5ewl

CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NMDA glutamate receptor subunit

Xenopus laevis

UniProt Q91977

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–408	片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 23-408) 突变：N61Q,N371Q	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q13224） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NA SODIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SL ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.98 Å R-free 0.217
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–408	片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 23-408) 突变：N61Q,N371Q	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q13224） NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SL ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.98 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5EWL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QEK Crystal structure of amino terminal domain of the NMDA receptor subunit GluN1 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–405（383 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 23-405	突变：N61Q, N371Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；20% PEG3350, 150mM KNO3, 50mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
3QEK Crystal structure of amino terminal domain of the NMDA receptor subunit GluN1 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–405（383 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 23-405	突变：N61Q, N371Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；20% PEG3350, 150mM KNO3, 50mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
3QEK Crystal structure of amino terminal domain of the NMDA receptor subunit GluN1 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–405（383 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 23-405 链 B 23–405（383 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 23-405	突变：N61Q, N371Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：N61Q, N371Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	K POTASSIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；290 K；20% PEG3350, 150mM KNO3, 50mM HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
3QEL Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with ifenprodil 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–405（383 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 23-405	突变：N61Q, N371Q	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3QEL Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with ifenprodil 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 23–405（383 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 23-405	突变：N61Q, N371Q	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3QEM Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–405（383 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 23-405	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 QEM 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
3QEM Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in complex with Ro 25-6981 提交 2011-01-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–405（383 aa）片段：Amino Terminal Domain, residues 23-405	突变：N61Q, N371Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 1 QEM 4-[(1R,2S)-3-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxy-2-methylpropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；290 K；3.0-3.5M NaFormate, 0.1 M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
5B3J Activation of NMDA receptors and the mechanism of inhibition by ifenprodil 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–405（383 aa）片段：UNP residues 23-405	突变：N61Q, N371Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M sodium acetate, 27% PEG3350, 2.2M sodium formate, 0.05 M calcium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.302
5B3J Activation of NMDA receptors and the mechanism of inhibition by ifenprodil 提交 2016-03-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–405（383 aa）片段：UNP residues 23-405	突变：N61Q, N371Q	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；0.1M sodium acetate, 27% PEG3350, 2.2M sodium formate, 0.05 M calcium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.302
5EWJ CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH IFENPRODIL 提交 2015-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–408（386 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 23-408)	突变：N61Q,N371Q	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.211
5EWJ CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH IFENPRODIL 提交 2015-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–408（386 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 23-408)	突变：N61Q,N371Q	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.211
5EWM CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH EVT-101 提交 2015-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–408（386 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 23-408)	突变：N61Q,N371Q	NA SODIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SM 5-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-4-fluoranyl-phenyl]-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]pyridazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.76 Å R-free 0.211
5EWM CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH EVT-101 提交 2015-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–408（386 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 23-408)	突变：N61Q,N371Q	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SM 5-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-4-fluoranyl-phenyl]-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]pyridazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.76 Å R-free 0.211
5TPW Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in complex with zinc at the GluN2A 提交 2016-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–408（385 aa）片段：residues 24-408	突变：N38Q, N348Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8M Ammonium sulfate 2.5% Isopropanol	分辨率 2.91 Å R-free 0.245
5TPZ Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2B in apo closed state 提交 2016-10-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–405（383 aa）片段：residues 23-405	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；20% PEG 3350, 1.4M Sodium formate, 0.3M Sodium thyocyanate, 0.1M sodium acetate pH 5.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.300
5TQ0 Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in the presence of EDTA 提交 2016-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–408（385 aa）片段：residues 24-408	突变：N38Q, N348Q	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8 M Ammonium sulfate, 2.5% Isopropanol	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
5TQ2 Crystal structure of amino terminal domains of the NMDA receptor subunit GluN1 and GluN2A in complex with zinc at GluN1 and GluN2A 提交 2016-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 24–408（385 aa）片段：residues 24-408	突变：N38Q, N348Q	ZN ZINC ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.8M Ammonium sulfate, 2.5% Isopropanol	分辨率 3.29 Å R-free 0.261

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91977_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–386； UniProt 23–408 作者链 C； PDB构建体 1–386； UniProt 23–408

