SAXSdb — 5ezv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ; × 1 （Q9Y478） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ; × 1 （Q9Y478） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAPK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–361； UniProt 2–347 作者链 A； PDB构建体 405–560； UniProt 397–552 作者链 C； PDB构建体 16–361； UniProt 2–347 作者链 C； PDB构建体 405–560； UniProt 397–552

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ;

Homo sapiens

UniProt Q13131

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ; × 1 （Q9Y478） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ; × 1 （Q9Y478） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAPK1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 362–404； UniProt 359–401 作者链 C； PDB构建体 362–404； UniProt 359–401

;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ;

Homo sapiens

UniProt Q9Y478

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ; × 1 （P54646,Q13131） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ; × 1 （P54646,Q13131） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ; × 1 （P54619） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–270； UniProt 1–270 作者链 D； PDB构建体 1–270； UniProt 1–270

;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ;

Homo sapiens

UniProt P54619

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ; × 1 （P54646,Q13131） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ; × 1 （Q9Y478） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 3	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ; × 1 （P54646,Q13131） ;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ; × 1 （Q9Y478） STAUROSPORINE × 1 3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile × 1 5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAKG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 7–336； UniProt 2–331 作者链 F； PDB构建体 7–336； UniProt 2–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ezv
沉积日期 deposition_date	2015-11-26
结构标题 title	X-ray crystal structure of AMP-activated protein kinase alpha-2/alpha-1 RIM chimaera (alpha-2(1-347)/alpha-1(349-401)/alpha-2(397-end) beta-1 gamma-1) co-crystallized with C2 (5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid)
关键词 keywords	Transferase, serine/threonine kinase, allosteric activation, nucleotide-binding; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ezv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ezv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ezv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.48 Å
Rg（电子密度）	34.22 Å
总 Rg	34.50 Å
原子数	7315
残基数	927
排除体积	130810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ezv__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ezv__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ;
分子量 formula_weight	63902.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1,2.7.11.27,2.7.11.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14682

MGSSHHHHHHHSQDPAEKQKHDGRVKIGHYVLGDTLGVGTFGKVKIGEHQLTGHKVAVKILNRQKIRSLDVVGKIKREIQNLKLFRHPHIIKLYQVISTPTDFFMVMEYVSGGELFDYICKHGRVEEMEARRLFQQILSAVDYCHRHMVVHRDLKPENVLLDAHMNAKIADFGLSNMMSDGEFLRTSCGSPNYAAPEVISGRLYAGPEVDIWSCGVILYALLCGTLPFDDEHVPTLFKKIRGGVFYIPEYLNRSVATLLMHMLQVDPLKRATIKDIREHEWFKQDLPSYLFPEDPSYDANVIDDEAVKEVCEKFECTESEVMNSLYSGDPQDQLAVAYHLIIDNRRIMNQASEFYLASSPPDSFLDDHHLTRPHPERVPFLVAETPRARHTLDELNPQKSKHQGVKKAKWHLGIRSQSKPYDIMAEVYRAMKQLDFEWKVVNAYHLRVRRKNPVTGNYVKMSLQLYLVDNRSYLLDFKSIDDEVVEQRSGSSTPQRSCSAAGLHRPRSSFDSTTAESHSLSGSLTGSLTGSTLSSVSPRLGSHTMDFFEMCASLITTLAR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ;
分子量 formula_weight	30504.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MGNTSSERAALERHGGHKTPRRDSSGGTKDGDRPKILMDSPEDADLFHSEEIKAPEKEEFLAWQHDLEVNDKAPAQARPTVFRWTGGGKEVYLSGSFNNWSKLPLTRSHNNFVAILDLPEGEHQYKFFVDGQWTHDPSEPIVTSQLGTVNNIIQVKKTDFEVFDALMVDSQKCSDVSELSSSPPGPYHQEPYVCKPEERFRAPPILPPHLLQVILNKDTGISCDPALLPEPNHVMLNHLYALSIKDGVMVLSATHRYKKKYVTTLLYKPI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ;
分子量 formula_weight	38225.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MADLNWETVISSDSSPAVENEHPQETPESNNSVYTSFMKSHRCYDLIPTSSKLVVFDTSLQVKKAFFALVTNGVRAAPLWDSKKQSFVGMLTITDFINILHRYYKSALVQIYELEEHKIETWREVYLQDSFKPLVCISPNASLFDAVSSLIRNKIHRLPVIDPESGNTLYILTHKRILKFLKLFITEFPKPEFMSKSLEELQIGTYANIAMVRTTTPVYVALGIFVQHRVSALPVVDEKGRVVDIYSKFDVINLAAEKTYNNLDVSVTKALQHRSHYFEGVLKCYLHETLETIINRLVEAEVHRLVVVDENDVVKGIVSLSDILQALVLTGGEKKP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	STAUROSPORINE
分子量 formula_weight	466.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	3-[4-(2-hydroxyphenyl)phenyl]-4-oxidanyl-6-oxidanylidene-7H-thieno[2,3-b]pyridine-5-carbonitrile
分子量 formula_weight	360.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid
分子量 formula_weight	231.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5ezve1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

结构域编号 domain_id	d5ezve2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

结构域编号 domain_id	d5ezvf1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

结构域编号 domain_id	d5ezvf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.37 — CBS-domain pair
超家族 Superfamily superfamily	d.37.1 — CBS-domain pair
家族 Family family	d.37.1.1 — CBS-domain pair

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5ezvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	5ezvC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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晶胞边长 a length_a	75.608 Å
晶胞边长 b length_b	134.112 Å
晶胞边长 c length_c	141.287 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	49.300 Å
R 因子 r_factor	0.2254
R_work r_work	0.2243
R_free r_free	0.2452

X-ray crystal structure of AMP-activated protein kinase alpha-2/alpha-1 RIM chimaera (alpha-2(1-347)/alpha-1(349-401)/alpha-2(397-end) beta-1 gamma-1) co-crystallized with C2 (5-(5-hydroxyl-isoxazol-3-yl)-furan-2-phosphonic acid)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2/alpha-1 RIM SWAP chimera ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ezv__assembly_1__model_1

5ezv__assembly_1__model_1 | I(q)

5ezv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)