIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5er2__assembly_1__model_1

5er2__assembly_1__model_1 | I(q)

5er2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (8)