5f28

Crystal structure of FAT domain of Focal Adhesion Kinase (FAK) bound to the transcription factor MEF2C

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MEF2C

Mus musculus

UniProt Q8CFN5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Focal adhesion kinase 1 × 1 (P34152) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Focal adhesion kinase 1 × 1 (P34152) water × 3 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 14 Focal adhesion kinase 1 × 6 (P34152) water × 14 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MEF2C_MOUSE
Isoform Q8CFN5-4
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–95; UniProt 1–95 作者链 B; PDB构建体 1–95; UniProt 1–95 作者链 C; PDB构建体 1–95; UniProt 1–95 作者链 D; PDB构建体 1–95; UniProt 1–95

Focal adhesion kinase 1

Mus musculus

UniProt P34152

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MEF2C × 2 (Q8CFN5) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MEF2C × 2 (Q8CFN5) water × 3 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 14 MEF2C × 8 (Q8CFN5) water × 14 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FAK1_MOUSE
Isoform P34152-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–149; UniProt 935–1083 作者链 F; PDB构建体 1–149; UniProt 935–1083 作者链 G; PDB构建体 1–149; UniProt 935–1083

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5f28
沉积日期 deposition_date2015-12-01
结构标题 titleCrystal structure of FAT domain of Focal Adhesion Kinase (FAK) bound to the transcription factor MEF2C
关键词 keywordsTranscription Factor, Kinase, Cardiovascular disease, Transcription, protein binding; Transcription, protein binding
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5f28__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5f28__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5f28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.25 Å
Rg(电子密度)21.35 Å
总 Rg22.36 Å
原子数2160
残基数271
排除体积39058 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5f28__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5f28__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 5f28__assembly_3__model_1 tetradecameric (14) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd5f28a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamilyd.88.1 — SRF-like
家族 Family familyd.88.1.1 — SRF-like
结构域编号 domain_idd5f28b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamilyd.88.1 — SRF-like
家族 Family familyd.88.1.1 — SRF-like
结构域编号 domain_idd5f28c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamilyd.88.1 — SRF-like
家族 Family familyd.88.1.1 — SRF-like
结构域编号 domain_idd5f28d_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamilyd.88.1 — SRF-like
家族 Family familyd.88.1.1 — SRF-like
结构域编号 domain_idd5f28e_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.14 — FAT domain of focal adhesion kinase
家族 Family familya.24.14.1 — FAT domain of focal adhesion kinase
结构域编号 domain_idd5f28f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.14 — FAT domain of focal adhesion kinase
家族 Family familya.24.14.1 — FAT domain of focal adhesion kinase
结构域编号 domain_idd5f28g_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.14 — FAT domain of focal adhesion kinase
家族 Family familya.24.14.1 — FAT domain of focal adhesion kinase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5f28A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id5f28B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id5f28C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id5f28D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transcription factor, MADS-box
结构域编号 domain_id5f28E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — Nucleotidyltransferases domain 2
结构域编号 domain_id5f28F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — Nucleotidyltransferases domain 2
结构域编号 domain_id5f28G01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily540 — Single helix bin
结构域编号 domain_id5f28G02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — Nucleotidyltransferases domain 2

7. 引用文献 (1)