SAXSdb — 5ewl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NMDA glutamate receptor subunit

Xenopus laevis

UniProt Q91977

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q13224） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SODIUM ION × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B × 1 （Q13224） SODIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91977_XENLA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–386； UniProt 23–408 作者链 C； PDB构建体 1–386； UniProt 23–408

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

Homo sapiens

UniProt Q13224

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	NMDA glutamate receptor subunit × 1 （Q91977） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SODIUM ION × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NMDA glutamate receptor subunit × 1 （Q91977） SODIUM ION × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NMDE2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–364； UniProt 31–394 作者链 D； PDB构建体 1–364； UniProt 31–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ewl
沉积日期 deposition_date	2015-11-20
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22
关键词 keywords	NMDA Receptor, allosteric inhibition, GluN2B subunit, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ewl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ewl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ewl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.65 Å
Rg（电子密度）	27.74 Å
总 Rg	28.57 Å
原子数	5627
残基数	709
排除体积	100780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ewl__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ewl__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NMDA glutamate receptor subunit
分子量 formula_weight	43758.0 kDa
突变 mutation	N61Q,N371Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	11493

DPKIVNIGAVLSTKKHEQIFREAVNQANKRHFTRKIQLQATSVTHRPNAIQMALSVCEDLISSQVYAILVSHPPAPTDHLTPTPISYTAGFYRIPVIGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQALVWFEMMRLFNWNHVILIVSDDHEGRAAQKKLETLLEGKESKSKKRNYENLDQLSYDNKRGPKADKVLQFEPGTKNLTALLLEAKELEARVIILSASEDDATAVYKSAAMLDMTGAGYVWLVGEREISGSALRYAPDGIIGLQLINGKNESAHISDAVAVVAQAIHELFEMENITDPPRGCVGNTNIWKTGPLFKRVLMSSKYPDGVTGRIEFNEDGDRKFAQYSIMNLQNRKLVQVGIFNGSYIIQNDRKIIWPGGETELVPR

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
分子量 formula_weight	41351.9 kDa
突变 mutation	N348D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SPPSIGIAVILVGTSDEVAIKDAHEKDDFHHLSVVPRVELVAMNETDPKSIITRICDLMSDRKIQGVVFADDTDQEAIAQILDFISAQTLTPILGIHGGSSMIMADKDESSMFFQFGPSIEQQASVMLNIMEEYDWYIFSIVTTYFPGYQDFVNKIRSTIENSFVGWELEEVLLLDMSLDDGDSKIQNQLKKLQSPIILLYCTKEEATYIFEVANSVGLTGYGYTWIVPSLVAGDTDTVPAEFPTGLISVSYDEWDYGLPARVRDGIAIITTAASDMLSEHSFIPEPKSSCYNTHEKRIYQSNMLNRYLINVTFEGRDLSFSEDGYQMHPKLVIILLNKERKWERVGKWKDKSLQMKYYVWPRM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	~{N}-[(1~{S},3~{S})-3-[3-[(4-methylphenyl)methyl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]cyclopentyl]-1~{H}-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
分子量 formula_weight	375.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	269

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5ewlA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5ewlD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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晶胞边长 a length_a	268.880 Å
晶胞边长 b length_b	59.940 Å
晶胞边长 c length_c	144.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	30.040 Å
R 因子 r_factor	0.1644
R_work r_work	0.1618
R_free r_free	0.2166

CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NMDA glutamate receptor subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ewl__assembly_1__model_1

5ewl__assembly_1__model_1 | I(q)

5ewl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF AMINO TERMINAL DOMAINS OF THE NMDA RECEPTOR SUBUNIT GLUN1 AND GLUN2B IN COMPLEX WITH MK-22

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NMDA glutamate receptor subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ewl__assembly_1__model_1

5ewl__assembly_1__model_1 | I(q)

5ewl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)