5f1k

human CD38 in complex with nanobody MU1053

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1

Homo sapiens

UniProt P28907

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 nanobody MU1053 × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 nanobody MU1053 × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CD38_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–256; UniProt 45–300 作者链 B; PDB构建体 1–256; UniProt 45–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5f1k
沉积日期 deposition_date2015-11-30
结构标题 titlehuman CD38 in complex with nanobody MU1053
关键词 keywords;CD38, ADP-ribosyl cyclase, cyclic ADP-ribose, X-crystallography, Calcium signaling, nanobody, MU1053, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex ;; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5f1k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5f1k__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5f1k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.47 Å
Rg(电子密度)23.64 Å
总 Rg24.43 Å
原子数2899
残基数367
排除体积51221 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5f1k__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5f1k__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5f1ka_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family familyc.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like
结构域编号 domain_idd5f1kb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.14 — N-(deoxy)ribosyltransferase-like
家族 Family familyc.23.14.3 — ADP ribosyl cyclase-like
结构域编号 domain_idd5f1kc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5f1kd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5f1kA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id5f1kA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id5f1kB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology82 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id5f1kB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id5f1kC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5f1kD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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7. 引用文献 (1)