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

Homo sapiens

UniProt Q13224

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 31–394	片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394) 突变：N348D	NMDA glutamate receptor subunit × 1 （Q91977） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NA SODIUM ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SL ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.98 Å R-free 0.217
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 31–394	片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394) 突变：N348D	NMDA glutamate receptor subunit × 1 （Q91977） NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SL ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.98 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5EWL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10EX SK5A-Matured apo state in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 59–845（787 aa）链 D 59–845（787 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.08 Å
10EY SK5B-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
10EZ SK3D-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
10FD SK5G-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
10FE OX1-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
10FF SK5A-Matured glycine/glutamate in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.06 Å
10FL SK5G-Germline 提交 2026-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.81 Å
10FN SK5A-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.52 Å
10FO SK5B-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.46 Å
5EWJ CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH IFENPRODIL 提交 2015-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.211
5EWJ CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH IFENPRODIL 提交 2015-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 QEL 4-[(1R,2S)-2-(4-benzylpiperidin-1-yl)-1-hydroxypropyl]phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.211
5EWM CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH EVT-101 提交 2015-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SM 5-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-4-fluoranyl-phenyl]-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]pyridazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.76 Å R-free 0.211
5EWM CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH EVT-101 提交 2015-11-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–394（364 aa）片段：Amino Terminal Domain (UNP residues 31-394)	突变：N348D	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 5SM 5-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-4-fluoranyl-phenyl]-3-[(2-methylimidazol-1-yl)methyl]pyridazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；3.6M Na Formate, 0.1 M Hepes pH 7.0	分辨率 2.76 Å R-free 0.211
7EU8 Structure of the human GluN1-GluN2B NMDA receptor in complex with S-ketamine,glycine and glutamate 提交 2021-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–842（842 aa）链 D 1–842（842 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7KL0 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL0 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL1 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL1 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 6000, 19mM HECAMEG	分辨率 2.40 Å R-free 0.258
7KL2 Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2020-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7, 20% PEG 3350	分辨率 2.56 Å R-free 0.293
7UIS Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) 提交 2022-03-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, 0.2 M Sodium chloride, 25% PEG 3350	分辨率 2.58 Å R-free 0.268
7UJP Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1289–1310（22 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.56 Å R-free 0.281
7UJP Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1289–1310（22 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.56 Å R-free 0.281
7UJQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1289–1310（22 aa）	未记录	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.25 Å R-free 0.271
7UJQ Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1289–1310（22 aa）	未记录	UZD methyl 6-O-(heptylcarbamoyl)-beta-L-altropyranoside × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane, 0.1 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350, 19mM Methyl 6-O-(N-heptylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranoside	分辨率 2.25 Å R-free 0.271
7UJR Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 3350, 5% Ethanol	分辨率 1.95 Å R-free 0.252
7UJS Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B in complex with ADP 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.1 M Ammonium sulfate, 20% PEG 3350	分辨率 2.75 Å R-free 0.262
7UJT Cocrystal structure of human CaMKII-alpha (CAMK2A)kinase domain and GluN2B(S1303D) in complex with ATP 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1289–1310（22 aa）	突变：S1303D	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M 1,3-bis(tris(hydroxymethyl)methylamino)propane, 0.2 M Sodium chloride, 25% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
8VUU Human GluN1-2B with Fab 007-168 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 31–845（815 aa）链 D 31–845（815 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
8VUV Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 31–387（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
9D37 Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C838S, C849S, C588S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
9D38 Open state of Gly-,Glu-,EU1622-240 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C588S, C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
9D39 Gly-,PPDA- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C588S, C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
9D3A Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR (Low-res) 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.78 Å
9D3B Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：C588S, C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1A15 4-{(3R,5S)-5-(4-chlorophenyl)-3-[4-(4-chlorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl]pyrazolidin-1-yl}-3,3-difluoro-4-oxobutanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
9D3C Gly-,Glu-,(S)-(+)-ketamine bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）	突变：S588C, C838S, C849S	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
9IYP Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ bound state 提交 2024-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 35–842（808 aa）链 D 35–842（808 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9IYQ Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ free state 提交 2024-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–842（842 aa）链 D 1–842（842 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9OOQ Closed state of Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9OOR Open state Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9OOS Non-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9OOT Pre-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 27–852（826 aa）链 D 27–852（826 aa）	突变：C588S,C838S,C849S 突变：C588S,C838S,C849S	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDE2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–364； UniProt 31–394 作者链 D； PDB构建体 1–364； UniProt 31–394

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ewl
沉积日期 deposition_date	2015-11-20
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22
关键词 keywords	NMDA Receptor, allosteric inhibition, GluN2B subunit, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.18 Å
零角强度 I(0) i0	359357000.00
分子量 molecular_weight	159330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	200850 Å³
包络体积 envelope_volume	266200 Å³
水化壳体积 shell_volume	54418 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.25 Å
包络 Rg envelope_rg	40.43 Å
形状 Rg shape_rg	41.20 Å
总 Rg total_rg	41.35 Å
总原子数 total_atoms	11224
残基数 n_residues	1420
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.4 Å
Rg (实空间) rg_real	41.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	359400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8977
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.700
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.937

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NMDA glutamate receptor subunit
分子量 formula_weight	43758.0 kDa
突变 mutation	N61Q,N371Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	11493

DPKIVNIGAVLSTKKHEQIFREAVNQANKRHFTRKIQLQATSVTHRPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPAPTDHLTPTPISYTAGFYRIPVIGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQALVWFEMMRLFNWNHVILIVSDDHEGRAAQKKLETLLEGKESKSKKRNYENLDQLSYDNKRGPKADKVLQFEPGTKNLTALLLEAKELEARVIILSASEDDATAVYKSAAMLDMTGAGYVWLVGEREISGSALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVAVVAQAIHELFEMENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYPDGVTGRIEFNEDGDRKFAQYSIMNLQNRKLVQVGIFNGSYIIQNDRKIIWPGGETELVPR

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
分子量 formula_weight	41351.9 kDa
突变 mutation	N348D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SPPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPAEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRDLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
分子量 formula_weight	375.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	269

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5ewlA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	268.880 Å
晶胞边长 b length_b	59.940 Å
晶胞边长 c length_c	144.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	30.040 Å
R 因子 r_factor	0.1644
R_work r_work	0.1618
R_free r_free	0.2166

fit	/app/data/saxs_computation/ew/5ewl/5ewl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ew/5ewl/5ewl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ew/5ewl/5ewl.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NMDA glutamate receptor subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)